Ciao SE Community,
Ho un problema interessante di cui credo di conoscere la soluzione, ma potrebbe non essere la soluzione migliore.Ho un cliente che vuole fare analisi di concordanza su diverse varietà di bacche blu e vuole confrontare la madre con il clone per ogni varietà ..Finora, non è un problema, tranne che ci sono 50 SNP (nell'esempio) e il test è come un accordo di valutazione (accordo di valutazione> categoriale). Ho allegato una tabella di dati di esempio per chiarezza di come appaiono i dati. L'SNP è come l'ID parte e si desidera che abbia lo stesso valore tra madre e clone. L'obiettivo è trovare la% di somiglianza tra le fonti e testare la somiglianza tra le fonti per ciascuna varietà.
Questa è la parte facile. Posso lanciare le due fonti (madre e clone) nella finestra di dialogo per l'accordo del valutatore e otterrò N e% per ogni allele (0, 1 o 2) per ciascuna fonte.Questo mi dà l'accordo tra ciascuna fonte per ogni allele e anche una statistica di test per l'accordo tra le due fonti. Ma devo usare SNP come ID o va bene dato che l'ho salvato nella tabella dati?
Posso anche usare il grafico Indicatore attributi (salvato nella tabella dati) ma non penso di averlo impostato correttamente o forse l'ho fatto.Qualcuno può dare un'occhiata? SNP è il numero di parte e devo scegliere una varietà alla volta, a differenza dell'accordo Categorical Rater (o forse devo manipolare la tabella dei dati per utilizzare un gruppo).
Mi manca qualcosa o ho capito bene per entrambi?
Presenterò entrambi i metodi poiché forniscono informazioni simili ma non identiche.
Grazie per il controllo della sanità mentale.
