Enseño estadísticas en mi programa de posgrado en psicología, y mi enfoque es utilizar contrastes ortogonales para analizar diseños ANOVA. (Ver este libro entre otros.)
La opción "LSMeans Contrasts" en la sección más a la derecha de la salida es una manera fantástica de analizar los datos de esta manera sin tener que construir códigos de contraste en columnas JMP. Empiezo con los contrastes del efecto principal y luego descubro cómo construir las interacciones asumiendo que estoy multiplicando los efectos principales, obteniendo así los signos correctos.
Esto funciona casi perfectamente. Todas las estadísticas inferenciales son correctas. Lo único que está apagado, solo para interacciones, son las estimaciones reales de los efectos de interacción. Adjunto un pdf de una de mis diapositivas que muestra, a la izquierda, el camino directo con los códigos de contrastes analizados mediante regresión múltiple. A la derecha, muestra la salida usando "LSMeans Contrasts". El efecto estimado a la derecha es la mitad de lo que debería ser.

En otro ejemplo que acabo de hacer (con un diseño de 2x3), ocurre este mismo error.
En el improbable caso de que alguien esté siguiendo esto con comprensión y preocupación, ¿alguna idea?
¿Podría publicar su tabla de datos y el script para ejecutar el análisis?