JMP Genomics ANOVA と一元配置分散分析こんにちは、私は JMP Genomics で ANOVA と One-way ANOVA を使用して、2 つのグループを比較する簡単な RNAseq 分析を行っています。 両方の分析で p 値が互いに大きく異なり、R パッケージでそれらを複製することもできませんでした。 たとえば、どの ANOVA または一元配置 ANOVA アプローチが使用されているかを知ることは非常に役立ちます (例: Wilcoxon)。
1) 分散分析と一元配置分散分析で結果が異なるのはなぜですか?
2) どの ANOVA メソッドが使用されているかについての詳細情報はどこで入手できますか?
ご検討いただき、誠にありがとうございます。 私の質問が理にかなっていることを願っています。
分析Re: JMP Genomics ANOVA と一元配置分散分析こんにちは@なので、
ところで、JMP Genomicsのどのバージョンを使用していますか？
JMP Genomics ユーザー ガイドは、これらの質問への回答に役立つ場合があります。 見てみるここに. 一元配置分散分析の説明と、分散分析との比較です。 これには、使用される SAS PROC が含まれます。
p 値は、一元配置分散分析と分散分析をさまざまな方法で実装する R の多くのパッケージとは異なります。 DESeq2 を例にとります。 DESeq2 と同様の結果を得るには、[一元配置分散分析] ダイアログ ボックスの [オプション] タブ内で [経験ベイを使用して分散を縮小] オプションがオンになっていることを確認してください。これが、さまざまな R パッケージと JMP Genomics の主な違いになります。 複数のテスト修正方法の適用にも違いがあります。
それが役立つことを願っています。
Re: JMP Genomics ANOVA と一元配置分散分析こんにちは Chris、迅速なフィードバックと検討に感謝します。 JMP13.2.1 で JMPGenomics 9 を使用しています。
私の同僚は、R ベース関数 aov を使用して、私が使用したのと同じ式の値で一元配置分散分析の結果を複製しようとしましたが、複製できませんでしたが、あなたのアドバイスからすると、異なる設定がいくつかあると思います. JMPGenomics 内から ANOVA (診断を固定効果として使用) と一元配置分散分析を実行し、p 値について異なる結果が得られました。 何を使うべきかわからない。 最適な方法を選択する方法についてアドバイスはありますか? これは、すべての設定についての知識がないと、判断が難しいかもしれません。
