Ich habe einen RNA-Seq-Datensatz, in dem Lesevorgänge auf die Transkriptionsstufe abgebildet werden, was dazu führt, dass mehrere eindeutige Transkriptidentifikatoren gemeinsame Gen-IDs aufweisen. Ich führe eine differentielle Genexpression in JMP Genomics auf der Ebene der Transkriptidentifikatoren durch, möchte diese Informationen jedoch auf statistisch aussagekräftige Weise auf die Genebene reduzieren. Die meisten nachgeschalteten Datenanalysewerkzeuge (Genontologie, Pathway-Analyse) erfordern Informationen auf Genebene und Expressionsdaten. Derzeit habe ich keine Softwarelösung, mit der ich vor JMP Genomics die Genebene abbilden kann. Gibt es dafür in JMP Genomics bereits eine Lösung?
Hallo @ LouisAltamura ,
Haben Sie eine Annotationsdatei für die RNA-seq-Daten? Wenn die Daten der Transkriptionsebene zugeordnet werden, wird manchmal eine Anmerkungsdatei erstellt, die möglicherweise auch der Genebene zugeordnet wird (Gensymbol oder Entrez-Gen-ID).Wenn Sie nur die Transkript-IDs haben, woher wissen Sie, welche Transkripte zu welchem Gen gehören?Möglicherweise kann diese Quelle für die Anmerkungsdatei verwendet werden, oder noch besser, diese Informationsspalte kann in die Haupttranskriptdatendatei zusammengeführt werden.
Sie können DEG immer auf Genebene durchführen, wenn Sie danach suchen. Dafür gibt es in JMP Genomics einen Mechanismus. Sie können die Gen-ID anstelle der Transkript-ID als Element Nach Variablen hinzufügen. Sie können die Transkript-ID im Abschnitt mit den Variablenvariablen auf Zeilenebene einfügen. Die Transkripte werden für dieses Gen gemittelt, dann wird dieses Gen für die DEG verwendet.
Wenn Sie nur möchten, dass JMP Genomics die Ergebnisse mit den Transkriptdaten zusammen mit einer Gen-ID exportiert und die nächste Software die Mittelwertbildung für Sie durchführt, wird eine Anmerkungsdatei benötigt.
Ein anderer Gedanke: Wenn Sie die öffentlichen IDs für die Transkripte haben, kann so etwas wie der UCSC-Genombrowser verwendet werden, um die Transkript-IDs und die Gen-IDs für diese Spezies abzurufen. Damit können dann die Transkriptdaten zusammengeführt werden. Verwenden Sie dann die Gen-ID als Abschnitt Nach Variablen, wenn Sie die ANOVA-Plattform verwenden.
Wenn Sie den RNA-Seq-Workflow verwenden, können Sie die Gen-ID nicht als Ebene der gewünschten Analyse angeben. Es gibt jedoch ein Dienstprogramm namens Statistik für Spalten unter SAS-Datensatz-Dienstprogramme> Spalten, in dem Sie die Gen-ID als zu zusammenfassende Variablen und die Stichproben in den zu summierenden Variablen verwenden können. Sie können auch auswählen, wie auf der Registerkarte "Optionen" zusammengefasst werden soll: Mittelwert, Median usw. Dies setzt jedoch voraus, dass Sie die Transkript-ID und die Gen-ID im selben Datensatz haben.
