JMP Genomics - 將異構體水平的差異表達數據壓縮至基因水平我有一個 RNA-Seq 數據集，其中讀數被映射到轉錄本水平，從而產生多個共享共同基因 ID 的唯一轉錄本標識符。 我在 JMP Genomics 中在轉錄標識符水平上執行差異基因表達，但我想以統計上有意義的方式將該信息折疊到基因水平。 大多數下游數據分析工具（基因本體、通路分析）將需要基因水平信息和表達數據。 目前，我沒有軟件解決方案可以讓我在 JMP Genomics 之前繪製到基因水平。 JMP Genomics 中是否已有解決方案？
質量和工藝工程回复：JMP Genomics - 將同種型水平差異表達數據折疊到基因水平順便說一句，這也適用於基本表達工作流程和基本 RNA 測序工作流程。
回复：JMP Genomics - 將同種型水平差異表達數據折疊到基因水平為什麼是的。按變量和用於合併主要註釋數據的變量（如果使用單獨的註釋文件）項目應與入藏號一起使用。 如果基因名稱與表達數據和登錄號位於同一文件中，則可以使用“標籤變量”項將基因名稱放入其中。 請參閱屏幕截圖了解放置位置。
回复：JMP Genomics - 將同種型水平差異表達數據折疊到基因水平謝謝克里斯。
因此，在對我們的序列分析軟件（Geneious Prime）進行更多審查後，我們能夠在基因水平上重新計算表達。 這大大減少了基因水平的冗餘量，但是我們的輸入數據表中仍然有數百行具有重複的基因名稱，但這些變體的登錄號是唯一的。 我計劃使用這些獨特的登錄號進行差異表達，但是有沒有辦法繼承基因名稱和登錄號來註釋火山圖、方差分析輸出等內容？ 謝謝！
回复：JMP Genomics - 將同種型水平差異表達數據折疊到基因水平你好@路易斯阿爾塔穆拉,
您有 RNA-seq 數據的註釋文件嗎？ 有時，當數據映射到轉錄水平時，會創建一個註釋文件，該文件也可能映射到基因水平（基因符號或 entrez 基因 ID）。如果你只有轉錄本 ID，你如何知道哪些轉錄本屬於哪個基因？也許該源可用於註釋文件，或者更好的是，該信息列可以合併到主轉錄本數據文件中。
如果您正在尋找的話，您始終可以在基因水平上進行 DEG。 JMP Genomics 中有一個機制可以實現這一點。 您可以將基因 ID 添加為“按變量”項，而不是轉錄本 ID。 您可以將成績單 ID 放在行級別類別變量部分。 將對該基因的轉錄本進行平均，然後將該基因用於 DEG。
如果您只想讓 JMP Genomics 導出結果以及轉錄本數據和基因 ID，並讓下一個軟件為您求平均值，則需要一個註釋文件。
另一種想法是，如果您有轉錄本的公共 ID，那麼可以使用 UCSC 基因組瀏覽器之類的工具來獲取該物種的轉錄本 ID 和基因 ID。 然後可以將其用於合併到轉錄數據中。 如果您使用 ANOVA 平台，則使用基因 ID 作為“按變量”部分。
如果您使用的是 RNA-Seq 工作流程，那麼您將無法將基因 ID 指定為您想要的分析水平。 但是，SAS 數據集實用程序 > 列下有一個名為“統計列”的實用程序，您可以在其中使用基因 ID 作為要匯總的變量以及要匯總的變量中的樣本。 您還可以在選項選項卡中選擇如何匯總：平均值、中位數等。但這確實假設您在同一數據集中擁有轉錄本 ID 和基因 ID。
