JMP para Inmunología?Hola,
Estamos trabajando con una empresa de terapia celular que desarrolla vacunas y productos inmunoterapéuticos de células T. Existe un claro valor para el DOE en el proceso, la formulación y el desarrollo de ensayos.
Nuestro contacto allí también cree que podría ser valioso para el grupo de Inmunología que están formando. Generarán una gran cantidad de datos a partir de ensayos clínicos y no tienen ninguna herramienta de análisis más allá de Excel.
Esperan que podamos mostrar una demostración de un estudio de caso que sea relevante para la gente de Inmunología. Al describir el tipo de datos que tendrán, usaron términos que incluyen: " farmacocinética", "respuestas de anticuerpos", "lecturas de ensayos clínicos" y "acción de medición, no efecto". " Creo que sé lo que significan estas palabras, pero no sé qué mostraría para demostrar el valor de JMP. Tengo la sensación de que tienen respuestas de ensayos clínicos que están rastreando a lo largo del tiempo.
¿Alguien sabe de un conjunto de datos de demostración relevante?
Alternativamente, avíseme si este no es un lugar para JMP para que no pierda el tiempo.
He publicado parte de una publicación de trabajo, a continuación, para un científico de inmunología para esta empresa en caso de que ayude.
Gracias,
phil
Científico, Inmunología
El equipo es responsable de realizar estudios preclínicos y clínicos.
investigación en inmunología. Medimos las respuestas de anticuerpos y células T a
productos inmunoterapéuticos candidatos para la prevención o el tratamiento de
enfermedades infecciosas y cáncer. El científico en inmunología desarrollará,
implementar e interpretar ensayos de inmunología y supervisar el funcionamiento del laboratorio
y administración. Los deberes específicos incluyen:
• Asegúrese de que los ensayos celulares y de anticuerpos se establezcan y se
calificados para apoyar estudios en humanos y animales de nuestros candidatos o competidores
candidatos de productos
• Asegúrese de que todos los SOP técnicos requeridos estén escritos y en su lugar y se mantengan para
ensayos realizados
• Asegúrese de que el personal supervisado esté capacitado y que los registros de capacitación estén actualizados.
• Supervisar experimentos para medir las respuestas inmunitarias de los experimentos con animales.
y ensayos clínicos en humanos utilizando ELISpot, citometría de flujo, ELISA y otros ensayos
realizado interna o externamente, como RNA-seq, secuenciación TCR, avidez
mediciones, resonancia de plasmones de superficie, inmunohistoquímica
• Garantizar que los ensayos clínicos se realicen de acuerdo con los principios de GCP
• Apoyar la transferencia de tecnología de los ensayos necesarios a los contratistas, como los
realización de experimentos de toxicología
Re: JMP para Inmunología?Dependiendo de lo que estén haciendo, podría aparecer el "Análisis del punto de corte". JMP tiene muchas características interesantes para la detección y detección de valores atípicos para este tipo de análisis.
Si están haciendo trabajo ELISA, DOE es muy útil y FDOE podría ser una buena opción para ver los datos de respuesta. A menudo, estos experimentos analizan la absorbancia frente a la dilución, los datos parecen encajar con un ajuste de 4p o 5p, pero las asíntotas a menudo tienen ganchos o no son consistentes.
La resonancia de plasmones de superficie, como con un Biacore, podría estar en juego. Los datos parecen velocidades de reacción cinética. FDOE también sería genial aquí porque la mayoría de las veces las curvas solo están parametrizadas, y el error de parámetro es un segundo pensamiento.
Re: JMP para Inmunología?Gracias, @karencopeland .
Eso es realmente útil. Me recuerda que he trabajado mucho con científicos que trabajan en ensayos de nutrición animal, que también son ensayos más pequeños con algunas medidas continuas junto con diferentes puntos finales. Y estas son exactamente el tipo de herramientas que son más útiles. Gracias de nuevo,
phil
Re: JMP para Inmunología?Uso JMP con frecuencia con diagnósticos (es decir, ensayos de algún tipo) y ensayos clínicos. Lo que se necesita dentro de JMP "depende" de la prueba y cuál es el punto final de esa prueba. Los ensayos de los que he sido parte tienden a ser más pequeños en comparación con los ensayos farmacéuticos y los datos recopilados no necesariamente se prestan a JMP Clinical (piense en 100, no en miles de sujetos con datos bastante básicos recopilados).
Los elementos para resaltar en los que JMP es bueno incluyen:
1. Importación de datos (los datos clínicos provendrán de alguna parte, a menudo de Excel, pero se moverán más a menudo a algún tipo de sistema EDC (captura electrónica de datos) en línea, por lo que la exportación podría ser sas transport, cvs, xml, etc.
2. exploración de datos (recodificación, distribuciones en la parte superior del archivo de datos, etc.) para encontrar los datos clínicos en mal estado (no use esas palabras, qué hay de los datos clínicos que pueden necesitar un seguimiento adicional).
3. UNIÓN VIRTUAL (y unión regular). A menudo, los datos clínicos vienen en múltiples archivos de datos, como un archivo demográfico, un archivo de tratamiento, un archivo de resultados de laboratorio, así como también los datos del ensayo que también pueden estar en un archivo separado.
4. todos los elementos básicos que pueden estar buscando.
Re: JMP para Inmunología?Creo que "Colesterol Stacked" podría ser un ejemplo útil.
Re: JMP para Inmunología?Gracias @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson y @MikeD_Anderson .
Todo esto es realmente útil.
Necesito volver a consultar con el cliente.Tenemos muchos ejemplos sobre el desarrollo y el seguimiento de ensayos, lo cual esperaría. Pero creo que lo que realmente quieren es un ejemplo que muestre cómo podrían ver los datos clínicos cuando realizan los ensayos en sus ensayos. Supongo que no es una sorpresa que no tengamos ese tipo de datos.
Gracias de nuevo,
phil
Re: JMP para Inmunología?Aquí hay un artículo divertido que tenía la intención de convertir en una demostración. Está en análisis de punto de corte en ensayos de inmunogenicidad. Es bastante bueno porque muestra un montón de métodos diferentes (todos los cuales parecían ser posibles en JMP). Más importante aún, incluye los datos de los ejemplos en el PDF... que también le permite hacer una demostración de la importación de PDF.
Re: JMP para Inmunología?Tienes razón, @ian_jmp , hay muchos éxitos .
Re: JMP para Inmunología?FWIW, utilicé la herramienta de búsqueda Discovery Paper con 'ensayo' y obtuve ocho resultados. Vale la pena mirar, si aún no lo has hecho.
Re: JMP para Inmunología?hola phil,
Realmente solo puedo hablar sobre farmacocinética, pero si bien JMP puede ajustar ecuaciones en esta área, no maneja (que yo sepa):
- pacientes con diferentes esquemas de dosificación
- pacientes con diferentes programas de muestreo
- modelado de regresión de efectos mixtos no lineales, que a menudo se requiere para discernir entre efectos fijos y aleatorios.
Si escucha alguno de esos tres, probablemente sea mejor recomendarlo en combinación con SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 No PK, sino un ejemplo de cómo combinar SAS PROCNLMIXED y JMP.
Espero que ayude.
Atentamente,
ben
Re: JMP para Inmunología?Y una reflexión más sobre esto. Dado que los datos provienen de un ensayo clínico... ¿qué usan los revisores médicos? 
Tal vez JMP Clinical pueda ayudar con eso si aún no lo tienen.
Re: JMP para Inmunología?Hola @Phil_Kay ,
Este es difícil desde el punto de vista de los datos. Puede utilizar el conjunto de datos de citometría para el análisis de citometría de flujo. Tengo algunos archivos .fcs que JMP también puede importar. Todavía no he terminado un flujo de trabajo para obtener todos los archivos .fcs, unirlos, manipularlos y luego prepararlos para el análisis.
El bioensayo se puede utilizar para curvas no lineales/de ajuste.Hay una opción de curva de ajuste de modelos farmacocinéticos si eso ayuda.
El ensayo de ejemplo del ensayo clínico DOE de Snee debería ser relevante para el DOE y el análisis.
Gran parte de esto será modelado de curva de ajuste/no lineal.
El análisis de tipo dosis-respuesta también sería similar.
@Byron_JMP tendrá algunas ideas adicionales.
