correction pour deux valeurs dans une seule celluleQuelle est la meilleure façon de corriger le fait d'avoir deux valeurs dans la même cellule?
Chaque ligne est attribuée à un patient spécifique et les colonnes sont des gènes avec des mutations possibles. Le problème est que quelques patients ont plus d'une mutation dans le même gène, voir l'image ci-jointe. Comment dire au mieux à JMP qu'il s'agit de deux valeurs distinctes? J'ai essayé de créer deux lignes avec le même identifiant de patient, mais j'ai peur que le programme compte deux fois d'autres mutations. Merci.
Tableau de donnéesRe: correction de deux valeurs dans une seule cellulesalut @Earendur ,
Vous devriez probablement créer deux colonnes nommées quelque chose comme Mutation 1 et Mutation 2 ou Mutation N s'il y a N de telles mutations, vous pouvez alors utiliser une formule de colonne avec la formule en utilisant
Word(n, s, delim)
Où n serait le premier mot pour la première mutation et ainsi de suite, et s est la colonne de mutation existante. Le délimiteur que vous utiliseriez est "," puisque les mutations sont séparées par une virgule puis un espace. Cela devrait vous donner ce que vous voulez.
J'espère que cela t'aides!,
DS
Re: correction de deux valeurs dans une seule celluleMerci @DiedrichSchmidt , ça a du sens.
Si je crée deux colonnes, comment dire à JMP que je veux qu'il considère Mut1 ... MutN ensemble lors des analyses?
Re: correction de deux valeurs dans une seule cellulesalut @Earendur ,
Peut-être que quelqu'un avec une expérience plus pertinente dans le domaine spécifique peut vous donner une réponse plus concrète.
La façon dont je pense de penser comme ça quand je rencontre de telles situations est d'abord que j'ai besoin d'estimer l'ampleur de la situation. Combien de cas ont deux mutations? y en a-t-il trois ou plus? existe-t-il de nombreuses combinaisons différentes? ou peut-être un spécifique est-il typique pour les paires?
Vous pouvez utiliser l'explorateur de texte sur la colonne de mutation pour voir la distribution de tous les individus et combinaisons.
Une fois cela fait, vous devez vous assurer de définir correctement l'unité d'analyse et si les observations sont indépendantes, répétées ou imbriquées?
Toute réponse que vous pourriez avoir à l'une des questions, je vous aide à établir la structure de données correcte pour votre analyse.
Utiliserez-vous la mutation comme variable indépendante ou dépendante? L'unité d'analyse pourrait-elle être la mutation? ou doit être le patient? s'il s'agit du patient, la deuxième mutation peut être une autre ligne dans les données qui peut nécessiter un ajustement pour des observations non indépendantes. s'il y a trop de catégories de mutations, vous voudrez peut-être les agréger de manière significative et cela inclura également les combinaisons.
j'espère que cela aide au moins un peu,
Ron
Re: correction de deux valeurs dans une seule cellulesalut @Earendur ,
Utilisez-vous JMP standard - Je ne peux donner aucun conseil sur JMP Clinical ou Genomics, juste JMP et JMP Pro en ce qui concerne l'analyse.
Mais, vous pouvez faire une analyse standard, voir le tableau que j'ai créé et le script Fit Least Squares. En général, vous convertissez les colonnes de mutation en facteurs X et quelle que soit votre réponse Y et exécutez la plate-forme. Selon ce que vous faites, vous pouvez faire une ANOVA ou un ajustement logistique ou une contingence, etc. Vous pouvez même faire une matrice de nuage de points (graphique> nuage de points) avec des colonnes de caractères et numériques à des fins de visualisation, etc.
J'espère que cela t'aides!,
DS
Re: correction de deux valeurs dans une seule cellule@DiedrichSchmidt
J'utilise JMP standard.
Merci pour l'exemple de table. Le "Fit Group" que vous avez créé est très similaire à ce que j'essaie de réaliser, j'ai juste besoin que toutes les variantes de mutation "AZ" apparaissent sur le même graphique, pas dans deux graphiques séparés.
Lorsque je fais cela avec la colonne "Mut", il pense que "A, B" et "A, D" etc. sont des mutations uniques et ne les attribue pas dans les catégories individuelles "A" "B" et "D" le long de axe des x.
Re: correction de deux valeurs dans une seule cellulesalut @Earendur ,
Si vous utilisez les colonnes Mut 1 et Mut 2, JMP ne les placera jamais dans le même graphique pour l'analyse ANOVA. Vous pouvez cependant les représenter graphiquement ensemble dans Graph Builder. Cela les regroupera, mais imbrique l'axe X d'une manière graphique agréable, mais ne fait pas vraiment grand-chose pour une analyse correcte que vous pourriez rechercher.
JMP traite les mutations «A, B», «A, D» et «G, I» comme un «facteur» unique si vous effectuez une opération unidirectionnelle avec les colonnes Mut et Y. Si certaines mutations se produisent toujours en tant que paires spécifiques (comme avec les paires d'ADN), vous ne voudriez pas diviser les mutations en colonnes séparées (je pense), car l'appariement unique est ce qui est spécial, pas chacun individuellement. .
JMP fait ce qu'il faut dans chaque cas. Une analyse unidirectionnelle / ANOVA n'est peut-être pas la bonne analyse que vous recherchez non plus - vous feriez peut-être mieux d'utiliser une analyse logistique ou de faire un ajustement des moindres carrés aux données. (J'ai ajouté plus de lignes en copiant / collant la colonne Mut à la fin du tableau.)
Une grande partie de cela revient à ce @ron_horne parlait de la manière de structurer vos données pour le bon type d'analyse que vous essayez de faire.
J'espère que cela t'aides!,
DS
