Ho un set di dati RNA-Seq in cui le letture sono mappate a livello di trascrizione, risultando in più identificatori di trascrizione univoci che condividono ID genici comuni. Sto eseguendo un'espressione genica differenziale in JMP Genomics a livello di identificatori di trascrizione, ma vorrei comprimere tali informazioni a livello di gene in modo statisticamente significativo. La maggior parte degli strumenti di analisi dei dati a valle (ontologia genica, analisi del percorso) richiederanno informazioni a livello genico e dati di espressione. Al momento, non ho una soluzione software che mi consenta di mappare il livello genico precedente a JMP Genomics. Esiste già una soluzione per questo in JMP Genomics?
Ciao @LouisAltamura ,
Hai un file di annotazione per i dati RNA-seq? A volte, quando i dati vengono mappati a livello di trascrizione, viene creato un file di annotazioni che potrebbe anche mappare a livello di gene (simbolo del gene o ID gene entrez).Se hai solo gli ID delle trascrizioni, come fai a sapere quali trascrizioni appartengono a quale gene?Forse quella fonte può essere utilizzata per il file di annotazioni o, meglio ancora, quella colonna di informazioni può essere unita al file di dati della trascrizione principale.
Puoi sempre fare DEG a livello genetico, se è quello che stai cercando. Esiste un meccanismo per questo in JMP Genomics. È possibile aggiungere l'ID gene come elemento Per variabili invece dell'ID trascrizione. È possibile inserire l'ID della trascrizione nella sezione delle variabili di categoria a livello di riga. Le trascrizioni saranno mediate per quel gene, quindi quel gene sarà usato per DEG.
Se stai solo cercando di fare in modo che JMP Genomics esporti i risultati con i dati della trascrizione insieme a un ID gene e lasci che il software successivo faccia la media per te, sarà necessario un file di annotazione.
Un altro pensiero, se si dispone degli ID pubblici per le trascrizioni, è possibile utilizzare qualcosa come il browser genoma UCSC per ottenere gli ID trascrizione e gli ID gene per quella specie. Questo può quindi essere utilizzato per unire i dati della trascrizione. Quindi utilizzare l'ID gene come sezione Per variabili se si utilizza la piattaforma ANOVA.
Se si utilizza il flusso di lavoro RNA-Seq, non sarà possibile specificare l'ID gene come livello di analisi desiderato. Tuttavia, esiste un'utilità denominata Statistiche per colonne in Utilità set di dati SAS> Colonne in cui è possibile utilizzare l'ID gene come variabili in base alle quali riepilogare e i campioni nelle variabili da riepilogare. Puoi anche scegliere come riassumere nella scheda delle opzioni: Media, mediana, ecc. Ma questo presuppone che tu abbia l'ID della trascrizione e l'ID del gene nello stesso set di dati.
