correction de deux valeurs dans une seule celluleQuelle est la meilleure façon de résoudre le problème d'avoir deux valeurs dans la même cellule ?
Chaque ligne est attribuée à un patient spécifique et les colonnes sont des gènes avec des mutations possibles. Le problème est que certains patients ont plus d’une mutation dans le même gène, voir l’image ci-jointe. Comment puis-je indiquer au mieux à JMP qu'il s'agit de deux valeurs distinctes ? J'ai essayé de créer deux lignes avec le même identifiant de patient, mais je crains que le programme ne compte deux fois les autres mutations. Merci.
Modélisation statistique avancéeRe : Correction de deux valeurs dans une seule celluleLa fonctionnalité de réponse multiple était également nouvelle pour moi, alors merci @Jeff_Perkinson .
Si vous le saisissez dans l'index de script, vous trouverez un script ci-joint qui vous indiquera comment l'utiliser.
Je pense également qu'il est préférable de séparer d'abord les fonctionnalités dans différentes colonnes, vous serez alors plus flexible pour les étudier et les combiner selon vos besoins (il existe également un moyen intéressant de combiner des colonnes dans JMP).
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Quality Control/Failure3MultipleField.jmp" );
obj = dt << Categorical(
X( :clean, :date ),
Multiple Response( :Failure1, :Failure2, :Failure3 ),
Frequency Chart( 0 )
);
Re : Correction de deux valeurs dans une seule cellule@Jeff_Perkinson c'est exactement ce que je recherche !
Existe-t-il un moyen de faire en sorte que la colonne de réponses multiples fonctionne comme mon facteur X dans l'ajustement Y par X ? J'ai essayé de lire sur les réponses multiples mais je ne trouve pas de réponse. Ou existe-t-il une autre plate-forme que je devrais utiliser ?
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleJe pense qu'une solution dépend exactement de ce que vous voulez faire avec les données, mais la situation dans laquelle vous vous trouvez est la raison pour laquelle JMP a Réponse multiple comme un Type de modélisation .
Ce choix traitera chaque valeur séparée par des virgules dans la colonne comme une valeur individuelle. Cela fonctionne bien dans la distribution, le filtre de données, catégorique et à d'autres endroits. Cela fonctionne dans Graph Builder dans JMP 16.
Les valeurs de réponses multiples apparaissent fréquemment dans les enquêtes où un répondant a la possibilité de choisir plus d'une réponse à une question (par exemple, à quels magazines êtes-vous abonné ?).
Dites-nous plus sur la façon dont vous souhaitez utiliser les valeurs et nous pourrons peut-être vous faire plus de suggestions.
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleSalut @Earendur ,
Si vous utilisez les colonnes Mut 1 et Mut 2, JMP ne les placera jamais dans le même graphique pour l'analyse ANOVA. Vous pouvez cependant les représenter graphiquement ensemble dans Graph Builder. Cela les regroupera, mais imbriquera l'axe X d'une manière graphique agréable, mais ne fera pas grand-chose pour une analyse appropriée que vous pourriez rechercher.
JMP traite les mutations « A, B », « A, D » et « G, I » comme un seul « facteur » si vous effectuez une opération unidirectionnelle avec les colonnes Mut et Y. Si certaines mutations se produisent toujours sous forme de paires spécifiques (comme avec les paires d'ADN), alors vous ne voudriez pas diviser les mutations en colonnes distinctes (je pense), car l'appariement unique est ce qui est spécial, pas chacune individuellement. .
JMP fait ce qu'il faut dans chaque cas. Une ANOVA unidirectionnelle n'est peut-être pas non plus la bonne analyse que vous recherchez - vous feriez peut-être mieux d'effectuer une analyse logistique ou de procéder à un ajustement des moindres carrés aux données. (J'ai ajouté plus de lignes en copiant/collant la colonne Mut à la fin du tableau.)
Une grande partie de cela revient à ce que @ron_horne parlait de la façon de structurer vos données pour le bon type d'analyse que vous essayez de faire.
J'espère que cela t'aides!,
DS
Re : Correction de deux valeurs dans une seule cellule@SDF1
J'utilise JMP standard.
Merci pour l'exemple de tableau. Le "Fit Group" que vous avez créé est très similaire à ce que j'essaie de réaliser, j'ai juste besoin que toutes les variantes de mutation "AZ" apparaissent sur le même graphique, pas dans deux graphiques distincts.
Lorsque je fais cela avec la colonne "Mut", il pense que "A, B" et "A, D", etc. sont des mutations uniques et ne les attribue pas aux catégories individuelles "A", "B" et "D" le long de la colonne. axe x.
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleSalut @Earendur ,
Utilisez-vous JMP standard ? Je ne peux pas donner de conseils sur JMP Clinical ou Genomics, juste JMP et JMP Pro en ce qui concerne l'analyse.
Mais vous pouvez faire une analyse standard, voir le tableau que j'ai créé et le script Ajuster les moindres carrés. En général, vous convertiriez les colonnes de mutation en facteurs X et quelle que soit votre réponse Y et exécuteriez la plate-forme. Selon ce que vous faites, vous pouvez effectuer une ANOVA ou un ajustement logistique ou une contingence, etc. Vous pouvez même créer une matrice de nuages de points (Graphique> Nuage de points) avec des colonnes de caractères et numériques à des fins de visualisation, etc.
J'espère que cela t'aides!,
DS
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleSalut @Earendur ,
Peut-être que quelqu'un ayant une expérience plus pertinente dans le domaine spécifique pourra vous donner une réponse plus concrète.
La façon dont je pense ainsi lorsque je rencontre de telles situations est que je dois d’abord estimer l’ampleur de la situation. Combien de cas ont deux mutations ? y en a-t-il trois ou plus ? existe-t-il de nombreuses combinaisons différentes ? ou peut-être qu'un spécifique est typique des paires ?
Vous pouvez utiliser l'explorateur de texte sur la colonne de mutation pour voir la distribution de tous les individus et combinaisons.
Une fois cela fait, vous devez vous assurer de définir correctement l'unité d'analyse et si les observations sont indépendantes, répétées ou imbriquées ?
Toute réponse que vous pourriez avoir à l’une des questions peut vous aider à établir la structure de données correcte pour votre analyse.
Utiliserez-vous la mutation comme variable indépendante ou dépendante ? L’unité d’analyse pourrait-elle être la mutation ? ou doit être le patient ? s'il s'agit du patient, la deuxième mutation peut être une autre ligne dans les données qui peut nécessiter un ajustement pour des observations non indépendantes. s'il y a trop de catégories de mutations, vous souhaiterez peut-être les regrouper de manière significative et cela inclura également les combinaisons.
j'espère que cela aidera au moins un peu,
Ron
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleMerci @SDF1 , ça a du sens.
Si je crée deux colonnes, comment puis-je indiquer à JMP que je souhaite qu'il prenne en compte Mut1...MutN ensemble lors des analyses ?
Re : Correction de deux valeurs dans une seule celluleSalut @Earendur ,
Vous devriez probablement créer deux colonnes nommées quelque chose comme Mutation 1 et Mutation 2 ou Mutation N s'il existe N de telles mutations, vous pouvez alors utiliser une formule de colonne avec la formule utilisant
Word(n, s, delim)
Où n serait le premier mot de la première mutation et ainsi de suite, et s serait la colonne de mutation existante. Le délimiteur que vous utiliseriez est ", " puisque les mutations sont séparées par une virgule puis un espace. Cela devrait vous donner ce que vous voulez.
J'espère que cela t'aides!,
DS
Edit : je dois également ajouter que les autres lignes où il n'y a qu'une seule mutation n'apparaîtront que dans la première colonne Word(1, s) et la seconde dans la seconde et ainsi de suite. Il y aura des lignes vides pour la colonne Mutation 2 s’il n’y a qu’une seule mutation dans le gène.
