Hallo allerseits!
Ich bin relativ neu bei JMP und möchte fragen, ob ich Feedback / Antworten auf einige Fragen erhalten könnte. Ich bin mir ziemlich sicher, dass einige von ihnen auf einem Mangel an Verständnis auf meiner Seite beruhen. Bitte haben Sie etwas Geduld.;)Ich habe natürlich versucht, zuerst Antworten in Dokumentationen und Schulungsvideos zu finden, aber ich bin immer noch damit beschäftigt.
Bei der Arbeit habe ich kürzlich die Entwicklung von Wachstumsmedien für unsere Zellen (Biotech) übernommen. Das Medium besteht aus ca. 80 verschiedenen Komponenten sowie einem zusätzlichen Faktor (z. B. pH-Einstellung). Es gibt ungefähr 14 verschiedene Stammlösungen / Gruppen von Ingrendienten, die in unterschiedlichen Verhältnissen gemischt werden. Wir haben derzeit ein Problem mit dieser Formulierung, um die Zellen so lange wie möglich am Leben zu halten, was bedeutet, dass die Lebensfähigkeit am letzten Tag (D10_viability) so hoch wie möglich sein sollte.
Um herauszufinden, welche Komponenten dies ohne zu große Abweichungen von früheren Beobachtungen beeinflussen könnten, war meine Idee, ein definitives Screening-Design mit 12 dieser Stammlösungen als Faktor durchzuführen. Ich würde davon ausgehen, dass Quadratics für fast alle vorhanden sein werden. Natürlich wäre es schöner, dies für jede einzelne Zutat so zu tun, dass ich auch die (sicherlich vorhandenen) Wechselwirkungen beurteilen kann, aber das ist nicht von Hand möglich.
Also habe ich die aktuelle Formulierung als Mittelpunkt verwendet und bin von dort aus weitergegangen. Da ich davon ausgehe, dass für einige Inhaltsstoffe (z. B. Spurenelemente) eine viel größere Änderung zu erwarten ist, habe ich verschiedene "Intervalle" gewählt. Was ich jedoch getan habe, ist, dass ich die Werte vom Sollwert unter Verwendung verschiedener Faktoren geändert habe, was zum Beispiel bedeuten soll: Für Zutat 1 (stellen wir uns nur vor, dies war Glukose) war der Faktor 5, also ist der Mittelpunkt (0) für Beispiel 5 g / l, der Tiefpunkt (-1) ist 1 g / l und der Hochpunkt (+1) ist 25 g / l. In diesem speziellen Fall 0; 5 und 10 hätten wahrscheinlich auch funktioniert, aber im Fall von Spurenelementen würde eine Verdoppelung für +1 wahrscheinlich nicht viel bewirken. Auch für den pH-Wert muss ich den "erwarteten pH-Wert" verwenden und nicht das, was sich in der Realität herausstellte (was in diese Richtung ging, aber natürlich nicht zu 100% gleich).
Ich habe die Datei angehängt, die auch einige Antworten und die tatsächlichen Werte und die im DoE verwendeten sowie einige Antworten enthält.
Also meine Fragen:
Ist dieser Ansatz sinnvoll / ist das richtig? Wenn ich die realen Werte verwende, kann ich kein endgültiges Screening bewerten / anpassen und die erwartete Leistung des DoE ist schrecklich.
Wenn ich sowieso eine Anpassung (ohne das definitive Screening-Anpassungswerkzeug) mit Netz und Quadrat durchführe, bekomme ich etwas, das wie ein anständiges Modell aussieht, aber ich habe keine Ahnung, ob dies wirklich Sinn macht ...
Kann ich Interaktionen einfügen, von denen ich glaube, dass sie existieren, obwohl der Dialog "Modell bewerten" mir sagt, dass diese nicht geschätzt werden können?
Es stellte sich heraus, dass einer der Inhaltsstoffe (Nr. 6) bereits von D03 für die Zellen extrem tödlich war. Ich kann dies mit dem endgültigen Screening-Tool recht gut identifizieren (obwohl es auch mit dem Auge offensichtlich ist).
Wenn ich dieselbe Plattform verwende, um die Lebensfähigkeit von D10_viability als Antwort zu betrachten, erhalte ich einige seltsame Ergebnisse, einschließlich sehr seltsamer Residuen nach Zeilendiagrammen. Wenn ich alle Bedingungen mit der hohen Zutat_6 (in der Datei rot markiert) ausschalte, was ungefähr 40% der Bedingungen entspricht, kann ich die endgültige Screening-Plattform nicht mehr verwenden, kann aber trotzdem Modelle passen, die für mich gut aussehen. Offensichtlich sagt mir die Evaluierungsmodellplattform, dass dies nicht mehr großartig ist.
Macht das noch Sinn?
Dies funktioniert auch nur, wenn ich die ursprüngliche hohe 100 aus der Neukodierung für Faktor 6 entferne ...
Entschuldigung für all diese etwas chaotischen und langen Fragen, aber ich würde mich über jede Art von Eingabe sehr freuen!
Ist es nicht nützlich, Ihr Modell und die Explorationsanalysediagramme, die Sie bisher erstellt haben, in die Tabelle aufzunehmen, damit andere überprüfen können, was Sie getan haben?
Was ist der Grund für farbige Zellen und Zellen, die als "Ausblenden und Ausschließen" festgelegt sind?
Ist der Faktor 100 bei der Änderung des Faktorpegels (0,01 - 1 - 100 für niedrig, mittel, hoch) in Ihrem Bereich normal und angemessen?
Vielen Dank für das Feedback - Ich habe versucht, einige der Modelle zu erstellen, denen ich begegnet bin, die eine kurze Beschreibung haben
Die rot markierten Beobachtungen sind diejenigen, die am Tag 3 eine Lebensfähigkeit von 0 hatten, was mit den hohen Werten für Bestandteil 6 (+1 / 100) übereinstimmt. Wenn ich sie im behalten und versuche, Tage danach (Tag 10) zu modellieren, sieht alles für mich ziemlich seltsam aus - ich habe jedoch keine Ahnung, ob dies ein gültiger Ansatz ist
Grün wird für die Mittelpunkte verwendet (leider ist einer von ihnen ganz anders als die anderen 2 ...:()
in Bezug auf die Faktorstufen
Im Allgemeinen ist die Verwendung von 1, 10, 100, 1000, ... als Werte in einer Dosisantwort in Assays unter Verwendung von Zellen ziemlich häufig. Diese Antwortkurven werden jedoch normalerweise auf einer logarithmischen Skala aufgezeichnet und EC50 (die mit 50% Antwort) verglichen - dies macht es mir nicht wirklich leichter zu verstehen, ob dieser Ansatz hier in Ordnung ist
Mein Gedanke war: Wenn 100 der Mittelpunkt ist, dann wäre der niedrigste mögliche Wert 0 (was in Ordnung ist, denke ich), aber der höchste wäre 200, was für die meisten Zutaten nicht zu erwarten wäre eine sehr starke Wirkung haben
im nachhinein habe ich die bereiche sicherlich zu breit gewählt, aber ich habe mich immer noch gefragt, ob ich diesen ansatz überhaupt für 3 faktorstufen verwenden könnte ...
