我有一個RNA-Seq數據集，其中的讀段被映射到轉錄本水平，從而導致多個唯一的轉錄本標識符共享共同的基因ID。 我正在轉錄子標識符一級在JMP基因組學中執行差異基因表達，但我想以統計學上有意義的方式將該信息折疊到基因一級。 大多數下游數據分析工具（基因本體論，途徑分析）將需要基因水平信息和表達數據。 目前，我沒有允許我在JMP Genomics之前映射到基因水平的軟件解決方案。 JMP Genomics中是否已經存在解決方案？
你好@LouisAltamura ，
您是否有RNA-seq數據的註釋文件？ 有時，當數據映射到腳本級別時，會創建一個註釋文件，該註釋文件也可能映射到基因級別（基因符號或entrez基因ID）。如果您只有轉錄本ID，您如何知道哪些轉錄本屬於哪個基因？也許該來源可以用於註釋文件，或者更好，該信息列可以合併到主要成績單數據文件中。
如果您正在尋找基因，那麼您始終可以在基因水平上進行DEG。 JMP Genomics中有一種機制。 您可以將基因ID作為“變量”項添加，而不是抄本ID。 您可以將筆錄ID放在行級別類別變量部分。 將該基因的轉錄本取平均值，然後將該基因用於DEG。
如果您只是想讓JMP Genomics連同成績單數據以及基因ID一起導出結果，然後讓下一個軟件為您進行平均，那麼將需要一個註釋文件。
另一個想法是，如果您擁有轉錄本的公共ID，則可以使用UCSC基因組瀏覽器之類的工具來獲取該物種的轉錄本ID和基因ID。 然後可以將其合併到筆錄數據中。 如果使用的是ANOVA平台，則將基因ID用作“按變量”部分。
如果您使用的是RNA-Seq工作流程，則無法將基因ID指定為所需的分析級別。 但是，在SAS數據集實用程序>列下有一個稱為列的統計信息的實用程序，您可以在其中使用基因ID作為匯總的變量和要匯總的變量中的樣本。 您還可以在選項選項卡中選擇如何匯總：平均值，中位數等。但這確實假設您在同一數據集中具有轉錄本ID和基因ID。
