JMP Genomics 方差分析和單向方差分析嗨，我在 JMP Genomics 中使用方差分析和單向方差分析進行簡單的 RNAseq 分析，我們比較兩組。 兩種分析中的 p 值彼此完全不同，而且我們也無法在 R 包中復制它們。 了解例如使用哪種 ANOVA 或單向 ANOVA 方法（例如 Wilcoxon）將非常有幫助。
1) 為什麼方差分析和單向方差分析的結果不同？
2) 我在哪裡可以找到有關使用哪種方差分析方法的更多信息？
非常感謝您的考慮。 我希望我的問題是有道理的。
分析回复：JMP 基因組學方差分析和單向方差分析你好@作為,
順便說一下，您使用的是哪個版本的 JMP Genomics？
JMP Genomics 用戶指南可能有助於回答這些問題。 看一看這裡. 它描述了單向方差分析以及它與方差分析的比較。 它包括使用了哪些 SAS PROC。
p 值將不同於 R 中的許多包，它們以不同的方式實現單向方差分析和方差分析。 以 DESeq2 為例。 要獲得與 DESeq2 類似的結果，請確保在單向方差分析對話框的選項選項卡中啟用使用經驗貝葉斯收縮方差選項。這將是不同 R 包和 JMP Genomics 之間的主要區別。 多重測試校正方法的應用也會有所不同。
我希望這有幫助。
回复：JMP 基因組學方差分析和單向方差分析嗨，克里斯，感謝您的快速反饋和考慮。 我正在使用帶有 JMP13.2.1 的 JMPGenomics 9。
我的一位同事剛剛使用 R 基函數 aov 嘗試使用我使用過的相同表達式值複製單向方差分析結果，但無法複製它們，但是根據您的建議，我認為有一些不同的設置. 我在 JMPGenomics 中運行了方差分析（診斷為固定效應）和單向方差分析，並獲得了不同的 p 值結果。 不確定要使用什麼。 您對如何選擇最合適的方法有什麼建議嗎？ 如果不了解所有設置，這可能很難說。
