JMP Genomics ANOVA y ANOVA unidireccionalHola, estoy usando ANOVA y ANOVA unidireccional en JMP Genomics para un análisis simple de RNAseq donde comparamos dos grupos. Los valores p son bastante diferentes entre sí en ambos análisis, y tampoco hemos podido replicarlos en paquetes R. Sería de gran ayuda saber, por ejemplo, qué método ANOVA o ANOVA unidireccional se utiliza (por ejemplo, Wilcoxon).
1) ¿Por qué diferirían los resultados para el ANOVA y el ANOVA unidireccional?
2) ¿Dónde puedo encontrar más información sobre exactamente qué método ANOVA se utiliza?
Muchas gracias por su consideración. Espero que mi pregunta tenga sentido.
AnalíticaRe: JMP Genomics ANOVA y ANOVA unidireccionalHola @COMO ,
Por cierto, ¿qué versión de JMP Genomics estás usando?
La guía del usuario de JMP Genomics puede ayudar a responder estas preguntas. Echar un vistazo aquí . Es una descripción de ANOVA de una vía y cómo se compara con ANOVA. Incluye qué SAS PROC se utilizan.
Los valores p diferirán de los muchos paquetes en R que implementan ANOVA y ANOVA unidireccionales de diferentes maneras. Tome DESeq2 por ejemplo. Para obtener un resultado similar a DESeq2, asegúrese de que la opción Reducir varianzas usando Empirical Bayes esté activada dentro de la pestaña Opciones del cuadro de diálogo ANOVA unidireccional.Esta será la principal diferencia entre los diferentes paquetes de R y JMP Genomics. También habrá diferencias en la aplicación de los métodos de corrección de pruebas múltiples.
Espero que eso ayude.
Re: JMP Genomics ANOVA y ANOVA unidireccionalHola Chris, gracias por tu rápida valoración y consideración. Estoy usando JMPGenomics 9, con JMP13.2.1.
Un colega mío acaba de usar la función de base R aov para intentar replicar los resultados de anova unidireccionales con los mismos valores de expresión que había usado y no pude replicarlos, pero siguiendo su consejo, creo que hay algunas configuraciones que son diferentes . Ejecuté ANOVA (con diagnóstico como efecto fijo) y ANOVA unidireccional desde JMPGenomics y obtuve resultados diferentes para los valores p. No estoy seguro de qué usar. ¿Tiene algún consejo sobre cómo elegir el método más adecuado? Esto puede ser difícil de decir sin conocer todos los ajustes.
