corrección para dos valores en una sola celda¿Cuál es la mejor manera de arreglar tener dos valores en la misma celda?
Cada fila está asignada a un paciente específico y las columnas son genes con posibles mutaciones. El problema es que un par de pacientes tienen más de una mutación en el mismo gen, vea la imagen adjunta. ¿Cuál es la mejor manera de decirle a JMP que estos son dos valores separados? Intenté hacer dos filas con la misma identificación de paciente, pero me temo que eso hará que el programa cuente otras mutaciones dos veces. Gracias.
Modelado estadístico avanzadoRe: arreglar dos valores en una sola celdaLa función de respuesta múltiple también era nueva para mí, así que gracias. @Jeff_Perkinson .
Si lo escribe en el índice de secuencias de comandos, encontrará una secuencia de comandos adjunta que le indicará cómo utilizarla.
También creo que es mejor separar las funciones en diferentes columnas primero, luego será más flexible para investigarlas y combinarlas según sea necesario (también hay una buena manera de combinar columnas en JMP).
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Quality Control/Failure3MultipleField.jmp" );
obj = dt << Categorical(
X( :clean, :date ),
Multiple Response( :Failure1, :Failure2, :Failure3 ),
Frequency Chart( 0 )
);
Re: arreglar dos valores en una sola celda@Jeff_Perkinson ¡Eso es exactamente lo que estoy buscando!
¿Hay alguna manera de hacer que la columna de respuestas múltiples funcione como mi factor X en Ajustar Y por X? Intenté leer sobre respuestas múltiples pero no puedo encontrar una respuesta. ¿O hay una plataforma diferente que debería ejecutar?
Re: arreglar dos valores en una sola celdaCreo que una solución depende de exactamente lo que quieras hacer con los datos, pero la situación en la que te encuentras es la razón por la que JMP ha Respuesta múltiple como un Tipo de modelado .
Esta elección tratará cada valor separado por comas en la columna como un valor individual. Funciona bien en Distribución, Filtro de datos, Categórico y algunos otros lugares. Funciona en Graph Builder en JMP 16.
Los valores de Respuesta múltiple aparecen con frecuencia en encuestas en las que al encuestado se le da la oportunidad de elegir más de una respuesta a una pregunta (por ejemplo, ¿a qué revistas está suscrito?).
Cuéntenos más sobre cómo desea utilizar los valores allí y tal vez podamos hacer más sugerencias.
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Si utiliza las columnas Mut 1 y Mut 2, JMP nunca las colocará en el mismo gráfico para el análisis ANOVA. Sin embargo, puedes graficarlos juntos en Graph Builder. Los agrupará, pero anidará el eje X de una manera gráfica agradable, pero en realidad no hace mucho para realizar el análisis adecuado que podría estar buscando.
JMP trata las mutaciones "A, B", "A, D" y "G, I" como un "factor" único si realiza una operación unidireccional con las columnas Mut e Y. Si ciertas mutaciones siempre ocurren como pares específicos (como con los pares de ADN), entonces no querrás dividir las mutaciones en columnas separadas (creo), ya que el emparejamiento único es lo que es especial, no cada uno individualmente. .
JMP está haciendo lo correcto en cada caso. Es posible que un ANOVA unidireccional tampoco sea el análisis correcto que busca: podría ser mejor realizar un análisis logístico o hacer un ajuste de mínimos cuadrados a los datos. (Agregué más filas copiando y pegando la columna Mut al final de la tabla).
Mucho de esto se debe a lo que @ron_horne estaba diciendo acerca de cómo estructurar sus datos para el tipo correcto de análisis que está tratando de hacer.
¡Espero que esto ayude!,
DS
Re: arreglar dos valores en una sola celda@SDF1
Estoy usando JMP estándar.
Gracias por la tabla de muestra. El "Grupo de ajuste" que creó es muy similar a lo que estoy tratando de lograr, solo necesito que todas las variantes de mutación "AZ" aparezcan en el mismo gráfico, no en dos gráficos separados.
Cuando hago eso con la columna "Mut", piensa que "A, B" y "A, D", etc. son mutaciones únicas y no las asigna a las categorías individuales "A", "B" y "D" a lo largo del eje x.
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
¿Está utilizando JMP estándar? No puedo dar ningún consejo sobre JMP Clinical o Genomics, solo JMP y JMP Pro con respecto al análisis.
Pero puede hacer un análisis estándar, ver la tabla creada que creé y el script Ajustar mínimos cuadrados. En general, emitiría las columnas de mutación como factores X y cualquiera que sea su respuesta Y y ejecutaría la plataforma. Dependiendo de lo que esté haciendo, podría hacer un ANOVA o un ajuste logístico o una contingencia, etc. Incluso podría hacer una matriz de diagrama de dispersión (Gráfico > Diagrama de dispersión) con columnas numéricas y de caracteres para fines de visualización, etc.
¡Espero que esto ayude!,
DS
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Quizás alguien con experiencia más relevante en el campo específico pueda darle una respuesta más concreta.
La forma en que pienso en pensamientos como este cuando me encuentro con situaciones de este tipo es que primero necesito estimar la escala de la situación. ¿Cuántos casos tienen dos mutaciones? ¿Hay alguno de tres o más? ¿Hay muchas combinaciones diferentes? ¿O quizás uno específico sea típico de las parejas?
Puede utilizar el explorador de texto en la columna de mutación para ver la distribución de todos los individuos y combinaciones.
Una vez hecho esto, debe asegurarse de definir correctamente la unidad de análisis y si las observaciones son independientes, repetidas o anidadas.
Cualquier respuesta que pueda tener a cualquiera de las preguntas le ayudará a establecer la estructura de datos correcta para su análisis.
¿Usarás la mutación como variable independiente o dependiente? ¿Podría ser la unidad de análisis la mutación? o tiene que ser el paciente? si es el paciente, la segunda mutación puede ser otra fila de los datos que puede requerir ajustes para observaciones no independientes. Si hay demasiadas categorías de mutaciones, quizás desee agregarlas de manera significativa y eso también incluirá las combinaciones.
Espero que esto ayude, al menos un poco,
ron
Re: arreglar dos valores en una sola celdaGracias @SDF1 , eso tiene sentido.
Si hago dos columnas, ¿cómo le digo a JMP que quiero que considere Mut1...MutN juntos al realizar análisis?
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Probablemente deberías crear dos columnas llamadas algo así como Mutación 1 y Mutación 2 o Mutación N si hay N mutaciones de este tipo, entonces puedes usar una fórmula de columna con la fórmula usando
Word(n, s, delim)
Donde n sería la primera palabra para la primera mutación y así sucesivamente, y s es la columna de mutación existente. La delimitación que usarías es "," ya que las mutaciones están separadas por una coma y luego un espacio. Eso debería darte lo que quieres.
¡Espero que esto ayude!,
DS
Editar: También debo agregar que las otras filas donde solo hay una mutación aparecerán solo en la primera columna de Word(1, s) y la segunda en la segunda y así sucesivamente. Habrá filas vacías para la columna Mutación 2 si solo hay una mutación en el gen.
