Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Bonjour,
nous sommes en contact avec une entreprise utilisant le GC-FID (Gas Chromatography-Flame ionization detector) comme outil d'analyse.
Ils comparent les matières premières et souhaitent comprendre quelle propriété analytique conduit à de meilleures performances.
Quelqu'un a-t-il ce genre de données ?
PLS semble un outil approprié mais j'ai vu SVM dans certaines publications, une idée ?
Je pensais aussi à FDE mais est-ce que cela vaut le coût supplémentaire si PLS est l'outil traditionnel ?
Merci.
Emmanuelle
@Phil_Kay @Bill_Worley
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Merci à vous tous pour vos réponses, très utiles.
@HadleyMyers @Phil_Kay @Mark_Bailey @Bill_Worley @Peter_Hersh @Dan_valente
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Salut Hadley,
c'est bon à savoir, merci.
Emmanuelle
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Bonjour Emmanuel,
Je pense que c'est l'ensemble de données auquel Pete fait référence.Il s'agit simplement des données de fermentation converties en grand format.Quiconque essaie de l'analyser à l'aide de PLS constatera qu'il est plus long et beaucoup plus compliqué que le flux de travail FDE, et qu'il ne fournit toujours pas de réponses aussi faciles à communiquer.
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Bonjour Peter,
en effet, j'avais en tête de promouvoir DTW. Cependant, à l'heure actuelle, le client a déclaré qu'il était facile de réduire la taille de l'ensemble de données de 70 000 lignes à 7 000 et d'aligner les chromatogrammes, de sorte qu'il n'y avait pas de problème évident. Je verrai lors de la réunion de suivi. je contacterai @HadleyMyers pour l'ensemble de données que vous avez mentionné.
Emmanuelle
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Bonjour Dan,
ma compréhension est "domaine temporel", mais cela vaut la peine de vérifier donc je vais le faire.
L'ensemble de données "Gasoline Octane NIR" est-il mentionné ici ( D50 Essence Octane NIR (Gardner) - Communauté d'utilisateurs JMP ) ?
Emmanuelle
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Beaucoup de bonnes réponses ici.
J'ajouterais simplement que vous devriez d'abord vérifier certains détails de leur défi d'analyse de données. Tout d’abord, de quelle forme de données disposent-ils : chromatogramme brut ou données résumées sous forme de « tableau des pics » ?
Avec les méthodes de chromatographie, le logiciel de l'instrument identifiera souvent les différents pics du chromatogramme pour chaque échantillon et produira des statistiques récapitulatives (surface intégrée, largeur, symétrie, ...) pour chaque pic. Souvent, un tableau de données de zone intégrée pour chaque pic de chaque échantillon est ce dont ils ont besoin pour résoudre leur problème scientifique. Fondamentalement, chaque entité chimique différente dans un échantillon produira un pic en un point unique sur l’axe temps/x du chromatogramme. La superficie du pic est proportionnelle à la quantité de cette entité dans l'échantillon.
Faites-moi savoir si c'est ce qu'ils doivent faire. J'ai un exemple que vous pourrez peut-être utiliser mais je ne souhaite pas le partager largement.
S'ils doivent utiliser des chromatogrammes bruts, FDE pourrait être utile, comme d'autres l'ont mentionné. Il existe quelques exemples de clients qui le font déjà dans certaines circonstances. Mais les capacités du FDE nécessitent encore un développement considérable pour être réellement utiles dans la majorité des exemples de chromatographie.Actuellement, FDE ne sera utile qu'avec des chromatogrammes très simples et il ne semble pas que ce soit le cas dans votre exemple. Je ne connais aucun exemple d'ensemble de données que vous pourriez utiliser.
J'espère que ça aide.
Phil
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Vous pourrez peut-être quantifier les résultats si les FPC étaient calibrés. Un exemple simple, préparez des échantillons avec une composition connue, obtenez les fonctions, puis utilisez les variables de composition comme informations supplémentaires. Comme un FDOE.
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Emmanuel,
FDE est un bon moyen de comparer des chromatogrammes, mais n'est pas nécessairement un outil que vous utiliseriez pour quantifier ce type de données.Cependant, si vous disposez d’une courbe cible, cela peut être très utile.
Les chromatogrammes GC sont basés sur le temps d'élution d'un composé vaporisé donné après son interaction (ou non) avec une phase stationnaire dans une colonne chromatographique.Toute chromatographie repose en général sur des principes similaires.Le mode de détection peut varier considérablement.
Une fois qu'un échantillon est injecté dans le four, il est vaporisé instantanément et ce mélange de gaz est transporté vers la colonne par un gaz porteur.Généralement de l'hélium, mais l'hydrogène est également utilisé comme gaz vecteur.La GC peut être utilisée pour identifier ou quantifier.
L'identification repose sur l'injection de composés connus dans le système chromatographique et la détermination du temps de rétention lors de leur élution à travers le détecteur, FID dans ce cas.Lorsque le composé atteint le détecteur, il « brûle » et génère un signal qui est enregistré dans un « chromatogramme ».Cela peut être une utilisation raisonnable du FDE avec une courbe cible.
La quantification est plus complexe et nécessite la préparation de solutions contenant des quantités connues du ou des composés d'intérêt.Vous développeriez une courbe d’étalonnage à partir de ce type d’analyse.
Le PLS est raisonnable si le chromatogramme entier est enregistré et s'il comporte des points temporels comme en-têtes de colonne similaires aux données spectroscopiques proche infrarouge dans les données sur l'essence qui @Daniel_Valente recommandé.Chaque ligne est un échantillon.
Ces données sont très larges et c'est pourquoi PLS fonctionne si bien.J'ai trouvé que la régression généralisée fonctionne également très bien en utilisant un réseau élastique d'analyse avec des données spectrales et que les réseaux neuronaux valent également la peine d'être essayés en raison de leur flexibilité.
Je suggérerais de contacter @JeremyAshJMP car il a travaillé avec des données chromatographiques et un algorithme de recherche de pics dans la plateforme FDE.
Désolé pour la leçon sur la chromatographie, mais j'espère qu'elle aidera à mieux comprendre ce que votre client essaie de réaliser.
Meilleur,
Facture
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?@Emmanuel_Romeu ,
PLS est depuis longtemps la norme industrielle pour ce type d’analyse.Personnellement, je pense que FDE fonctionne à merveille pour ce type de données, en particulier lorsque vous tenez compte de toutes les options de manipulation de données telles que DTW.L'analyse des données de chromatographie peut être un défi car les analyses peuvent être de durées différentes (au moins dans le cadre de la R&D) et c'est très pénible à analyser avec PLS.@HadleyMyers a un excellent exemple des difficultés liées à l'utilisation de PLS lorsque les données ne sont pas dans une forme parfaite.Voici la diapositive. Le message de base, l'analyse de cela avec PLS a pris des mois et a abouti à un document de recherche.Cela peut être fait en quelques minutes avec FDE.
Re : Données GC-FID : PLS, SVM, FDE ?Savez-vous si les données sont dans le domaine fréquentiel ou temporel ?
ETA : ressemble au domaine fréquentiel. L’ensemble de données Gasoline NIR serait probablement proche. PLS est utilisé ici.
En supposant quelque chose comme ceci : https://www.researchgate.net/figure/Gas-chromatography-flame-ionization-detector-FID-results-of-the-outer-nest-tube_fig1_43285974
