Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleWas ist der beste Weg, um zwei Werte in derselben Zelle zu beheben?
Jede Zeile ist einem bestimmten Patienten zugeordnet und die Spalten sind Gene mit möglichen Mutationen. Das Problem besteht darin, dass einige Patienten mehr als eine Mutation im selben Gen haben (siehe beigefügtes Bild). Wie kann ich JMP am besten mitteilen, dass es sich um zwei separate Werte handelt? Ich habe versucht, zwei Zeilen mit derselben Patienten-ID zu erstellen, befürchte aber, dass das Programm dadurch andere Mutationen doppelt zählt. Danke schön.
Erweiterte statistische ModellierungBetreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleAuch die Funktion „Mehrfachantwort“ war für mich neu, also vielen Dank @Jeff_Perkinson .
Wenn Sie es in den Skriptindex eingeben, finden Sie ein beiliegendes Skript, das Ihnen erklärt, wie Sie es verwenden.
Ich denke auch, dass es am besten ist, Features zuerst in verschiedene Spalten zu unterteilen, dann sind Sie am flexibelsten, sie zu untersuchen und sie nach Bedarf zu kombinieren (es gibt auch eine gute Möglichkeit, Spalten in JMP zu kombinieren).
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Quality Control/Failure3MultipleField.jmp" );
obj = dt << Categorical(
X( :clean, :date ),
Multiple Response( :Failure1, :Failure2, :Failure3 ),
Frequency Chart( 0 )
);
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen Zelle@Jeff_Perkinson Das ist genau das, was ich suche!
Gibt es eine Möglichkeit, die Spalte mit den Mehrfachantworten als meinen X-Faktor bei „Y nach X anpassen“ zu verwenden? Ich habe versucht, mich über Mehrfachantworten zu informieren, kann aber keine Antwort finden. Oder gibt es eine andere Plattform, die ich verwenden sollte?
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleIch denke, eine Lösung hängt davon ab, was genau Sie mit den Daten machen möchten, aber die Situation, in der Sie sich befinden, ist der Grund, warum JMP dies getan hat Mehrfache Antwort Als ein Modellierungstyp .
Bei dieser Auswahl wird jeder durch Kommas getrennte Wert in der Spalte als einzelner Wert behandelt. Es funktioniert gut in der Verteilung, im Datenfilter, in der Kategorisierung und an einigen anderen Orten. Es funktioniert im Graph Builder in JMP 16.
Multiple-Response-Werte treten häufig in Umfragen auf, bei denen ein Befragter die Möglichkeit hat, mehr als eine Antwort auf eine Frage auszuwählen (z. B. welche Zeitschriften abonnieren Sie?).
Erzählen Sie uns mehr darüber, wie Sie die Werte dort verwenden möchten, und vielleicht können wir weitere Vorschläge machen.
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Wenn Sie die Spalten „Mut 1“ und „Mut 2“ verwenden, fügt JMP diese niemals in dasselbe Diagramm für die ANOVA-Analyse ein. Sie können sie jedoch im Graph Builder grafisch darstellen. Es gruppiert sie, verschachtelt aber die X-Achse auf eine schöne grafische Art und Weise, trägt aber nicht wirklich viel zu einer ordnungsgemäßen Analyse bei, die Sie möglicherweise anstreben.
JMP behandelt die Mutationen „A, B“, „A, D“ und „G, I“ als einen einzigen „Faktor“, wenn Sie mit den Spalten „Mut“ und „Y“ eine Einbahnstraße erstellen. Wenn bestimmte Mutationen immer als spezifische Paare auftreten (wie bei DNA-Paaren), dann sollten Sie die Mutationen nicht in separate Spalten aufteilen (glaube ich), da die einzigartige Paarung das Besondere ist und nicht so sehr jede einzelne einzeln .
JMP tut in jedem Fall das Richtige. Eine einfache/ANOVA ist möglicherweise auch nicht die richtige Analyse für Sie – eine logistische Analyse oder eine Anpassung der Daten anhand der Methode der kleinsten Quadrate wäre möglicherweise besser geeignet. (Ich habe weitere Zeilen hinzugefügt, indem ich die Mut-Spalte am Ende der Tabelle kopiert/eingefügt habe.)
Vieles davon hängt davon ab, was @ron_horne Ich habe darüber gesprochen, wie Sie Ihre Daten für die richtige Art von Analyse strukturieren, die Sie durchführen möchten.
Hoffe das hilft!,
DS
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen Zelle@SDF1
Ich verwende Standard-JMP.
Vielen Dank für die Beispieltabelle. Die von Ihnen erstellte „Fit-Gruppe“ ist dem, was ich erreichen möchte, sehr ähnlich. Ich brauche nur, dass alle Mutationsvarianten „AZ“ im selben Diagramm angezeigt werden, nicht in zwei separaten Diagrammen.
Wenn ich das mit der Spalte „Mut“ mache, geht es davon aus, dass „A, B“ und „A, D“ usw. einzelne Mutationen sind, und ordnet sie nicht den einzelnen Kategorien „A“, „B“ und „D“ zu x-Achse.
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Verwenden Sie Standard-JMP? Ich kann keine Ratschläge zu JMP Clinical oder Genomics geben, sondern nur zu JMP und JMP Pro im Hinblick auf die Analyse.
Sie können jedoch eine Standardanalyse durchführen, sich die von mir erstellte Tabelle und das Skript „Kleinste Quadrate anpassen“ ansehen. Im Allgemeinen würden Sie die Mutationsspalten als X-Faktoren und was auch immer Ihre Y-Antwort ist, umwandeln und die Plattform ausführen. Je nachdem, was Sie tun, könnten Sie eine ANOVA oder eine logistische Anpassung oder Kontingenz usw. durchführen. Sie könnten sogar eine Streudiagrammmatrix (Grafik > Streudiagramm) mit Zeichen- und Zahlenspalten für Visualisierungszwecke usw. erstellen.
Hoffe das hilft!,
DS
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Vielleicht kann Ihnen jemand mit einschlägiger Erfahrung auf dem jeweiligen Gebiet eine konkretere Antwort geben.
Wenn ich auf solche Situationen stoße, denke ich so: Zuerst muss ich das Ausmaß der Situation abschätzen. Wie viele Fälle haben zwei Mutationen? Gibt es drei oder mehr davon? Gibt es viele verschiedene Kombinationen? oder ist vielleicht ein bestimmtes typisch für Paare?
Sie können den Text-Explorer in der Mutationsspalte verwenden, um die Verteilung aller Einzel- und Kombinationen anzuzeigen.
Sobald dies erledigt ist, müssen Sie sicherstellen, dass die Analyseeinheit korrekt definiert ist und ob die Beobachtungen unabhängig, wiederholt oder verschachtelt sind.
Wenn Sie eine Antwort auf eine der Fragen haben, helfe ich Ihnen dabei, die richtige Datenstruktur für Ihre Analyse festzulegen.
Werden Sie die Mutation als unabhängige oder abhängige Variable verwenden? Könnte die Analyseeinheit die Mutation sein? oder muss der Patient sein? Wenn es sich um den Patienten handelt, handelt es sich bei der zweiten Mutation möglicherweise um eine weitere Zeile in den Daten, die möglicherweise eine Anpassung für nicht unabhängige Beobachtungen erfordert. Wenn es zu viele Mutationskategorien gibt, möchten Sie diese möglicherweise sinnvoll aggregieren, und dazu gehören auch die Kombinationen.
hoffe das hilft wenigstens ein wenig,
Ron
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleDanke @SDF1 , Das macht Sinn.
Wenn ich zwei Spalten erstelle, wie kann ich JMP dann mitteilen, dass Mut1...MutN bei der Durchführung von Analysen zusammen berücksichtigt werden soll?
Betreff: Korrektur für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Sie sollten wahrscheinlich zwei Spalten mit den Namen „Mutation 1“ und „Mutation 2“ oder „Mutation N“ erstellen. Wenn es N solcher Mutationen gibt, können Sie eine Spaltenformel mit der Formel verwenden
Word(n, s, delim)
Dabei wäre n das erste Wort für die erste Mutation usw. und s die vorhandene Mutationsspalte. Das Trennzeichen, das Sie verwenden würden, ist „“, da die Mutationen durch ein Komma und dann ein Leerzeichen getrennt werden. Das sollte Ihnen das bringen, was Sie wollen.
Hoffe das hilft!,
DS
Bearbeiten: Ich sollte auch hinzufügen, dass die anderen Zeilen, in denen es nur eine Mutation gibt, nur in der ersten Word(1, s)-Spalte und die zweite in der zweiten usw. angezeigt werden. Wenn das Gen nur eine Mutation aufweist, sind in der Spalte „Mutation 2“ leere Zeilen vorhanden.
