最終篩選、建模幫助/回饋大家好!
我對 JMP 還算陌生,想詢問我是否可以獲得一些問題的回饋/答案。 我很確定其中一些是因為我缺乏理解,所以請耐心等待...
我當然嘗試首先在文件和培訓影片中找到答案,但我仍然留下這個。
在工作中,我最近接手了細胞生長培養基的開發(生物技術)。 該培養基由大約 80 種不同的成分以及一些附加因素(例如 pH 設定)組成。 大約有 14 種不同的原液/成分組以不同的比例混合。 我們目前對該配方存在一個問題,即如何盡可能長時間地保持細胞存活,這意味著最後一天的活力 (D10_viability) 應盡可能高。
為了弄清楚哪些組件可能會影響這一點,而又不會因為先前的觀察而產生太多偏差,我的想法是使用其中 12 種庫存解決方案作為因素來執行最終的篩選設計。 我假設幾乎所有的情況都會出現二次方程式。 顯然,以一種我也可以評估(當然存在的)相互作用的方式對每種成分進行此操作會更好,但這手動操作是不可行的。
所以我所做的就是使用當前的公式作為中心點並從那裡開始。 由於我假設對於某些成分(例如微量元素)預計會出現更大的變化,因此我選擇了不同的「間隔」。 然而,我所做的是,我使用不同的因子改變了設定點的值,這應該意味著例如:對於成分 1(讓我們假設這是葡萄糖),因子是 5,所以中心點 (0) 代表例如5 g/L,最低點(-1) 為1 g/L,最高點(+1) 為25 g/L。 在這種特殊情況下 0; 5 和 10 也可能有效,但對於微量元素,僅加倍 +1 可能起不了多大作用。 另外,對於 pH 值,我需要使用“預期 pH 值”,而不是實際結果(沿著這些思路,但當然不是 100% 相同)。
我附加的文件還包含一些回應和實際值以及能源部中使用的值以及一些回應。
所以我的問題是:
這種方法有意義/正確嗎? 如果我使用真實值,我無法評估/擬合明確的篩選,而且能源部門的預期表現很糟糕。
如果我無論如何都使用電源和二次曲線進行擬合(不使用確定的篩選擬合工具),我會得到一些看起來像不錯的模型的東西,但我不知道這是否有任何真正的意義.. ....
儘管“評估模型”對話框告訴我這些無法估計,但我是否可以放入我認為存在的交互作用?
事實證明,其中一種成分(nr 6)對於 D03 已經存在的細胞來說是極其致命的。 我可以使用明確的篩選工具來很好地識別這一點(儘管肉眼也很明顯)。
當我使用相同的平台查看 D10_viability 上的可行性作為回應時,我得到一些奇怪的結果,包括非常奇怪的殘差行圖。 當我剔除所有具有高成分_6(在文件中以紅色標記)的條件(約佔條件的40%)時,我無法再使用最終篩選平台,但仍然可以擬合對我來說看起來不錯的模型。 顯然,評估模型平台告訴我,這不再是好事。
這樣還有意義嗎??
另外,只有當我從因子 6 的重新編碼中刪除原始的高 100 時,這才有效...
對於所有這些有點混亂和冗長的問題感到抱歉,但我真的很感激任何類型的意見!
實驗設計回覆:最終篩選、建模幫助/回饋感謝您的反饋 - 我嘗試創建一些我遇到的模型,其中有一個簡短的描述
以紅色標記的觀察結果是第 3 天生存力為 0 的觀察結果,這與成分 6 的高值 (+1 / 100) 一致。 當我將它們保留在其中並嘗試在這之後的幾天(第 10 天)建模時,一切對我來說看起來都很奇怪 - 但我不知道這是否是一個有效的方法
綠色用於中心點(不幸的是,其中 1 個與其他 2 個完全不同...
)
關於因子水平
一般來說,使用諸如 1、10、100、1000...之類的值,因為使用細胞進行的測定中劑量響應的值非常常見;然而,這些響應曲線通常以對數刻度繪製,並比較 EC50(響應為 50% 時的曲線)——這並不能真正讓我更容易理解這種方法是否適合這裡
我的想法是:如果100 是中心點,那麼如果我只是採用經典方法,則最低可能值將是0(我猜這沒問題),但最高值將是200,這對於大多數成分來說是不可預期的產生非常強烈的效果
回想起來,我確實選擇了太寬的範圍,但我仍然想知道我是否可以使用這種方法來獲得 3 個因子水平......
回覆:最終篩選、建模幫助/回饋將您的模型和迄今為止所做的探索性分析圖表放在表格中以便其他人可以檢查您所做的事情不是很有用嗎?
具有彩色單元格和設置為“隱藏和排除”的單元格的原因是什麼?
在您的領域中,改變因子水準的因子 100(低、中、高為 0.01 - 1 - 100)是否正常且合理?