JMP Genomics ANOVA e ANOVA a una viaSalve, sto usando ANOVA e ANOVA unidirezionale in JMP Genomics per una semplice analisi RNAseq in cui confrontiamo due gruppi. I valori p sono abbastanza diversi tra loro in entrambe le analisi e inoltre non siamo stati in grado di replicarli nei pacchetti R. Sarebbe di grande aiuto sapere, ad esempio, quale approccio ANOVA o One-way ANOVA viene utilizzato (ad esempio Wilcoxon).
1) Perché i risultati sarebbero diversi per ANOVA e ANOVA a una via?
2) Dove posso trovare maggiori informazioni su quale metodo ANOVA viene utilizzato esattamente?
Grazie mille per la vostra considerazione. Spero che la mia domanda abbia senso.
AnalisiRe: JMP Genomics ANOVA e One-way ANOVACiao @COME ,
A proposito, quale versione di JMP Genomics stai utilizzando?
La guida per l'utente di JMP Genomics potrebbe aiutare a rispondere a queste domande. Guarda Qui . È una descrizione di ANOVA a una via e di come si confronta con ANOVA. Include quali SAS PROC vengono utilizzati.
I valori p differiranno dai molti pacchetti in R che implementano ANOVA e ANOVA a una via in modi diversi. Prendi ad esempio DESeq2. Per ottenere un risultato simile a DESeq2, assicurarsi che l'opzione Riduci varianze utilizzando Empirical Bayes sia attivata nella scheda Opzioni della finestra di dialogo ANOVA unidirezionale.Questa sarà la principale differenza tra i diversi pacchetti R e JMP Genomics. Ci saranno anche differenze nell'applicazione dei metodi di correzione di test multipli.
Spero che aiuti.
Re: JMP Genomics ANOVA e One-way ANOVACiao Chris, grazie per il tuo rapido feedback e considerazione. Sto usando JMPGenomics 9, con JMP13.2.1.
Un mio collega ha appena usato la funzione di base R aov per provare a replicare i risultati anova unidirezionali con gli stessi valori di espressione che avevo usato e non è stato in grado di replicarli, ma seguendo il tuo consiglio penso che ci siano alcune impostazioni che sono diverse . Ho eseguito ANOVA (con diagnosi come effetto fisso) e ANOVA unidirezionale da JMPGenomics e ho ottenuto risultati diversi per i valori p. Non sono sicuro di cosa usare. Avresti un consiglio su come scegliere il metodo più adatto? Questo potrebbe essere difficile da dire, senza la conoscenza di tutte le impostazioni.
