JMP Genomics ANOVA und Einweg-ANOVAHallo, ich verwende ANOVA und Einweg-ANOVA in JMP Genomics für eine einfache RNAseq-Analyse, bei der wir zwei Gruppen vergleichen. Die p-Werte unterscheiden sich in beiden Analysen stark voneinander, und wir konnten sie auch nicht in R-Paketen replizieren. Es wäre sehr hilfreich zu wissen, welcher ANOVA- oder Einweg-ANOVA-Ansatz verwendet wird (zB Wilcoxon).
1) Warum unterscheiden sich die Ergebnisse der ANOVA und der Einweg-ANOVA?
2) Wo finde ich weitere Informationen darüber, welche ANOVA-Methode genau verwendet wird?
Vielen Dank für Ihre Rücksichtnahme. Ich hoffe meine Frage macht Sinn.
AnalytikBetreff: JMP Genomics ANOVA und Einweg-ANOVAHallo @WIE ,
Welche Version von JMP Genomics verwenden Sie übrigens?
Das Benutzerhandbuch von JMP Genomics kann bei der Beantwortung dieser Fragen hilfreich sein. Schau mal Hier . Es ist eine Beschreibung der Einweg-ANOVA und wie sie mit der ANOVA verglichen wird. Es beinhaltet, welche SAS-PROCs verwendet werden.
Die p-Werte unterscheiden sich von den vielen Paketen in R, die Einweg-ANOVA und ANOVA auf unterschiedliche Weise implementieren. Nehmen wir zum Beispiel DESeq2. Um ein ähnliches Ergebnis wie DESeq2 zu erhalten, stellen Sie sicher, dass die Option Varianzen mit empirischen Bayes verkleinern auf der Registerkarte Optionen des Dialogfelds Einweg-ANOVA aktiviert ist.Dies wird der Hauptunterschied zwischen verschiedenen R-Paketen und JMP Genomics sein. Es wird auch Unterschiede bei der Anwendung von Multiple Test Correction-Methoden geben.
Ich hoffe das hilft.
Betreff: JMP Genomics ANOVA und Einweg-ANOVAHallo Chris, danke für dein schnelles Feedback und deine Überlegung. Ich verwende JMPGenomics 9 mit JMP13.2.1.
Ein Kollege von mir hat gerade die R-Basisfunktion aov verwendet, um zu versuchen, die Einweg-Anova-Ergebnisse mit den gleichen Ausdruckswerten zu replizieren, die ich verwendet hatte, und konnte sie nicht replizieren, aber nach Ihrem Rat denke ich, dass es einige Einstellungen gibt, die anders sind . Ich habe die ANOVA (mit Diagnose als fester Effekt) und die Einweg-ANOVA in JMPGenomics ausgeführt und unterschiedliche Ergebnisse für die p-Werte erhalten. Nicht sicher, was Sie verwenden sollen. Hätten Sie Ratschläge, wie Sie die am besten geeignete Methode auswählen können? Dies kann ohne Kenntnis aller Einstellungen schwer zu sagen sein.
