correzione per due valori in una singola cellaQual è il modo migliore per correggere la presenza di due valori nella stessa cella?
Ogni riga è assegnata a un paziente specifico e le colonne sono geni con possibili mutazioni. Il problema è che un paio di pazienti hanno più di una mutazione nello stesso gene, vedere l'immagine allegata. Qual è il modo migliore per dire a JMP che questi sono due valori separati? Ho provato a creare due file con lo stesso ID paziente, ma temo che il programma conterà due volte altre mutazioni. Grazie.
Tabella datiRi: correzione per due valori in una singola cellaCiao @Earendur ,
Probabilmente dovresti creare due colonne denominate qualcosa come Mutazione 1 e Mutazione 2 o Mutazione N se ci sono N di tali mutazioni, quindi puoi usare una formula di colonna con la formula usando
Word(n, s, delim)
Dove n sarebbe la prima parola per la prima mutazione e così via, es è la colonna della mutazione esistente. Il delim che useresti è "," poiché le mutazioni sono separate da una virgola e quindi da uno spazio. Questo dovrebbe darti quello che vuoi.
Spero che sia di aiuto!,
DS
Ri: correzione per due valori in una singola cellaGrazie @DiedrichSchmidt , questo ha senso.
Se creo due colonne, come faccio a dire a JMP che voglio che consideri Mut1 ... MutN insieme durante le analisi?
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCiao @Earendur ,
Forse qualcuno con un'esperienza più rilevante nel campo specifico può darti una risposta più concreta.
Il modo in cui penso pensa in questo modo quando mi imbatto in situazioni del genere è prima di tutto che devo stimare la portata della situazione. Quanti casi hanno due mutazioni? ce ne sono tre o più? ci sono molte combinazioni diverse? o forse uno specifico è tipico delle coppie?
Puoi usare l'esploratore di testo nella colonna delle mutazioni per vedere la distribuzione di tutti i singoli e le combinazioni.
Fatto ciò, devi assicurarti di definire correttamente l'unità di analisi e se le osservazioni sono indipendenti, ripetute o annidate?
Qualsiasi risposta potresti avere a una qualsiasi delle domande, il mio aiuto ti aiuta a stabilire la corretta struttura dei dati per la tua analisi.
Utilizzerai la mutazione come variabile indipendente o dipendente? L'unità di analisi potrebbe essere la mutazione? o deve essere il paziente? se è il paziente, la seconda mutazione potrebbe essere un'altra riga nei dati che potrebbe richiedere aggiustamenti per osservazioni non indipendenti. se ci sono troppe categorie di mutazione, forse vuoi aggregarle in modo significativo e questo includerà anche le combinazioni.
spero che questo aiuti almeno un po ',
ron
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCiao @Earendur ,
Stai usando JMP standard? Non posso dare alcun consiglio su JMP Clinical o Genomics, solo JMP e JMP Pro per quanto riguarda l'analisi.
Ma puoi fare un'analisi standard, vedere la tabella composta che ho creato e lo script Adatta ai minimi quadrati. In generale, dovresti lanciare le colonne di mutazione come fattori X e qualunque sia la tua risposta Y ed eseguire la piattaforma. A seconda di ciò che stai facendo, potresti eseguire un'ANOVA o un adattamento logistico o una contingenza, ecc. Puoi persino fare una matrice del grafico a dispersione (Grafico> Grafico a dispersione) con colonne di caratteri e numeriche per scopi di visualizzazione, ecc.
Spero che sia di aiuto!,
DS
Ri: correzione per due valori in una singola cella@DiedrichSchmidt
Sto usando JMP standard.
Grazie per la tabella di esempio. Il "Gruppo di adattamento" che hai creato è molto simile a quello che sto cercando di ottenere, ho solo bisogno che tutte le varianti di mutazione "AZ" appaiano sullo stesso grafico, non in due grafici separati.
Quando lo faccio con la colonna "Mut", penso che "A, B" e "A, D" ecc. Siano singole mutazioni e non le assegna alle singole categorie "A" "B" e "D" lungo la asse x.
Ri: correzione per due valori in una singola cellaCiao @Earendur ,
Se si utilizzano le colonne Mut 1 e Mut 2, JMP non le inserirà mai nello stesso grafico per l'analisi ANOVA. È tuttavia possibile rappresentarli graficamente insieme in Graph Builder. Li raggrupperà, ma anniderà l'asse X in un bel modo grafico, ma non fa davvero molto per un'analisi corretta che potresti cercare.
JMP tratta le mutazioni "A, B", "A, D" e "G, I" come un singolo "fattore" se si esegue un'operazione unidirezionale con le colonne Mut e Y. Se alcune mutazioni si verificano sempre come coppie specifiche (come con coppie di DNA), allora non vorresti dividere le mutazioni in colonne separate (penso), poiché l'accoppiamento unico è ciò che è speciale, non ognuna individualmente così tanto .
JMP sta facendo la cosa giusta in ogni caso. Neanche un'analisi a senso unico / ANOVA potrebbe non essere l'analisi giusta: potresti stare meglio con un'analisi logistica o fare un adattamento dei minimi quadrati ai dati. (Ho aggiunto più righe copiando / incollando la colonna Mut alla fine della tabella.)
Molto di questo torna a cosa @ron_horne diceva su come strutturare i dati per il giusto tipo di analisi che stai cercando di fare.
Spero che sia di aiuto!,
DS
