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Hai bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Ciao,

un cliente ha la seguente situazione:

diversi prodotti (da X_1, da V_1_0 a V_1_19) saranno testati con 5 piatti di coltura ciascuno (X_3, da 1 a 5) più di 4 volte (X_14-X_17, ad esempio 0, 12, 48, ... h). Ci sono diversi fattori che vogliono sapere quale di essi e come influenzano i risultati (X_4-X_7).

Come impostare al meglio questo modello? Usando MANOVA o usando LS con effetti casuali? Quando si impilano e si aggiungono i fattori al mio modello, si verificano problemi di singolarità.  

Attenersi prima alla funzionalità JMP.

Ho pensato anche a FDE ma penso che i dati siano pochi per avere un buon modello ai miei occhi.

 

@DonMcCormack @giuliano

 

 

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

ciao Martin,

Sono un po' confuso dai dati (potrebbe essere dovuto al processo di anonimizzazione).Farei un passo indietro e mi assicurerei che il cliente abbia una chiara dichiarazione di ciò che sta cercando di fare.Ecco alcune varie domande che mi sono venute in mente mentre cercavo di dare un senso ai dati...

1. Ogni prodotto dovrebbe essere considerato insieme o individualmente?

2. Qual è il risultato di interesse? È il valore misurato in ogni momento o è un tasso di crescita o il tempo in cui la crescita raggiunge un certo punto o una variazione % (per fare confronti tra prodotti)?

3. Sembra X14 = risposta per il punto temporale 1, X15 = risposta per il punto temporale 2, ecc. (che corrisponde all'utilizzo impilato dei dati). Puoi sostituire con i valori del tempo?

4. X4 - X7 sembrano livelli specifici per prodotto - messi su una scala standardizzata?

5. Credo che tu stia cercando di capire l'impatto di X4 - X7 sulle risposte come mostrato nella schermata allegata...

6. forse FDE funzionerebbe dopo aver eseguito i passaggi 3 e 4?

 

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Ciao @karencopeland ,

Provo a rispondere alle domande.

1. Ogni prodotto dovrebbe essere considerato insieme o individualmente?

I prodotti (X_1) sono classificati per tipologia di prodotto (X_2)

2. Qual è il risultato di interesse? È il valore misurato in ogni momento o è un tasso di crescita o il tempo in cui la crescita raggiunge un certo punto o una variazione % (per fare confronti tra prodotti)?

Lo controllerò di nuovo, ma quello che ho capito vuole sapere per ogni prodotto se i fattori X4-X7 sono necessari e come influenzano il risultato delle colture. Il comportamento ideale è piatto per i primi 3 time point fino all'ultimo time point che dovrebbe essere alto. Se tutto è piatto non ha funzionato.

3. Sembra X14 = risposta per il punto temporale 1, X15 = risposta per il punto temporale 2, ecc. (che corrisponde all'utilizzo impilato dei dati). Puoi sostituire con i valori del tempo?

0, 4, 24, 168 minuti

4. X4 - X7 sembrano essere livelli specifici per prodotto - messi su una scala standardizzata?

Puoi pensare a un esperimento in cui un prodotto ha un'impostazione di X_4-X_7 e verrà testato in 5 piatti di coltura in parallelo, ciascuno misurato in 4 punti temporali. Il prodotto successivo ha un'altra impostazione diversa di X_4-X_7 e viene nuovamente testato in 5 piastre di coltura e misurato 4 volte.

Detto questo, i 5 piatti vengono utilizzati per vedere la variazione che si verifica per un'impostazione. E i prodotti sono trattati dai 4 fattori ed è interessante cosa influenza maggiormente il risultato e in che modo differisce per ciascun prodotto. ad esempio, se un'impostazione elevata di X_4 avrebbe un effetto positivo sul prodotto A è vero anche per il prodotto B o non dovrebbe essere utilizzato lì

5. Credo che tu stia cercando di capire l'impatto di X4 - X7 sulle risposte come mostrato nella schermata allegata...

sì, ma ho troppo pochi gradi di libertà per verificarlo

6. forse FDE funzionerebbe dopo aver eseguito i passaggi 3 e 4?

Penso che i modelli non siano abbastanza precisi con solo fino a 2 nodi da impostare. (vedi file allegato StackedForFDE). Ho controllato brevemente la standardizzazione, ma non sono riuscito a vedere un vantaggio per il modello qui.

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Per quanto riguarda i modelli MANOVA vs. misti, rimando al Metodo Statistico per l'analisi delle misurazioni ripetute Davis, 2002, Springer) che indica che MANOVA è sottodimensionato rispetto ai modelli misti. Personalmente, trovo MANOVA più difficile da interpretare e preferisco un approccio di modellazione lineare. Detto questo, sarai limitato rispetto alle strutture di covarianza in JMP, con solo la simmetria composta disponibile. JMP Pro dispone di un set standard di strutture di covarianza per misure ripetute, ma non così tante come SAS. Qualche anno fa ho pubblicato un articolo su Discovery trattando questo argomento. A proposito, c'è un capitolo nel libro di Davis sulla modellazione della curva di crescita.

FDE? Penso che sarebbe un'opzione praticabile, ma potresti incorrere in problemi se le persone chiedono differenze statisticamente. Inoltre, a seconda del settore, potrebbero essere utilizzati modelli standard perché i parametri hanno interpretazioni particolari.

Viene da un settore regolamentato? In tal caso, potrebbe esistere una procedura operativa standard per la modellazione dei dati.

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Dopo aver esaminato i dati e i commenti un po' più da vicino, penso che avrai problemi a cercare di adattare questi dati. Le risposte sembrano essere valori percentuali molto discreti, che possono essere più adatti considerandoli ordinali. Se li tratti come continui, dovrai utilizzare un modello misto non gaussiano (Beta?). I livelli sono unici per il prodotto, quindi puoi inserire solo i fattori oi livelli del prodotto, ma non entrambi.

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Ho guardato i dati. Il modello con soggetto che è un effetto casuale come specificato per le misure ripetute che presuppone una struttura CS può effettivamente essere adattato con la rimozione di quattro effetti fissi, X4-X7.C'è una totale mancanza di variabilità su questi effetti fissi per soggetto id X__3[X__1] , che è mostrato nel JMP Singularity Report.

Re: Ho bisogno di aiuto con misurazioni ripetute

Si tratta di provare a modellare prima di comprendere i dati. Sembra che ogni prodotto sia una combinazione unica di X4 - X7, alcuni prodotti funzionano (cioè raggiungono le 100 unità prima della fine del tempo) e altri no. La domanda è quindi, possiamo capire quali combinazioni di X4 -X7 sono "buone" e quali sono "cattive".Non vedo questo adattamento in un modello pulito ....