arreglar dos valores en una sola celda¿Cuál es la mejor manera de arreglar tener dos valores en la misma celda?
Cada fila se asigna a un paciente específico y las columnas son genes con posibles mutaciones. El problema es que un par de pacientes tienen más de una mutación en el mismo gen, vea la imagen adjunta. ¿Cuál es la mejor manera de decirle a JMP que estos son dos valores separados? Intenté hacer dos filas con la misma identificación de paciente, pero me temo que eso hará que el programa cuente otras mutaciones dos veces. Gracias.
Tabla de datosRe: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Probablemente debería crear dos columnas llamadas algo así como Mutación 1 y Mutación 2 o Mutación N si hay N tales mutaciones, entonces puede usar una fórmula de columna con la fórmula usando
Word(n, s, delim)
Donde n sería la primera palabra para la primera mutación y así sucesivamente, y s es la columna de mutación existente. El delimitador que usaría es "," ya que las mutaciones están separadas por una coma y luego por un espacio. Eso debería darte lo que quieres.
¡Espero que esto ayude!,
DS
Re: arreglar dos valores en una sola celdaGracias @DiedrichSchmidt , eso tiene sentido.
Si hago dos columnas, ¿cómo le digo a JMP que quiero que considere Mut1 ... MutN juntos al hacer análisis?
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Quizás alguien con experiencia más relevante en el campo específico pueda darle una respuesta más concreta.
La forma en que pienso en los pensamientos así cuando me encuentro con tales situaciones es que primero necesito estimar la escala de la situación. ¿Cuántos casos tienen dos mutaciones? ¿Hay alguno de tres o más? ¿Hay muchas combinaciones diferentes? ¿O quizás uno específico es típico de las parejas?
Puede utilizar el explorador de texto en la columna de mutación para ver la distribución de todos los individuos y combinaciones.
Una vez hecho esto, debe asegurarse de definir correctamente la unidad de análisis y si las observaciones son independientes, repetidas o anidadas.
Cualquier respuesta que puedas tener a cualquiera de las preguntas te ayudaré a establecer la estructura de datos correcta para tu análisis.
¿Utilizará la mutación como variable independiente o dependiente? ¿Podría ser la mutación la unidad de análisis? o tiene que ser el paciente? si es el paciente, la segunda mutación puede ser otra fila en los datos que puede requerir un ajuste para observaciones no independientes. si hay demasiadas categorías de mutación, tal vez desee agregarlas de manera significativa y eso también incluirá las combinaciones.
Espero que esto ayude, al menos un poco,
ron
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
¿Está utilizando JMP estándar? No puedo dar ningún consejo sobre JMP Clinical o Genomics, solo JMP y JMP Pro con respecto al análisis.
Pero, puede hacer un análisis estándar, ver la tabla creada que creé y el script Ajustar mínimos cuadrados. En general, convertiría las columnas de mutación como factores X y cualquiera que sea su respuesta Y y ejecute la plataforma. Dependiendo de lo que esté haciendo, podría hacer un ANOVA o ajuste logístico o contingencia, etc. Incluso podría hacer una Matriz de diagrama de dispersión (Gráfico> Diagrama de dispersión) con columnas numéricas y de caracteres para fines de visualización, etc.
¡Espero que esto ayude!,
DS
Re: arreglar dos valores en una sola celda@DiedrichSchmidt
Estoy usando JMP estándar.
Gracias por la tabla de muestra. El "Grupo de ajuste" que hizo es muy similar al que estoy tratando de lograr, solo necesito que todas las variantes de mutación "AZ" aparezcan en el mismo gráfico, no en dos gráficos separados.
Cuando hago eso con la columna "Mut", piensa que "A, B" y "A, D", etc. son mutaciones únicas y no las asigna a las categorías individuales "A", "B" y "D" a lo largo de eje x.
Re: arreglar dos valores en una sola celdaHola @Earendur ,
Si usa las columnas Mut 1 y Mut 2, JMP nunca las pondrá en el mismo gráfico para el análisis ANOVA. Sin embargo, puede graficarlos juntos en Graph Builder. Los agrupará, pero anidará el eje X de una manera gráfica agradable, pero en realidad no hace mucho por un análisis adecuado que podría estar buscando.
JMP trata las mutaciones "A, B", "A, D" y "G, I" como un único "factor" si lo hace en un sentido con las columnas Mut e Y. Si ciertas mutaciones siempre ocurren como pares específicos (como con los pares de ADN), entonces no querrá dividir las mutaciones en columnas separadas (creo), ya que el emparejamiento único es lo que es especial, no cada uno individualmente. .
JMP está haciendo lo correcto en cada caso. Es posible que un ANOVA unidireccional tampoco sea el análisis correcto que busca; es posible que esté mejor con un análisis logístico o con un ajuste de mínimos cuadrados a los datos. (Agregué más filas copiando / pegando la columna Mut al final de la tabla).
Mucho de esto se remonta a lo que @ron_horne estaba diciendo sobre cómo estructurar sus datos para el tipo correcto de análisis que está tratando de hacer.
¡Espero que esto ayude!,
DS
