我有一个RNA-Seq数据集，其中的读段被映射到转录本水平，从而导致多个唯一的转录本标识符共享共同的基因ID。 我正在转录子标识符一级在JMP基因组学中执行差异基因表达，但我想以统计学上有意义的方式将该信息折叠到基因一级。 大多数下游数据分析工具（基因本体论，途径分析）将需要基因水平信息和表达数据。 目前，我没有允许我在JMP Genomics之前映射到基因水平的软件解决方案。 JMP Genomics中是否已经存在解决方案？
你好@LouisAltamura ，
您是否有RNA-seq数据的注释文件？ 有时，当数据映射到脚本级别时，会创建一个注释文件，该注释文件也可能映射到基因级别（基因符号或entrez基因ID）。如果您只有转录本ID，您如何知道哪些转录本属于哪个基因？也许该来源可以用于注释文件，或者更好，该信息列可以合并到主要成绩单数据文件中。
如果您正在寻找基因，那么您始终可以在基因水平上进行DEG。 JMP Genomics中有一种机制。 您可以将基因ID作为“变量”项添加，而不是抄本ID。 您可以将笔录ID放在行级别类别变量部分。 将该基因的转录本取平均值，然后将该基因用于DEG。
如果您只是想让JMP Genomics连同成绩单数据以及基因ID一起导出结果，然后让下一个软件为您进行平均，那么将需要一个注释文件。
另一个想法是，如果您拥有转录本的公共ID，则可以使用UCSC基因组浏览器之类的工具来获取该物种的转录本ID和基因ID。 然后可以将其合并到笔录数据中。 如果使用的是ANOVA平台，则将基因ID用作“按变量”部分。
如果您使用的是RNA-Seq工作流程，则无法将基因ID指定为所需的分析级别。 但是，在SAS数据集实用程序>列下有一个称为列的统计信息的实用程序，您可以在其中使用基因ID作为汇总的变量以及要汇总的变量中的样本。 您还可以在选项选项卡中选择如何汇总：平均值，中位数等。但这确实假设您在同一数据集中具有转录本ID和基因ID。
