Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Ce poste est semblable à celui-ci , et j'ai posté un commentaire là-bas, mais comme le message a 2 ans, il se peut qu'il ne soit pas vu et j'ai du mal à adapter la ou les solutions à mon équation.
Je fais une régression non linéaire en utilisant le script ci-dessous pour préparer les données, puis en utilisant l'option Analyser avec la fluorescence normalisée comme valeur Y, et la colonne Modèle (formule) comme valeur X (en inversant l'axe), et par Well Position, mais cela ne fait qu'un à la fois. Si j'utilise le GraphBuilder, je n'arrive pas à faire en sorte que le Smoother utilise la formule . J'aimerais avoir toutes les parcelles sur un graphique OU dans un monde de licorne absolument idéal, graphique 3 positions de puits à la fois (par exemple B2-B4) mais cela semble irréaliste 
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Normalized Fluorescence",
formula(
(:Fluorescence - Col Min( :Fluorescence, :Well Position )) / (
Col Max( :Fluorescence, :Well Position )
-Col Min( :Fluorescence, :Well Position ))
)
);
Data Table( "Melt Curve Raw Data" ) << New Column( "Model", Numeric,
"Continuous", Format( "Best", 12 ),
Formula(Parameter({m1 = -60, m2 = 0.2, m3 = -50, m4 = -0.3, m5 = 100000, m6 = 320},
((m1 + m2 * (:Temperature + 273)) + (m3 + m4 * (:Temperature + 273)) * Exp((-m5 / (1.987 *
(:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))) /
(1 + Exp((-m5 / (1.987 * (:Temperature + 273))) * (1 - (:Temperature + 273) / m6))))));
Modélisation statistique avancéeRe : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Vous n'avez pas mal compris. La complexité qui en résulte créera probablement une limite pratique qui empêchera la convergence.
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Merci d'avoir précisé les consignes.Il semble que dans votre exemple, vous deviez saisir tous les âges possibles, n'est-ce pas ?J'utilise des plaques à 96 puits, donc j'ai généralement environ 45 positions de puits, mais je peux en avoir jusqu'à 96. Est-ce que je ferais alors 45 paramètres pour les 6 variables (m1-m6) ? Je pense que j'ai mal compris quelque chose...
Vous avez demandé dans votre autre commentaire ce que je ferai avec cela, et c'est principalement lié à une comparaison du changement d'enthalpie (m5) et de la température de fusion (m6) pour deux protéines après différents traitements.
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Laissez-moi vous montrer comment fonctionne FDE et ce qu'il pourrait faire pour vous. Vous n'avez pas encore indiqué ce que vous voulez faire en fin de compte avec les courbes ajustées. Par exemple, comment les conditions dans chaque puits sont-elles déterminées ? Voulez-vous comparer les courbes en fonction de l'état de chaque puits.
J'ai ouvert votre table de données et sélectionné Analyser> Modélisation spécialisée> Explorateur de données fonctionnelles. Je lance des colonnes de données dans les rôles suivants :
La plate-forme initiale affiche les données dans une superposition et des fonctions individuelles (courbes). J'ai cliqué sur le triangle rouge en haut et sélectionné Modèles> B Splines.
Les informations importantes sont la fonction moyenne, la fonction d'écart-type et les principales composantes fonctionnelles. Ces FPC capturent l'unicité de chaque courbe par rapport à la fonction moyenne. Ils donnent un aperçu de vos courbes et de leurs différences. Le nombre de FPC est égal au nombre de courbes, mais vous pouvez généralement ignorer la plupart d'entre elles. Les trois premiers FPC capturent 99,1% des informations dans toutes les courbes.
Vous pouvez considérer les FPC comme les archétypes de vos courbes. Autrement dit, ce sont les caractéristiques essentielles qui peuvent être combinées pour produire l'une des courbes. Vous pouvez utiliser les FPC comme réponse ou comme facteur. En d'autres termes, vous pourriez vous demander comment les niveaux de facteur qui changent d'un puits à l'autre déterminent la forme de la courbe ? Ou comment la forme d'une courbe prédit-elle un autre résultat ?
JMP affiche arbitrairement tous les FPC avec au moins 1 % de contribution initialement, il y a donc 5 FPC dans ce cas. J'ai réduit le nombre à 3 et enregistré les résumés fonctionnels, qui incluent les formules de la réponse "conditionnelle". Maintenant, je peux faire tout ce que je veux avec les FPC, ce ne sont que des données. Je peux les tracer dans Graph Builder.
J'ai enregistré des scripts dans votre tableau de données d'origine et celui avec les résumés fonctionnels et j'ai joint les nouveaux tableaux de données ci-dessous.
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Vous n'avez pas utilisé cette fonction correctement. Le paragraphe de l'aide est correct, mais peut-être un peu ambigu. Voici la bonne méthode, étape par étape. J'utilise Big Class pour ajuster un modèle exponentiel simple pour :weight versus :height avec :age comme variable de regroupement (:weight = A*Exp( B*height ) ).
Ajoutez une nouvelle colonne de données pour le modèle. Ajoutez une formule pour le modèle à la colonne de données. Définissez les paramètres.
Cliquez sur OK et sélectionnez la variable de regroupement.
Répétez cette étape pour les autres paramètres qui ne sont pas communs à toutes les courbes. Construisez le modèle. Sélectionnez les paramètres selon vos besoins. Voici le modèle exponentiel groupé.
Enregistrez la formule et lancez Non linéaire.
Cliquez sur OK pour commencer l'ajustement.
Je crains cependant que la paramétrisation de votre modèle n'entraîne une forte corrélation entre les estimations. Cette corrélation sera exacerbée par l'introduction de la variable de regroupement, surtout compte tenu du nombre de groupes. Une alternative consiste donc à utiliser le modèle d'origine et à utiliser l'ID de courbe dans le rôle Par. De cette façon, vous pourrez adapter chaque courbe individuellement.
D'autre part, si vous n'êtes pas lié à ce modèle, le FDE est un autre moyen. Il utilise une extension des fonctions de base pour modéliser les données. Ce sont des interpolateurs génériques.
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Salut Mark!
Merci beaucoup d'avoir répondu.Oui, j'ai JMP Pro mais je n'ai pas essayé l'Explorateur de données fonctionnelles. Je vais essayer de lire à ce sujet aujourd'hui. Merci pour la suggestion.
J'ai vu le paragraphe auquel vous avez lié à propos de l'utilisation de la case à cocher "Développer dans les catégories". J'ai ajouté ceci en tant que 7ème paramètre, et dans la page Analyser, il a tout représenté graphiquement sur un seul tracé (super !), Mais ne m'a donné que des valeurs pour une ligne. Ai-je mal utilisé l'option Développer dans les catégories ? Aurais-je dû l'ajouter à l'un de mes 6 paramètres d'origine ?
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)La boîte de dialogue de lancement non linéaire simplifie excessivement la situation. Vous devez en faire plus sur le modèle personnalisé pour indiquer comment la variable de groupe affecte les paramètres. Votre modèle ne comprend que des paramètres communs. Les paramètres uniques dépendent des niveaux de la variable Groupe.
S'il te plait regarde cette page et la note en bas.
Avez-vous JMP Pro ? Avez-vous essayé l'explorateur de données fonctionnelles ?
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Wow, ils sont tous géniaux. Celui que je cherchais à l'origine était le nuage de points multicolore dans le coin supérieur droit, mais je suis absolument époustouflé par les graphiques et le script que vous avez créés.
Lorsque j'utilise l'option Analyser, j'obtiens les valeurs dont j'ai besoin mais chaque graphique est séparé. J'ai joint des captures d'écran des paramètres que j'utilise actuellement avec les résultats après avoir cliqué sur "go" puis sur "limites de confiance".
J'ai également joint le message d'erreur que j'obtiens lorsque j'essaie d'utiliser "group" au lieu de "by" pour Well Position.
Re : Tracer une régression non linéaire à l'aide de GraphBuilder et/ou Analyze (avec des scripts)Je ne peux pas dire exactement ce que vous recherchez, par hasard l'un de ces graphiques montre-t-il ce que vous recherchez, ou pouvez-vous publier une capture d'écran du graphique qui n'en fait qu'un à la fois ?Vous avez dit que vous avez utilisé Analyze, mais je ne sais pas quelle option de ce menu vous avez choisie.
Graph Builder(
Size( 671, 507 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Overlay( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ), Points( X, Y, Legend( 13 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 671, 543 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables( X( :Model ), Y( :Normalized Fluorescence ), Wrap( :Well Position ) ),
Elements( Points( X, Y, Legend( 9 ) ), Smoother( X, Y, Legend( 11 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
Graph Builder(
Size( 1308, 384 ),
Show Control Panel( 0 ),
Variables(
X( :Model ),
Y( :Normalized Fluorescence ),
Group X( :Well Position )
),
Elements( Smoother( X, Y, Legend( 12 ) ) ),
Local Data Filter(
Add Filter(
columns( :Well Position ),
Where( :Well Position == {"B2", "B3", "B4"} ),
Display( :Well Position, N Items( 15 ), Find( Set Text( "" ) ) )
)
)
);
