읽기가 전사 수준에 매핑되는 RNA-Seq 데이터 세트가있어 공통 유전자 ID를 공유하는 여러 고유 전사 식별자가 생성됩니다. 저는 JMP Genomics에서 전 사체 식별자 수준에서 차등 유전자 발현을 수행하고 있지만 그 정보를 통계적으로 의미있는 방식으로 유전자 수준으로 축소하고 싶습니다. 대부분의 다운 스트림 데이터 분석 도구 (유전자 온톨로지, 경로 분석)에는 유전자 수준 정보와 발현 데이터가 필요합니다. 현재로서는 JMP Genomics 이전의 유전자 수준에 매핑 할 수있는 소프트웨어 솔루션이 없습니다. JMP Genomics에 이미 존재하는 솔루션이 있습니까?
안녕 대한민국 ,
RNA-seq 데이터에 대한 주석 파일이 있습니까? 데이터가 전사 수준에 매핑 될 때 유전자 수준 (유전자 기호 또는 entrez 유전자 ID)에도 매핑 될 수있는 주석 파일이 생성되는 경우가 있습니다.전 사체 ID 만있는 경우 어떤 전사 체가 어떤 유전자에 속하는지 어떻게 알 수 있습니까?해당 소스를 주석 파일에 사용하거나 더 나은 방법으로 해당 정보 열을 기본 성적 기록 데이터 파일에 병합 할 수 있습니다.
당신이 찾고있는 것이 있다면, 당신은 항상 유전자 수준에서 DEG를 할 수 있습니다. JMP Genomics에는이를위한 메커니즘이 있습니다. 성적표 ID 대신 변수 기준 항목으로 유전자 ID를 추가 할 수 있습니다. 행 수준 범주 변수 섹션에 성적 증명서 ID를 넣을 수 있습니다. 전 사체는 해당 유전자에 대한 평균을 낸 다음 해당 유전자가 DEG에 사용됩니다.
JMP Genomics가 유전자 ID와 함께 성적표 데이터와 함께 결과를 내보내고 다음 소프트웨어가 평균을 내도록하려는 경우 주석 파일이 필요합니다.
또 다른 생각은, 성적표에 대한 공개 ID가있는 경우 UCSC 게놈 브라우저와 같은 것을 사용하여 해당 종의 성적표 ID와 유전자 ID를 가져올 수 있습니다. 그런 다음 기록 데이터에 병합하는 데 사용할 수 있습니다. 그런 다음 ANOVA 플랫폼을 사용하는 경우 유전자 ID를 변수 별 섹션으로 사용합니다.
RNA-Seq 워크 플로우를 사용하는 경우 원하는 분석 수준으로 유전자 ID를 지정할 수 없습니다. 그러나 SAS Data Set Utilties> Columns 아래에 Statistics for Columns라는 유틸리티가 있습니다. 여기서 유전자 ID를 요약 할 변수로 사용하고 변수의 샘플은 요약 할 변수로 사용할 수 있습니다. 또한 옵션 탭에서 요약 방법 (평균, 중앙값 등)을 선택할 수 있습니다. 그러나 이것은 동일한 데이터 세트에 전 사체 ID와 유전자 ID가 있다고 가정합니다.
