JMP Genomics ANOVA et ANOVA à sens uniqueBonjour, j'utilise ANOVA et One-way ANOVA dans JMP Genomics pour une analyse RNAseq simple où nous comparons deux groupes. Les valeurs p sont assez différentes les unes des autres dans les deux analyses, et nous n'avons pas non plus été en mesure de les reproduire dans les packages R. Il serait très utile de savoir, par exemple, quelle approche ANOVA ou ANOVA à sens unique est utilisée (par exemple, Wilcoxon).
1) Pourquoi les résultats seraient-ils différents pour l'ANOVA et l'ANOVA à un facteur ?
2) Où puis-je trouver plus d'informations sur la méthode ANOVA utilisée exactement ?
Merci beaucoup pour votre considération. J'espère que ma question a un sens.
AnalytiqueRe: ANOVA JMP Genomics et ANOVA à sens uniquesalut @COMME ,
Au fait, quelle version de JMP Genomics utilisez-vous ?
Le guide de l'utilisateur de JMP Genomics peut vous aider à répondre à ces questions. Regarde ici . Il s'agit d'une description de l'ANOVA à sens unique et de sa comparaison avec l'ANOVA. Il indique quelles PROC SAS sont utilisées.
Les valeurs p différeront des nombreux packages de R qui implémentent l'ANOVA à sens unique et l'ANOVA de différentes manières. Prenez DESeq2 par exemple. Pour obtenir un résultat similaire à celui de DESeq2, assurez-vous que l'option Réduire les variances à l'aide d'Empirical Bayes est activée dans l'onglet Options de la boîte de dialogue ANOVA à sens unique.Ce sera la principale différence entre les différents packages R et JMP Genomics. Il y aura également des différences dans l'application des méthodes de correction de tests multiples.
J'espère que ça aide.
Re: ANOVA JMP Genomics et ANOVA à sens uniqueBonjour Chris, merci pour votre retour rapide et votre considération. J'utilise JMPGenomics 9, avec JMP13.2.1.
Un de mes collègues vient d'utiliser la fonction de base R aov pour essayer de reproduire les résultats d'anova à sens unique avec les mêmes valeurs d'expression que j'avais utilisées et n'a pas été en mesure de les reproduire, mais en tenant compte de vos conseils, je pense qu'il existe des paramètres différents . J'ai exécuté ANOVA (avec diagnostic comme effet fixe) et ANOVA à sens unique depuis JMPGenomics et j'ai obtenu des résultats différents pour les valeurs p. Je ne sais pas quoi utiliser. Auriez-vous des conseils pour choisir la méthode la plus adaptée ? Cela peut être difficile à dire, sans connaître tous les paramètres.
