単一セル内の 2 つの値を修正する同じセルに 2 つの値がある場合に修正する最善の方法は何ですか?
各行は特定の患者に割り当てられ、列は突然変異の可能性のある遺伝子です。 問題は、数人の患者が同じ遺伝子に複数の変異を持っていることです。添付の画像を参照してください。 これらが 2 つの別個の値であることを JMP に伝えるにはどうすればよいでしょうか? 同じ患者 ID で 2 つの行を作成しようとしましたが、プログラムが他の変異を 2 回カウントすることになるのではないかと心配しています。 ありがとう。
高度な統計モデリングRe: 単一セル内の 2 つの値を修正しました複数の応答機能は私にとっても初めてのことでした、ありがとう@ジェフ・パーキンソン。
これをスクリプトインデックスに入力すると、その使用方法を示すスクリプトが同封されています。
また、最初に機能を異なる列に分離し、その後でそれらを調査し、必要に応じて組み合わせるのが最も柔軟であると思います (JMP には列を組み合わせる良い方法もあります)。
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Quality Control/Failure3MultipleField.jmp" );
obj = dt << Categorical(
X( :clean, :date ),
Multiple Response( :Failure1, :Failure2, :Failure3 ),
Frequency Chart( 0 )
);
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しました@ジェフ・パーキンソンそれはまさに私が探しているものです!
複数回答列を Y by X のフィットの X 因子として機能させる方法はありますか? 多重応答について調べてみましたが、答えが見つかりません。 それとも、実行すべき別のプラットフォームがあるのでしょうか?
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しました解決策は正確にデータをどうしたいかによって決まると思いますが、あなたが置かれている状況が JMP の理由です。複数の回答としてモデリングタイプ。
この選択により、列内の各カンマ区切り値が個別の値として扱われます。 これは、分布、データ フィルター、カテゴリなどの場所でうまく機能します。 JMP 16 のグラフ ビルダーで動作します。
複数回答の値は、回答者が質問に対して複数の回答を選択する機会を与えられるアンケート (たとえば、どの雑誌を購読していますか?) で頻繁に使用されます。
そこでの値をどのように使用したいかについて詳しく教えてください。さらに提案できるかもしれません。
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しましたこんにちは@Earendur 、
Mut 1 列と Mut 2 列を使用する場合、JMP はそれらを ANOVA 分析の同じグラフに配置しません。 ただし、グラフ ビルダーでそれらをまとめてグラフ化することはできます。 これはそれらをグループ化し、X 軸をグラフィカルな方法でネストしますが、目的の適切な分析にはあまり役に立ちません。
Mut 列と Y 列で一方向の処理を行う場合、JMP は「A、B」、「A、D」、および「G、I」の変異を単一の「因子」として扱います。 特定の突然変異が常に特定のペアとして発生する場合 (DNA ペアの場合など)、各突然変異を個別の列に分割する必要はありません (私はそう思います)。特別なのは、それぞれのペアではなく、一意のペアであるためです。 。
JMP はそれぞれのケースにおいて正しいことを行っています。 一元配置分散分析も、あなたが求めている適切な分析ではない可能性があります。ロジスティック分析を使用するか、データに最小二乗近似を実行する方が良いかもしれません。 (テーブルの最後に Mut 列をコピー/ペーストして行を追加しました。)
この多くは何に帰着しますか@ron_horneは、実行しようとしている適切な種類の分析のためにデータを構造化する方法について話していました。
お役に立てれば！、
DS
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しました@SDF1
標準のJMPを使用しています。
サンプルテーブルをありがとうございます。 あなたが作成した「フィット グループ」は、私が達成しようとしているものと非常に似ています。必要なのは、すべての変異バリアント「AZ」を 2 つの別々のグラフではなく、同じグラフに表示することだけです。
「Mut」列でこれを行うと、「A、B」や「A、D」などが単一の突然変異であると見なされ、それらを個々の「A」、「B」、「D」カテゴリに割り当てません。 X軸。
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しましたこんにちは@Earendur 、
標準の JMP を使用していますか -- JMP Clinical または Genomics についてはアドバイスできません。分析に関しては JMP と JMP Pro についてのみアドバイスします。
ただし、標準的な分析を行うことはできます。私が作成した構成表と最小二乗法フィット スクリプトを参照してください。 一般に、変異列を X 因子および Y 応答としてキャストし、プラットフォームを実行します。 何をしているかに応じて、ANOVA、ロジスティック近似、偶発性などを実行できます。視覚化などの目的で、文字列と数値列を含む散布図行列 (グラフ > 散布図) を実行することもできます。
お役に立てれば！、
DS
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しましたこんにちは@Earendur 、
おそらく、特定の分野でより適切な経験を持つ人が、より具体的な答えをくれるでしょう。
このような状況に遭遇したときの私の考え方は、まずその状況の規模を見積もる必要があるということです。 2 つの突然変異があるケースは何件ありますか? 3つ以上ありますか？色々な組み合わせがありますか？それともペアに特有の特定のものでしょうか?
突然変異列でテキスト エクスプローラーを使用すると、すべての個別および組み合わせの分布を確認できます。
それが完了したら、分析の単位を正しく定義し、観測が独立しているか、反復しているか、入れ子になっているかを確認する必要があります。
質問に対する回答は、分析のための正しいデータ構造を確立するのに役立ちます。
突然変異を独立変数として使用しますか?それとも従属変数として使用しますか? 解析の単位は突然変異でしょうか？それとも患者にならなければいけないのでしょうか？それが患者の場合、2 番目の変異はデータ内の別の行である可能性があり、独立していない観察に対する調整が必要になる可能性があります。突然変異カテゴリが多すぎる場合は、それらを意味のある方法で集約する必要があるかもしれません。これには組み合わせも含まれます。
これが少なくとも少しは役立つことを願っています、
ロン
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しましたありがとう@SDF1 、 それは理にかなっている。
2 つの列を作成する場合、分析を行うときに Mut1...MutN を一緒に考慮するように JMP に伝えるにはどうすればよいですか?
Re: 単一セル内の 2 つの値を修正しましたこんにちは@Earendur 、
おそらく、Mutation 1 と Mutation 2 のような名前の 2 つの列を作成する必要があります。このような突然変異が N 個ある場合は、Mutation N のような名前の 2 つの列を作成する必要があります。その後、次の数式を含む列式を使用できます。
Word(n, s, delim)
ここで、n は最初の変異の最初の単語になり、以下同様になります。s は既存の変異列です。 突然変異はカンマ、次にスペースで区切られるため、使用する区切り文字は「,」です。 そうすればあなたが望むものを手に入れることができるはずです。
お役に立てれば！、
DS
編集: 変異が 1 つだけある他の行は、最初の Word(1, s) 列にのみ表示され、2 番目の列は 2 番目の列にのみ表示されることも追加します。 遺伝子に突然変異が 1 つしかない場合、[Mutation 2] 列には空の行が表示されます。
