確定性篩選,建模幫助/反饋大家好!
我對JMP真的很陌生,想問一下我是否可以得到一些問題的反饋/答案。 我很確定其中一些是基於我這一面的缺乏理解,所以請耐心等待...。;)我當然試圖首先在文檔和培訓視頻中找到答案,但是我仍然沒有解決這個問題。
在工作中,我最近接手了細胞生長培養基(生物技術)的開發。 培養基由大約80種不同的成分以及一些其他因素(例如pH設置)組成。 大約有14種不同的儲備溶液/成分以不同的比例混合。 目前,我們在使用這種配方時存在一個問題,即要盡可能長時間地保持細胞存活,這意味著最後一天的生存能力(D10_viability)應盡可能高。
為了弄清楚哪些成分可能會對此產生影響,而又不會給以前的觀察結果帶來太大的偏見,我的想法是要進行確定性的篩選設計,其中要考慮其中的12種儲備溶液。 我認為幾乎所有情況都將出現二次方。 顯然,以一種我也可以評估(一定存在的)相互作用的方式對每種成分進行此操作會更好,但是手動操作是不可行的。
所以我所做的是使用當前公式作為中心點,然後從那裡開始。 因為我假設對於某些成分(例如痕量元素),期望會有更大的變化,所以我選擇了不同的“間隔”。 但是,我所做的是,我使用了不同的因子來改變設定值,例如,對於成分1(假設這是葡萄糖),因子為5,因此中心點(0)為例如5 g / L,低點(-1)為1 g / L,高點(+1)為25 g / L。 在這種特殊情況下,為0; 5和10可能也可以工作,但是在使用trace元素的情況下,僅將+1加倍可能並沒有多大作用。 同樣,對於pH值,我需要使用“期望的pH值”,而不是實際使用的值(這符合這些原則,但當然不是100%相同)。
我附加了文件,其中還包含一些響應和實際值,以及在DoE中使用的值和一些響應。
所以我的問題是:
這種方法有意義嗎/這是正確的嗎? 如果使用實際值,我將無法評估/進行確定的篩選,並且能源部的預期性能也很差。
如果我仍然使用主和二次進行擬合(不使用definitve篩選擬合工具),我會得到看起來像一個不錯的模型的東西,但是我不知道這是否有意義。
儘管“評估模型”對話框告訴我無法估計這些互動,但我是否可以添加我認為存在的互動?
事實證明,其中一種成分(nr 6)對D03已經存在的細胞極為致命。 使用確定性篩選工具,我可以很好地識別這一點(儘管在肉眼上也很明顯)。
當我使用相同的平台將D10_viability上的生存力視為響應時,我得到一些奇怪的結果,包括按行圖顯示的非常奇怪的殘差。 當我用大約40%的高成分(6)(在文件中用紅色標記)淘汰所有條件時,我不能再使用確定性篩選平台,但仍可以使用對我來說看起來不錯的模型。 顯然,評估模型平台告訴我,這不再是太好了。
這仍然有意義嗎?
此外,這僅在我從因子6的編碼中刪除原始高100時才有效...
對所有這些有點混亂和冗長的問題表示抱歉,但是我真的很感謝任何輸入!
分析工具美國能源部回复:確定性篩選,建模幫助/反饋將您到目前為止所做的模型和探索性分析圖放在表中,以便其他人可以檢查您所做的工作,這是否有用?
對單元格和設置為“隱藏並排除”的單元格進行著色的原因是什麼?
改變因子水平的因子100(對於低,中,高,因子水平為0.01-1-100)在您的領域是否正常且合理?
回复:確定性篩選,建模幫助/反饋感謝您的反饋-我試圖創建一些我遇到的模型,簡短描述
紅色標記的觀察結果是第3天的生存力為0,這與成分6的高值(+1 / 100)相吻合。 當我將它們放在並嘗試在此之後的幾天(第10天)建模時,一切對我來說都很奇怪-但是我不知道這是否是有效的方法
綠色用於中心點(不幸的是,其中一個與其他2個完全不同...:()
賦予因子水平
通常,使用1、10、100、1000等來進行測量,因為在使用細胞的分析中劑量響應中的值很常見;但是,這些響應曲線通常以對數標度繪製,並比較EC50(響應率為50%的EC50)-這實際上並不能使我更容易理解這種方法是否適用於此處
我的想法是:如果以100為中心,那麼如果我採用經典方法,最低的possibe值將為0(我想這是可以的),但是最高的值為200,對於大多數配料而言,這是不希望的有很強的作用
回想起來,我當然選擇的範圍太寬,但是我仍然想知道我是否可以完全使用這種方法來達到3個因子水平...