JMP Genomics – Reduzieren der differentiellen Expressionsdaten auf Isoformenebene auf GenebeneIch habe einen RNA-Seq-Datensatz, in dem Lesevorgänge auf Transkriptebene abgebildet werden, was dazu führt, dass mehrere eindeutige Transkriptidentifikatoren gemeinsame Gen-IDs teilen. Ich führe in JMP Genomics eine differenzielle Genexpression auf der Ebene der Transkriptidentifikatoren durch, möchte diese Informationen jedoch auf statistisch aussagekräftige Weise auf die Genebene reduzieren. Die meisten nachgelagerten Datenanalysetools (Genontologie, Signalweganalyse) erfordern Informationen und Expressionsdaten auf Genebene. Im Moment verfüge ich über keine Softwarelösung, die mir eine Kartierung auf Genebene vor JMP Genomics ermöglicht. Gibt es hierfür bereits eine Lösung in JMP Genomics?
Qualitäts- und VerfahrenstechnikBetreff: JMP Genomics – Reduzieren der differentiellen Expressionsdaten auf Isoformebene auf GenebeneÜbrigens funktioniert dies auch für den Basic Expression-Workflow und den Basic RNA-Seq-Workflow.
Betreff: JMP Genomics – Reduzieren der differentiellen Expressionsdaten auf Isoformebene auf GenebeneWarum ja, das gibt es.Nach Variablen und Variablen, anhand derer primäre Annotationsdaten zusammengeführt werden (bei Verwendung einer separaten Annotationsdatei) sollten Elemente mit der Zugangsnummer verwendet werden. Sie können das Element „Variable beschriften“ verwenden, um den Gennamen einzugeben, wenn er sich in derselben Datei wie die Expressionsdaten und die Zugangsnummer befindet. Sehen Sie sich den Screenshot an, um zu sehen, wo es platziert werden soll.
Betreff: JMP Genomics – Reduzieren der differentiellen Expressionsdaten auf Isoformebene auf GenebeneDanke Chris.
Nach einer weiteren Überprüfung unserer Sequenzanalysesoftware (Geneious Prime) konnten wir die Expression auf Genebene neu berechnen. Dadurch wurde die Redundanz auf Genebene erheblich reduziert, aber es gibt immer noch einige hundert Zeilen in unseren Eingabedatentabellen mit doppelten Gennamen, aber eindeutigen Zugangsnummern für diese Varianten. Ich habe vor, diese eindeutigen Zugangsnummern für den differenziellen Ausdruck zu verwenden, aber gibt es eine Möglichkeit, sowohl den Gennamen als auch die Zugangsnummer zu übertragen, um Dinge wie Vulkandiagramme, ANOVA-Ausgaben usw. zu kommentieren? Danke!
Betreff: JMP Genomics – Reduzieren der differentiellen Expressionsdaten auf Isoformebene auf GenebeneHallo @LouisAltamura ,
Haben Sie eine Annotationsdatei für die RNA-seq-Daten? Wenn die Daten der Transkriptebene zugeordnet werden, wird manchmal eine Annotationsdatei erstellt, die möglicherweise auch der Genebene zugeordnet wird (Gensymbol oder Entrez-Gen-ID).Wenn Sie nur die Transkript-IDs haben, woher wissen Sie dann, welche Transkripte zu welchem Gen gehören?Möglicherweise kann diese Quelle für die Anmerkungsdatei verwendet werden, oder noch besser, diese Informationsspalte kann in die Haupttranskriptdatendatei eingefügt werden.
Sie können DEG jederzeit auf Genebene durchführen, wenn Sie danach suchen. Dafür gibt es in JMP Genomics einen Mechanismus. Sie können die Gen-ID anstelle der Transkript-ID als Element „Nach Variablen“ hinzufügen. Sie können die Transkript-ID in den Abschnitt mit den Kategorievariablen auf Zeilenebene einfügen. Die Transkripte werden für dieses Gen gemittelt und dann wird dieses Gen für DEG verwendet.
Wenn Sie nur möchten, dass JMP Genomics die Ergebnisse mit den Transkriptdaten zusammen mit einer Gen-ID exportiert und die nächste Software die Mittelung für Sie übernimmt, ist eine Anmerkungsdatei erforderlich.
Ein weiterer Gedanke: Wenn Sie die öffentlichen IDs für die Transkripte haben, können Sie so etwas wie den UCSC-Genombrowser verwenden, um die Transkript-IDs und die Gen-IDs für diese Art abzurufen. Dies kann dann zum Zusammenführen mit den Transkriptdaten verwendet werden. Verwenden Sie dann die Gen-ID als Abschnitt „Nach Variablen“, wenn Sie die ANOVA-Plattform verwenden.
Wenn Sie den RNA-Seq-Workflow verwenden, können Sie die Gen-ID nicht als gewünschte Analyseebene angeben. Allerdings gibt es unter SAS Data Set Utilties>Columns ein Dienstprogramm namens „Statistics for Columns“, mit dem Sie die Gen-ID als Variablen zum Zusammenfassen und die Stichproben in den Variablen zum Zusammenfassen verwenden können. Auf der Registerkarte „Optionen“ können Sie auch auswählen, wie die Zusammenfassung erfolgen soll: Mittelwert, Median usw. Dies setzt jedoch voraus, dass Sie die Transkript-ID und die Gen-ID im selben Datensatz haben.
