Tengo un conjunto de datos de RNA-Seq donde las lecturas se asignan al nivel de transcripción, lo que da como resultado múltiples identificadores de transcripción únicos que comparten ID de genes comunes. Estoy realizando expresión genética diferencial en JMP Genomics a nivel de identificadores de transcripción, pero me gustaría colapsar esa información a nivel genético de una manera estadísticamente significativa. La mayoría de las herramientas de análisis de datos posteriores (ontología genética, análisis de vías) requerirán información a nivel de genes y datos de expresión. Por el momento, no tengo una solución de software que me permita mapear el nivel de genes antes de JMP Genomics. ¿Existe una solución para esto en JMP Genomics?
Hola @LouisAltamura ,
¿Tiene un archivo de anotaciones para los datos de RNA-seq? A veces, cuando los datos se asignan al nivel de la transcripción, se crea un archivo de anotación que también puede asignarse al nivel del gen (símbolo del gen o ID del gen entrez).Si solo tiene los ID de las transcripciones, ¿cómo sabe qué transcripciones pertenecen a qué gen?Tal vez esa fuente se pueda usar para el archivo de anotaciones o, mejor aún, esa columna de información se puede fusionar en el archivo de datos de transcripción principal.
Siempre puede hacer DEG a nivel genético, si eso es lo que está buscando. Hay un mecanismo para eso en JMP Genomics. Puede agregar el ID del gen como el elemento Por variables en lugar del ID de la transcripción. Puede colocar el ID de la transcripción en la sección de variables de categoría de nivel de fila. Las transcripciones se promediarán para ese gen y luego ese gen se usará para DEG.
Si solo desea que JMP Genomics exporte los resultados con los datos de la transcripción junto con un ID de gen y deje que el próximo software haga el promedio por usted, entonces se necesitará un archivo de anotación.
Otro pensamiento, si tiene las ID públicas para las transcripciones, entonces se puede usar algo como el navegador del genoma de UCSC para obtener las ID de las transcripciones y las ID de genes para esa especie. Eso luego se puede usar para fusionar con los datos de la transcripción. Luego, use la ID del gen como la sección Por variables si está usando la plataforma ANOVA.
Si está utilizando el flujo de trabajo RNA-Seq, no podrá especificar el ID del gen como el nivel de análisis que desea. Sin embargo, hay una utilidad llamada Estadísticas para columnas en Utilidades del conjunto de datos SAS> Columnas donde puede usar el ID del gen como las variables por las cuales resumir y las muestras en las variables que se resumirán. También puede elegir cómo resumir en la pestaña de opciones: Media, mediana, etc. Pero esto supone que tiene la ID de la transcripción y la ID del gen en el mismo conjunto de datos.
