J'ai un ensemble de données RNA-Seq où les lectures sont mappées au niveau de la transcription, ce qui entraîne plusieurs identifiants de transcription uniques partageant des ID de gène communs. J'exécute l'expression génique différentielle dans JMP Genomics au niveau des identifiants de transcription, mais je voudrais réduire ces informations au niveau du gène d'une manière statistiquement significative. La plupart des outils d'analyse de données en aval (ontologie des gènes, analyse des voies) vont nécessiter des informations au niveau des gènes et des données d'expression. Pour le moment, je n'ai pas de solution logicielle qui me permette de mapper au niveau du gène avant JMP Genomics. Existe-t-il déjà une solution pour cela dans JMP Genomics?
salut @LouisAltamura ,
Avez-vous un fichier d'annotation pour les données RNA-seq? Parfois, lorsque les données sont mappées au niveau de la transcription, il y a un fichier d'annotation qui est créé qui peut également mapper au niveau du gène (symbole du gène ou entrer ID de gène).Si vous ne disposez que des identifiants de transcription, comment savoir quels transcriptions appartiennent à quel gène?Peut-être que cette source peut être utilisée pour le fichier d'annotation ou mieux encore, cette colonne d'informations peut être fusionnée dans le fichier de données de transcription principal.
Vous pouvez toujours faire de la DEG au niveau du gène, si c'est ce que vous recherchez. Il existe un mécanisme pour cela dans JMP Genomics. Vous pouvez ajouter l'ID de gène comme élément Par variables au lieu de l'ID de transcription. Vous pouvez placer l'ID de transcription dans la section des variables de catégorie au niveau de la ligne. Les produits de transcription seront moyennés pour ce gène, puis ce gène sera utilisé pour le DEG.
Si vous souhaitez uniquement que JMP Genomics exporte les résultats avec les données de transcription avec un identifiant de gène et laissez le logiciel suivant faire la moyenne pour vous, un fichier d'annotation sera nécessaire.
Une autre pensée, si vous avez les identifiants publics pour les transcriptions, alors quelque chose comme le navigateur de génome UCSC peut être utilisé pour obtenir les identifiants de transcription et les identifiants de gène pour cette espèce. Cela peut ensuite être utilisé pour fusionner dans les données de transcription. Utilisez ensuite l'ID du gène dans la section Par variables si vous utilisez la plate-forme ANOVA.
Si vous utilisez le flux de travail RNA-Seq, vous ne pourrez pas spécifier l'ID de gène comme niveau d'analyse souhaité. Cependant, il existe un utilitaire appelé Statistics for Columns sous SAS Data Set Utilties> Columns où vous pouvez utiliser l'ID du gène comme variables par lesquelles résumer et les échantillons dans les variables à résumer. Vous pouvez également choisir comment résumer dans l'onglet Options: moyenne, médiane, etc. Mais cela suppose que vous avez l'ID de transcription et l'ID de gène dans le même ensemble de données.
