Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleWas ist der beste Weg, um zwei Werte in derselben Zelle zu beheben?
Jede Zeile ist einem bestimmten Patienten zugeordnet und die Spalten sind Gene mit möglichen Mutationen. Das Problem ist, dass ein paar Patienten mehr als eine Mutation im selben Gen haben, siehe das beigefügte Bild. Wie kann ich JMP am besten mitteilen, dass dies zwei separate Werte sind? Ich habe versucht, zwei Zeilen mit derselben Patienten-ID zu erstellen, aber ich befürchte, dass das Programm andere Mutationen zweimal zählt. Danke.
DatentabelleBetreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Sie sollten wahrscheinlich zwei Spalten mit dem Namen Mutation 1 und Mutation 2 oder Mutation N erstellen. Wenn es N solcher Mutationen gibt, können Sie eine Spaltenformel mit der Formel using verwenden
Word(n, s, delim)
Wobei n das erste Wort für die erste Mutation usw. wäre und s die vorhandene Mutationsspalte ist. Das Delim, das Sie verwenden würden, ist ",", da die Mutationen durch ein Komma und dann ein Leerzeichen getrennt sind. Das sollte dir bringen, was du willst.
Hoffe das hilft!,
DS
Betreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleVielen Dank @DiedrichSchmidt , Das macht Sinn.
Wenn ich zwei Spalten erstelle, wie kann ich JMP mitteilen, dass Mut1 ... MutN bei Analysen zusammen berücksichtigt werden soll?
Betreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Vielleicht kann Ihnen jemand mit relevanterer Erfahrung auf dem spezifischen Gebiet eine konkretere Antwort geben.
Die Art und Weise, wie ich denke, wenn ich auf solche Situationen stoße, ist, dass ich zuerst das Ausmaß der Situation abschätzen muss. Wie viele Fälle haben zwei Mutationen? Gibt es drei oder mehr? Gibt es viele verschiedene Kombinationen? oder vielleicht ist eine bestimmte typisch für Paare?
Sie können den Text-Explorer in der Mutationsspalte verwenden, um die Verteilung aller Einzelpersonen und Kombinationen anzuzeigen.
Sobald Sie damit fertig sind, müssen Sie sicherstellen, dass die Analyseeinheit korrekt definiert ist und ob die Beobachtungen unabhängig, wiederholt oder verschachtelt sind.
Jede Antwort, die Sie auf eine der Fragen haben, hilft Ihnen dabei, die richtige Datenstruktur für Ihre Analyse zu ermitteln.
Verwenden Sie die Mutation als unabhängige oder abhängige Variable? Könnte die Analyseeinheit die Mutation sein? oder muss der Patient sein? Wenn es sich um den Patienten handelt, kann die zweite Mutation eine weitere Zeile in den Daten sein, die möglicherweise für nicht unabhängige Beobachtungen angepasst werden muss. Wenn es zu viele Mutationskategorien gibt, möchten Sie diese möglicherweise auf sinnvolle Weise aggregieren. Dazu gehören auch die Kombinationen.
hoffe das hilft wenigstens ein wenig,
Ron
Betreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Verwenden Sie Standard-JMP? Ich kann keine Ratschläge zu JMP Clinical oder Genomics geben, nur JMP und JMP Pro in Bezug auf die Analyse.
Sie können jedoch eine Standardanalyse durchführen, indem Sie die von mir erstellte Tabelle und das Skript "Kleinste Quadrate anpassen" anzeigen. Im Allgemeinen würden Sie die Mutationsspalten als X-Faktoren und unabhängig von Ihrer Y-Antwort umwandeln und die Plattform ausführen. Je nachdem, was Sie tun, können Sie eine ANOVA oder eine logistische Anpassung oder Kontingenz usw. durchführen. Sie können sogar eine Streudiagramm-Matrix (Grafik> Streudiagramm) mit Zeichen und numerischen Spalten für Visualisierungszwecke usw. erstellen.
Hoffe das hilft!,
DS
Betreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen Zelle@DiedrichSchmidt
Ich verwende Standard-JMP.
Danke für die Beispieltabelle. Die von Ihnen erstellte "Fit-Gruppe" ist sehr ähnlich zu dem, was ich erreichen möchte. Ich brauche nur alle Mutationsvarianten "AZ", um in demselben Diagramm angezeigt zu werden, nicht in zwei separaten Diagrammen.
Wenn ich das mit der Spalte "Mut" mache, denkt es, dass "A, B" und "A, D" usw. einzelne Mutationen sind und ordnet sie nicht den einzelnen Kategorien "A", "B" und "D" entlang der zu x-Achse.
Betreff: Fix für zwei Werte in einer einzelnen ZelleHallo @Earendur ,
Wenn Sie die Spalten Mut 1 und Mut 2 verwenden, werden sie von JMP für die ANOVA-Analyse niemals in dasselbe Diagramm eingefügt. Sie können sie jedoch zusammen in Graph Builder grafisch darstellen. Es wird sie gruppieren, aber die X-Achse auf eine schöne grafische Weise verschachteln, aber nicht wirklich viel für eine richtige Analyse tun, nach der Sie suchen könnten.
JMP behandelt die Mutationen "A, B", "A, D" und "G, I" als einen einzigen "Faktor", wenn Sie eine Einbahnstraße mit den Spalten "Mut" und "Y" ausführen. Wenn bestimmte Mutationen immer als spezifische Paare auftreten (wie bei DNA-Paaren), möchten Sie die Mutationen nicht in separate Spalten aufteilen (würde ich denken), da die eindeutige Paarung das Besondere ist und nicht jede einzelne so sehr .
JMP macht jeweils das Richtige. Eine Einweg- / ANOVA ist möglicherweise auch nicht die richtige Analyse, nach der Sie suchen. Mit einer logistischen Analyse oder einer Anpassung der kleinsten Quadrate an die Daten sind Sie möglicherweise besser dran. (Ich habe weitere Zeilen hinzugefügt, indem ich die Mut-Spalte am Ende der Tabelle kopiert / eingefügt habe.)
Vieles davon kommt auf was zurück @ron_horne Ich habe darüber gesprochen, wie Sie Ihre Daten für die richtige Art von Analyse strukturieren können, die Sie versuchen.
Hoffe das hilft!,
DS
