JMP Genomics 方差分析和单向方差分析嗨，我在 JMP Genomics 中使用方差分析和单向方差分析进行简单的 RNAseq 分析，我们比较两组。 两种分析中的 p 值彼此完全不同，而且我们也无法在 R 包中复制它们。 了解例如使用哪种 ANOVA 或单向 ANOVA 方法（例如 Wilcoxon）将非常有帮助。
1) 为什么方差分析和单向方差分析的结果不同？
2) 我在哪里可以找到有关使用哪种方差分析方法的更多信息？
非常感谢您的考虑。 我希望我的问题是有道理的。
分析回复：JMP 基因组学方差分析和单向方差分析你好@作为,
顺便说一下，您使用的是哪个版本的 JMP Genomics？
JMP Genomics 用户指南可能有助于回答这些问题。 看一看这里. 它描述了单向方差分析以及它与方差分析的比较。 它包括使用了哪些 SAS PROC。
p 值将不同于 R 中的许多包，它们以不同的方式实现单向方差分析和方差分析。 以 DESeq2 为例。 要获得与 DESeq2 类似的结果，请确保在单向方差分析对话框的选项选项卡中启用使用经验贝叶斯收缩方差选项。这将是不同 R 包和 JMP Genomics 之间的主要区别。 多重测试校正方法的应用也会有所不同。
我希望这有帮助。
回复：JMP 基因组学方差分析和单向方差分析嗨，克里斯，感谢您的快速反馈和考虑。 我正在使用 JMPGenomics 9 和 JMP13.2.1。
我的一位同事刚刚使用 R 基函数 aov 尝试使用我使用过的相同表达式值复制单向方差分析结果，但无法复制它们，但是根据您的建议，我认为有一些不同的设置. 我在 JMPGenomics 中运行了方差分析（诊断为固定效应）和单向方差分析，并获得了不同的 p 值结果。 不确定要使用什么。 您对如何选择最合适的方法有什么建议吗？ 如果不了解所有设置，这可能很难说。
