确定性筛选,建模帮助/反馈大家好!
我对JMP真的很陌生,想问一下我是否可以得到一些问题的反馈/答案。 我很确定其中一些是基于我这一面的缺乏理解,所以请耐心等待...。;)我当然试图首先在文档和培训视频中找到答案,但是我仍然没有解决这个问题。
在工作中,我最近接手了细胞生长培养基(生物技术)的开发。 培养基由大约80种不同的成分以及一些其他因素(例如pH设置)组成。 大约有14种不同的储备溶液/成分以不同的比例混合。 目前,我们在使用这种配方时存在一个问题,即要尽可能长时间地保持细胞存活,这意味着最后一天的生存能力(D10_viability)应尽可能高。
为了弄清楚哪些成分可能会对此产生影响,而又不会给以前的观察结果带来太大的偏见,我的想法是要进行确定性的筛选设计,其中要考虑其中的12种储备溶液。 我认为几乎所有情况都将出现二次方。 显然,以一种我也可以评估(一定存在的)相互作用的方式对每种成分进行此操作会更好,但是手动操作是不可行的。
所以我所做的是使用当前公式作为中心点,然后从那里开始。 因为我假设对于某些成分(例如痕量元素)预期会有更大的变化,所以我选择了不同的“间隔”。 但是,我所做的是,我使用了不同的因子来改变设定值,例如,对于成分1(假设这是葡萄糖),因子为5,因此中心点(0)为例如5 g / L,低点(-1)为1 g / L,高点(+1)为25 g / L。 在这种特殊情况下,为0; 5和10可能也可以工作,但在使用跟踪元素的情况下,仅将+1加倍可能不会有多大作用。 同样,对于pH值,我需要使用“期望的pH值”,而不是实际使用的值(这符合这些原则,但当然不是100%相同)。
我附加了该文件,其中还包含一些响应和实际值,以及在DoE中使用的值和一些响应。
所以我的问题是:
这种方法有意义吗/这是正确的吗? 如果使用实际值,我将无法评估/进行确定的筛选,并且能源部的预期性能也很差。
如果我仍然使用主和二次进行拟合(不使用definitve筛选拟合工具),我会得到看起来像一个不错的模型的东西,但是我不知道这是否有意义。
尽管“评估模型”对话框告诉我无法估计这些互动,但我是否可以加入我认为存在的互动?
事实证明,到D03时,其中一种成分(nr 6)对已经死亡的细胞极为致命。 使用确定性筛选工具,我可以很好地识别这一点(尽管在肉眼上也很明显)。
当我使用同一平台将D10_viability的生存力作为响应时,我得到一些奇怪的结果,包括按行图显示的非常奇怪的残差。 当我用大约40%的高成分(6)(在文件中用红色标记)淘汰所有条件时,我不能再使用确定性筛选平台,但仍可以使用对我来说看起来不错的模型。 显然,评估模型平台告诉我,这不再是太好了。
这仍然有意义吗?
此外,这仅在我从因子6的重新编码中删除原始高100时才有效...
对所有这些有点混乱和冗长的问题表示抱歉,但我真的很感谢任何输入!
分析工具美国能源部回复:确定性筛选,建模帮助/反馈将您到目前为止所做的模型和探索性分析图放在表中,以便其他人可以检查您所做的工作,这是否有用?
对单元格和设置为“隐藏并排除”的单元格进行着色的原因是什么?
改变因子水平的因子100(在低,中,高处为0.01-1-100)在您的领域中正常吗?
回复:确定性筛选,建模帮助/反馈感谢您的反馈-我试图创建一些我遇到的模型,简短描述
红色标记的观察结果是第3天的生存力为0,这与成分6的高值(+1 / 100)相吻合。 当我将它们放在并尝试在此之后的几天(第10天)建模时,一切对我来说都很奇怪-但是我不知道这是否是一种有效的方法
绿色用于中心点(不幸的是,其中一个与其他2个完全不同...:()
赋予因子水平
通常,使用1、10、100、1000等来进行测量,因为在使用细胞的分析中剂量响应中的值很常见;但是,这些响应曲线通常以对数标度绘制,并比较EC50(响应率为50%的EC50)-这实际上并不能使我更容易理解这种方法是否适用于此处
我的想法是:如果以100为中心,那么如果我采用经典方法,最低的possibe值将为0(我想这是可以的),但是最高的值为200,对于大多数配料而言,这是不希望的有很强的作用
回想起来,我当然选择的范围太宽,但是我仍然想知道我是否可以完全使用这种方法来达到3个因子水平...