在主要成分上使用歐幾里得距離來量化變化(隨時間變化)?大家好!
我回來了另一個幼稚的問題,對此我將不勝感激。
我們目前正在測量細胞群在抗體生產中的表現,以了解其隨著時間的變化。
我們有一堆不同的讀數(最高的細胞密度,大小,廢物產生量……當然還有它們產生的抗體量)。 當單元格是“年輕”,“中年”和“舊”時,我們有此功能。 對於某些量的抗體,它們會產生變化,但也會產生其他一些屬性(並不總是相同,而且方向也不同)。 我想回答的主要問題是,它們只會產生較少的抗體而其他所有東西保持不變,還是它們整體發生變化,而產生的數量僅僅是變得不同的事物之一。 從經驗上講,我可以說(大多數情況下)是後者,但是我想對此進行量化,尤其是將其放在一個很好的數字中(出於演示的目的,而不是詳細的分析)。 因此,我的想法是對屬性進行PCA處理,而不是生成數量(此處沒有明確的趨勢),然後沿著前4個PC測量歐幾里德距離(在scree圖中描述diff的80%/“膝蓋”)到各自的“最年輕的細胞”。 這裡的想法是,這個距離越大,細胞與祖先的區別就越大。 確實,當我將此距離與它們產生的相關性變化的關係作圖時,它是相當不錯的。 我當然知道這並不能告訴我任何背後的機制,但是我只是想知道ppl是否覺得這有意義。 我以為我可以跳過整個PCA步驟,只做eucl。所有屬性的距離,但這似乎是既使數據居中又減少列/維數量的一種好方法。
你怎麼看? 附言:如果您不喜歡細胞,那就想想植物吧!;)
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