correzione per due valori in una singola cellaQual è il modo migliore per risolvere il problema della presenza di due valori nella stessa cella?
Ogni riga è assegnata a un paziente specifico e le colonne rappresentano i geni con possibili mutazioni. Il problema è che una coppia di pazienti ha più di una mutazione nello stesso gene, vedi l'immagine allegata. Come faccio a dire a JMP che si tratta di due valori separati? Ho provato a creare due righe con lo stesso ID paziente, ma temo che ciò farà sì che il programma conteggi due volte le altre mutazioni. Grazie.
Modellazione statistica avanzataRi: correzione per due valori in una singola cellaAnche la funzione di risposta multipla era nuova per me, quindi grazie @Jeff_Perkinson .
Se lo digiti nell'indice degli script, troverai lo script allegato, che può indicare come usarlo.
Penso anche che sia meglio separare prima le funzionalità in diverse colonne, quindi sei più flessibile per esaminarle e combinarle secondo necessità (c'è anche un bel modo per combinare le colonne in JMP).
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Quality Control/Failure3MultipleField.jmp" );
obj = dt << Categorical(
X( :clean, :date ),
Multiple Response( :Failure1, :Failure2, :Failure3 ),
Frequency Chart( 0 )
);
Ri: correzione per due valori in una singola cella@Jeff_Perkinson è proprio quello che sto cercando!
Esiste un modo per far funzionare la colonna a risposta multipla come fattore X in Adatta Y per X? Ho provato a documentarmi sulla risposta multipla ma non riesco a trovare una risposta. Oppure c'è una piattaforma diversa che dovrei utilizzare?
Ri: correzione per due valori in una singola cellaPenso che una soluzione dipenda esattamente da cosa vuoi fare con i dati, ma la situazione in cui ti trovi è il motivo per cui JMP lo ha fatto Risposta multipla come un Tipo di modellazione .
Questa scelta tratterà ogni valore separato da virgole nella colonna come un valore individuale. Funziona bene in Distribuzione, Filtro dati, Categoriale e in altri posti. Funziona nel Generatore di grafici in JMP 16.
I valori di risposta multipla emergono spesso nei sondaggi in cui a un intervistato viene data la possibilità di scegliere più di una risposta a una domanda (ad esempio, a quali riviste sei abbonato?).
Raccontaci di più su come desideri utilizzare i valori lì e forse potremo darti ulteriori suggerimenti.
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCIAO @Earendur ,
Se si utilizzano le colonne Mut 1 e Mut 2, JMP non le inserirà mai nello stesso grafico per l'analisi ANOVA. Potresti tuttavia rappresentarli insieme nel Costruttore di grafici. Li raggrupperà, ma anniderà l'asse X in un modo grafico gradevole, ma in realtà non fa molto per un'analisi corretta che potresti cercare.
JMP tratta le mutazioni "A, B", "A, D" e "G, I" come un singolo "fattore" se si esegue un'operazione unidirezionale con le colonne Mut e Y. Se alcune mutazioni si verificano sempre come coppie specifiche (come con le coppie di DNA), allora non vorresti dividere le mutazioni in colonne separate (penso), poiché l'accoppiamento unico è ciò che è speciale, non tanto ciascuno individualmente .
JMP sta facendo la cosa giusta in ogni caso. Anche un'analisi unidirezionale/ANOVA potrebbe non essere l'analisi giusta che stai cercando: potresti stare meglio con un'analisi logistica o facendo un adattamento dei minimi quadrati ai dati. (Ho aggiunto più righe copiando/incollando la colonna Mut alla fine della tabella.)
Molto di questo si riconduce a cosa @ron_horne stavo dicendo su come strutturare i tuoi dati per il giusto tipo di analisi che stai cercando di fare.
Spero che questo ti aiuti!,
DS
Ri: correzione per due valori in una singola cella@SDF1
Sto usando JMP standard.
Grazie per la tabella campione. Il "Gruppo di adattamento" che hai creato è molto simile a quello che sto cercando di ottenere, ho solo bisogno che tutte le varianti di mutazione "AZ" vengano visualizzate sullo stesso grafico, non in due grafici separati.
Quando lo faccio con la colonna "Mut", pensa che "A, B" e "A, D" ecc. siano mutazioni singole e non le assegna alle singole categorie "A" "B" e "D" lungo la colonna asse x.
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCIAO @Earendur ,
Stai utilizzando JMP standard: non posso fornire alcun consiglio su JMP Clinical o Genomics, solo JMP e JMP Pro per quanto riguarda l'analisi.
Ma puoi eseguire un'analisi standard, vedere la tabella composta che ho creato e lo script Adatta ai minimi quadrati. In generale, dovresti esprimere le colonne di mutazione come fattori X e qualunque sia la tua risposta Y ed eseguire la piattaforma. A seconda di ciò che stai facendo, potresti eseguire un'ANOVA o un adattamento logistico o una contingenza, ecc. Potresti anche eseguire una matrice di grafico a dispersione (Grafico> Grafico a dispersione) con colonne di caratteri e numeriche per scopi di visualizzazione, ecc.
Spero che questo ti aiuti!,
DS
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCIAO @Earendur ,
Forse qualcuno con più esperienza nel settore specifico può darti una risposta più concreta.
Il modo in cui penso a questo quando mi imbatto in tali situazioni è che prima devo stimare la portata della situazione. Quanti casi hanno due mutazioni? ce ne sono tre o più? ci sono molte combinazioni diverse? o forse uno specifico è tipico delle coppie?
Puoi utilizzare l'esploratore testo sulla colonna delle mutazioni per vedere la distribuzione di tutti gli individui e le combinazioni.
Fatto ciò, è necessario assicurarsi di definire correttamente l'unità di analisi e se le osservazioni sono indipendenti, ripetute o annidate?
Qualsiasi risposta tu possa avere a qualsiasi domanda ti aiuterà a stabilire la struttura dati corretta per la tua analisi.
Utilizzerai la mutazione come variabile indipendente o dipendente? L’unità di analisi potrebbe essere la mutazione? o deve essere il paziente? se si tratta del paziente, la seconda mutazione potrebbe essere un'altra riga nei dati che potrebbe richiedere un aggiustamento per osservazioni non indipendenti. se ci sono troppe categorie di mutazioni, forse vuoi aggregarle in modo significativo e questo includerà anche le combinazioni.
spero che questo aiuti almeno un po',
Ron
Ri: correzione per due valori in una singola cellaGrazie @SDF1 , ciò ha senso.
Se creo due colonne, come faccio a dire a JMP che voglio che consideri insieme Mut1...MutN durante l'esecuzione delle analisi?
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCIAO @Earendur ,
Probabilmente dovresti creare due colonne denominate qualcosa come Mutazione 1 e Mutazione 2 o Mutazione N se ci sono N tali mutazioni, quindi puoi utilizzare una formula di colonna con la formula utilizzando
Word(n, s, delim)
Dove n sarebbe la prima parola per la prima mutazione e così via, e s è la colonna della mutazione esistente. La delimitazione da utilizzare è "," poiché le mutazioni sono separate da una virgola e quindi da uno spazio. Questo dovrebbe darti quello che vuoi.
Spero che questo ti aiuti!,
DS
Modifica: dovrei anche aggiungere che le altre righe in cui è presente una sola mutazione verranno visualizzate solo nella prima colonna Word(1, s) e la seconda nella seconda e così via. Ci saranno righe vuote per la colonna Mutazione 2 se è presente una sola mutazione nel gene.
