読み取りが転写レベルにマッピングされ、共通の遺伝子IDを共有する複数の一意の転写識別子が得られるRNA-Seqデータセットがあります。 私はJMPゲノミクスで転写物識別子のレベルで差次的遺伝子発現を行っていますが、統計的に意味のある方法でその情報を遺伝子レベルにまとめたいと思います。 ダウンストリームデータ分析ツール（遺伝子オントロジー、経路分析）のほとんどは、遺伝子レベルの情報と発現データを必要とします。 現時点では、JMPゲノミクス以前の遺伝子レベルにマッピングできるソフトウェアソリューションはありません。 JMPゲノミクスにこれに対する解決策はすでに存在しますか？
こんにちは@LouisAltamura 、
RNA-seqデータのアノテーションファイルはありますか？ データがトランスクリプトレベルにマッピングされると、遺伝子レベル（遺伝子シンボルまたはentrez遺伝子ID）にもマッピングされる可能性のある注釈ファイルが作成される場合があります。トランスクリプトIDしかない場合、どのトランスクリプトがどの遺伝子に属しているかをどうやって知ることができますか？おそらく、そのソースを注釈ファイルに使用することも、その情報の列をメインのトランスクリプトデータファイルにマージすることもできます。
それがあなたが探しているものであるならば、あなたはいつでも遺伝子レベルでDEGをすることができます。 JMPゲノミクスにはそのためのメカニズムがあります。 トランスクリプトIDの代わりに変数別アイテムとして遺伝子IDを追加できます。 トランスクリプトIDは、行レベルのカテゴリ変数セクションに配置できます。 転写産物はその遺伝子について平均化され、次にその遺伝子がDEGに使用されます。
JMPGenomicsに遺伝子IDとともにトランスクリプトデータを含む結果をエクスポートさせ、次のソフトウェアに平均化を行わせることだけを検討している場合は、注釈ファイルが必要になります。
別の考えとして、転写物の公開IDがある場合は、UCSCゲノムブラウザーのようなものを使用して、その種の転写物IDと遺伝子IDを取得できます。 その後、それを使用してトランスクリプトデータにマージできます。 次に、ANOVAプラットフォームを使用している場合は、遺伝子IDを[変数別]セクションとして使用します。
RNA-Seqワークフローを使用している場合、必要な分析のレベルとして遺伝子IDを指定することはできません。 ただし、[SASデータセットユーティリティ]> [列]の下に[列の統計]というユーティリティがあり、要約する変数として遺伝子IDを使用し、要約する変数のサンプルを使用できます。 また、オプションタブで要約する方法を選択することもできます：平均、中央値など。ただし、これは、同じデータセットに転写物IDと遺伝子IDがあることを前提としています。
