Hallo SE Community,
Ich habe ein interessantes Problem, von dem ich glaube, dass ich die Lösung kenne, aber es ist möglicherweise nicht die beste Lösung.Ich habe einen Kunden, der eine Konkordanzanalyse für verschiedene Sorten von blauen Beeren durchführen und die Mutter für jede Sorte mit dem Klon vergleichen möchte.Bisher kein Problem, außer dass es 50 SNPs gibt (im Beispiel) und der Test wie eine Rater-Vereinbarung ist (kategorisch> Rater-Vereinbarung). Ich habe eine Beispieldatentabelle angehängt, um zu verdeutlichen, wie die Daten aussehen. Der SNP ist wie die Teil-ID und es ist erwünscht, dass zwischen Mutter und Klon der gleiche Wert liegt. Ziel ist es, die prozentuale Ähnlichkeit zwischen Quellen zu ermitteln und die Ähnlichkeit zwischen Quellen für jede Sorte zu testen.
Das ist der einfache Teil. Ich kann die beiden Quellen (Mutter und Klon) in den Dialog für die Rater-Vereinbarung einfügen und erhalte N und% für jedes Allel (0, 1 oder 2) für jede Quelle.Das gibt mir die Übereinstimmung zwischen jeder Quelle für jedes Allel und auch eine Teststatistik für die Übereinstimmung zwischen den beiden Quellen. Aber muss ich SNP als ID verwenden oder ist es in Ordnung, wenn ich es in der Datentabelle gespeichert habe?
Ich kann auch das Attributmessdiagramm verwenden (in der Datentabelle gespeichert), aber ich glaube nicht, dass ich es richtig eingerichtet habe oder vielleicht auch nicht.Kann jemand einen Blick darauf werfen? SNP ist die Teilenummer und ich muss im Gegensatz zur Categorical Rater-Vereinbarung jeweils eine Sorte auswählen (oder ich muss die Datentabelle manipulieren, um eine nach Gruppen zu verwenden).
Vermisse ich etwas oder habe ich es für beide richtig verstanden?
Ich werde beide Methoden vorstellen, da sie ähnliche, aber nicht identische Informationen liefern.
Vielen Dank für die Überprüfung der Gesundheit.
