Salut la communauté SE,
J'ai un problème intéressant dont je pense connaître la solution, mais ce n'est peut-être pas la meilleure solution.J'ai un client qui veut faire une analyse de concordance sur différentes variétés de baies bleues et veut comparer la mère avec le clone pour chaque variété.Jusqu'à présent, ce n'est pas un problème, sauf qu'il y a 50 SNP (dans l'exemple) et le test est comme un accord de notation (catégorique> accord de notation). J'ai joint un exemple de tableau de données pour clarifier à quoi ressemblent les données. Le SNP est comme l'ID de pièce et il est souhaitable d'avoir la même valeur entre la mère et le clone. L'objectif est de trouver le pourcentage de similitude entre les sources et de tester la similitude entre les sources pour chaque variété.
C'est la partie la plus facile. Je peux lancer les deux sources (mère et clone) dans la boîte de dialogue pour l'accord de l'évaluateur et j'obtiendrai N et% pour chaque allèle (0, 1 ou 2) pour chaque source.Cela me donne l'accord entre chaque source pour chaque allèle et aussi une statistique de test pour l'accord entre les deux sources. Mais dois-je utiliser SNP comme identifiant ou est-ce que je l'ai enregistré dans la table de données?
Je peux également utiliser le graphique de jauge d'attribut (enregistré dans la table de données) mais je ne pense pas l'avoir configuré correctement ou peut-être que je l'ai fait.Quelqu'un peut-il jeter un coup d'œil? SNP est le numéro de pièce et je dois choisir une variété à la fois, contrairement à l'accord de l'évaluateur catégorique (ou peut-être que je dois manipuler la table de données pour en utiliser un par groupe).
Est-ce que je manque quelque chose ou est-ce que je l'ai trouvé correct pour les deux?
Je présenterai les deux méthodes car elles fournissent des informations similaires mais pas identiques.
Merci pour le contrôle de santé mentale.
