決定的なスクリーニング、モデリングのヘルプ/フィードバック皆さんこんにちは!
私はJMPに本当に慣れていないので、いくつかの質問に対するフィードバック/回答を得ることができるかどうか尋ねたいと思います。 そのうちのいくつかは私の側の理解不足に基づいていると確信していますので、しばらくお待ちください。;)もちろん、私は最初にドキュメントとトレーニングビデオで答えを見つけようとしましたが、それでもまだこれが残っています。
仕事で、私は最近、私たちの細胞(バイオテクノロジー)用の増殖培地の開発を引き継ぎました。 培地は、約80の異なる成分と、いくつかの追加要素(pH設定など)で構成されています。 約14種類のストック溶液/成分のグループがあり、さまざまな比率で混合されています。 現在、この処方には問題があり、細胞をできるだけ長く生き続けることができます。つまり、最終日の生存率(D10_viability)をできるだけ高くする必要があります。
以前の観察からあまりバイアスをかけずに、どのコンポーネントコンポーネントがこれに影響を与える可能性があるかを理解するために、私のアイデアは、これらのストックソリューションのうち12個を要因として決定的なスクリーニング設計を実行することでした。 二次方程式はほとんどすべてに存在すると思います。 明らかに、(確かに存在する)相互作用を評価できる方法で個々の成分ごとにこれを行う方が良いでしょうが、それは手作業では実行できません。
だから私がしたことは、現在の定式化を中心点として使用し、そこから進むことでした。 一部の成分(微量元素など)では、何かが見られると予想される変化がはるかに大きいと想定しているため、異なる「間隔」を選択しました。 しかし、私がしたことは、例として意味するはずのさまざまな係数を使用して、設定値から値を変更したことです。成分1(これがブドウ糖であると想像してください)の場合、係数は5であったため、中心点(0)は例5g / L、最低点(-1)は1 g / L、最高点(+1)は25 g / Lです。 この特定のケースでは0; 5と10もおそらく機能しますが、微量元素の場合、+ 1を2倍にするだけではおそらくあまり効果がありません。 また、pHについては、実際に判明したものではなく、「期待されるpH」を使用する必要があります(これはこれらの線に沿っていましたが、もちろん100%同じではありません)。
いくつかの応答と実際の値、DoEで使用されている値、およびいくつかの応答も含まれているファイルを添付しました。
だから私の質問:
このアプローチは意味がありますか/これは正しいですか? 実際の値を使用すると、最終的なスクリーニングを評価/適合させることができず、DoEの期待されるパフォーマンスはひどいものになります。
メインと二次方程式を使用して(definitveスクリーニングフィッティングツールを使用せずに)とにかくフィットを実行すると、まともなモデルのように見えるものが得られますが、これが本当に意味があるかどうかはわかりません。
「モデルの評価」ダイアログで、これらを推定できないと表示されているにもかかわらず、存在すると思われる相互作用を入力できますか?
成分の1つ(nr 6)は、D03までにすでにオンになっているセルにとって非常に致命的であることが判明しました。 決定的なスクリーニングツールを使用して、これを非常にうまく識別できます(目でも明らかですが)。
同じプラットフォームを使用してD10_viabilityの実行可能性を応答として確認すると、行プロットによる非常に奇妙な残差など、いくつかの奇妙な結果が得られます。 条件の約40%である高いcomponent_6(ファイルで赤でマークされている)を使用してすべての条件を開始すると、最終的なスクリーニングプラットフォームを使用できなくなりますが、自分に似合うモデルには適合します。 明らかに、評価モデルプラットフォームは、これはもはや素晴らしいことではないと私に教えてくれます。
これはまだ意味がありますか?
また、これは、ファクター6の記録から元の高値100を削除した場合にのみ機能します...
これらのやや面倒で長い質問すべてについて申し訳ありませんが、私は本当にどんな種類の入力もいただければ幸いです!
アナリティクスDOE再:最終的なスクリーニング、モデリングのヘルプ/フィードバックこれまでに行ったモデルと探索的分析グラフをテーブルに入れて、他の人があなたの行ったことを確認できるようにするのは便利ではありませんか?
色付きのセルと「非表示および除外」として設定されているセルがある理由は何ですか?
ファクターレベル(低、中央、高の場合は0.01-1-100)を変更する際のファクター100は、あなたの分野では正常で妥当ですか?
再:最終的なスクリーニング、モデリングのヘルプ/フィードバックフィードバックに感謝します-私は遭遇したモデルのいくつかを作成しようとしましたが、簡単な説明があります
赤でマークされた観測値は、3日目に生存率が0であった観測値であり、成分6の高い値(+1/100)と一致します。 私がそれらを保持し、この後の日(10日目)をモデル化しようとすると、すべてが私にはかなり奇妙に見えます-しかし、これが有効なアプローチであるかどうかはわかりません
中心点には緑が使用されています(残念ながら、そのうちの1つは他の2つとはかなり異なります。:()。
因子レベルについて
一般に、細胞を使用したアッセイでの用量反応の値はかなり一般的であるため、1、10、100、1000、...のようなものを使用します。ただし、これらの応答曲線は通常、対数スケールでプロットされ、EC50(応答が50%の場合)が比較されます。これは、このアプローチがここで問題ないかどうかを理解するのに実際には簡単ではありません。
私の考えは、100が中心点である場合、古典的なアプローチを使用する場合、最小の可能性の値は0になりますが(これは大丈夫だと思います)、最大は200になり、ほとんどの成分では期待できません。非常に強い効果があります
振り返ってみると、私は確かに広すぎる範囲を選択しましたが、3つの要素レベルを持つためにこのアプローチを使用できるかどうかまだ疑問でした...