JMP per Immunologia?CIAO,
Stiamo lavorando con un'azienda di terapia cellulare che sviluppa prodotti e vaccini immunoterapici a base di cellule T. C'è un chiaro valore per il DOE nel processo, nella formulazione e nello sviluppo del dosaggio.
Il nostro contatto lì pensa anche che potrebbe esserci valore per il gruppo di immunologia che stanno formando. Genereranno molti dati da studi clinici e non avranno strumenti di analisi oltre a Excel.
Sperano che possiamo mostrare una demo di studio di caso che sarà rilevante per le persone di Immunologia. Nel descrivere il tipo di dati che avranno, hanno usato termini tra cui: " farmacocinetica", "risposte anticorpali", "letture dei test clinici" e "azione di misurazione non effetto. " Penso di sapere cosa significano queste parole, ma non so cosa mostrerei per dimostrare il valore di JMP. Ho avuto la sensazione che abbiano risposte alla sperimentazione clinica che stanno monitorando nel tempo.
Qualcuno sa di un set di dati demo rilevante?
In alternativa, fammi sapere se questo non è un posto per JMP così non spreco il mio tempo.
Ho pubblicato parte di un annuncio di lavoro, di seguito, per uno scienziato di immunologia per questa azienda nel caso in cui possa essere d'aiuto.
Grazie,
Fil
Scienziato, Immunologia
Il team è responsabile della conduzione pre-clinica e clinica
ricerca immunologica. Misuriamo le risposte anticorpali e delle cellule T a
prodotti immunoterapici candidati per la prevenzione o il trattamento di
malattie infettive e cancro. Lo scienziato in immunologia svilupperà,
implementare e interpretare i test immunologici e supervisionare il funzionamento del laboratorio
e amministrazione. I compiti specifici includono:
• Assicurarsi che i dosaggi anticorpali e cellulari siano stabiliti e appropriati
qualificato per supportare studi sia sull'uomo che sugli animali dei nostri candidati o concorrenti
prodotti candidati
• Garantire che tutte le SOP tecniche richieste siano scritte, in atto e mantenute per
saggi condotti
• Garantire che il personale supervisionato sia formato e che i registri della formazione siano aggiornati.
• Supervisiona gli esperimenti per misurare le risposte immunitarie dagli esperimenti sugli animali
e studi clinici sull'uomo che utilizzano ELISpot, citometria a flusso, ELISA e altri test
eseguiti internamente o esternamente come RNA-seq, sequenziamento TCR, avidità
misure, risonanza plasmonica di superficie, immunoistochimica
• Garantire che i test clinici siano condotti secondo i principi GCP
• Supportare il trasferimento tecnologico dei test richiesti agli appaltatori, come quelli
condurre esperimenti di tossicologia
Ri: JMP per immunologia?A seconda di ciò che stanno facendo, potrebbe venire fuori "Analisi del punto di taglio". JMP ha molte funzioni interessanti per lo screening e il rilevamento dei valori anomali per questo tipo di analisi.
Se stanno svolgendo un lavoro ELISA, DOE è di grande aiuto e FDOE potrebbe essere una buona opzione per esaminare i dati di risposta. Spesso questi esperimenti esaminano l'assorbanza rispetto alla diluizione, i dati sembrano adattarsi a un adattamento 4p o 5p, ma gli asintoti spesso hanno ganci o non sono coerenti.
Potrebbe essere in gioco la risonanza plasmonica di superficie, come con un Biacore. I dati sembrano tassi di reazione cinetica. FDOE sarebbe fantastico anche qui perché molto spesso le curve sono solo parametrizzate e l'errore di parametro è un secondo pensiero.
Ri: JMP per immunologia?Grazie, @karencopeland .
Questo è davvero utile. Mi ricorda che ho lavorato molto con gli scienziati che lavorano su sperimentazioni per l'alimentazione animale, che sono anche prove più piccole con alcune misure continue insieme a diversi punti finali. E questi sono esattamente il tipo di strumenti più utili. Grazie ancora,
Fil
Ri: JMP per immunologia?Uso frequentemente JMP con la diagnostica (ad esempio, test di qualche tipo) e le sperimentazioni cliniche. Ciò che è necessario all'interno di JMP "dipende" dalla prova e da quale sia l'endpoint di tale prova. Gli studi di cui ho fatto parte tendono ad essere più piccoli rispetto agli studi farmaceutici e i dati raccolti non si prestano necessariamente a JMP Clinical (si pensi a 100 non a 1000 di soggetti con dati piuttosto basilari raccolti).
Gli elementi per evidenziare che JMP è bravo includono:
1. importazione dei dati (i dati clinici arriveranno da qualche parte, spesso eccellono ma più spesso si spostano più spesso su una sorta di sistema EDC (acquisizione elettronica dei dati) online, quindi l'esportazione potrebbe essere trasporto sas, cvs, xml, ecc.
2. esplorazione dei dati (ricodifica, distribuzioni nella parte superiore del file di dati, ecc.) per trovare i dati clinici incasinati (non usare queste parole - che ne dici di dati clinici che potrebbero richiedere un ulteriore monitoraggio).
3. VIRTUAL JOIN (e join regolare). Spesso i dati clinici sono disponibili in più file di dati, come un file demografico, un file di trattamento, un file dei risultati di laboratorio, nonché i dati del test che potrebbero trovarsi anche in un file separato.
4. tutte le nozioni di base che potrebbero cercare.
Ri: JMP per immunologia?Penso che "Cholesterol Stacked" potrebbe essere un utile esempio.
Ri: JMP per immunologia?Grazie @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancesco , @Jeff_Perkinson E @MikeD_Anderson .
Tutto questo è davvero utile.
Devo ricontrollare con il cliente.Abbiamo molti esempi sullo sviluppo e il monitoraggio dei test, cosa che mi aspetterei. Ma penso che quello che vogliono davvero sia un esempio che mostri come potrebbero guardare i dati clinici quando eseguono i test nelle loro prove. Immagino non sia una sorpresa che non disponiamo di quel tipo di dati.
Grazie ancora,
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Ri: JMP per immunologia?Ecco un documento divertente che intendevo lavorare in una demo. È sull'analisi del cut-point nei test di immunogenicità. È piuttosto carino in quanto ha mostrato un sacco di metodi diversi (tutti sembravano essere possibili in JMP). Ancora più importante, include i dati per gli esempi nel PDF... che ti consente anche di eseguire una demo dell'importazione di PDF.
Ri: JMP per immunologia?Hai ragione, @ian_jmp , ci sono tanti successi .
Ri: JMP per immunologia?FWIW, ho utilizzato lo strumento di ricerca Discovery Paper con "saggio" e ho ottenuto otto risultati. Vale la pena cercare, se non l'hai già fatto.
Ri: JMP per immunologia?Ciao Phil,
Posso davvero parlare solo di farmacocinetica, ma mentre JMP può adattarsi alle equazioni in quest'area, non gestisce (per quanto ne so):
- pazienti con differenti schemi posologici
- pazienti con diversi programmi di campionamento
- modellazione di regressione con effetti misti non lineari, che spesso richiede di distinguere tra effetti fissi e casuali.
Se senti qualcuno di questi tre, probabilmente è meglio raccomandare in combinazione con SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 Non PK ma un esempio di unione tra SAS PROCNLMIXED e JMP.
Spero che aiuti.
Cordiali saluti,
Ben
Ri: JMP per immunologia?E un altro pensiero su questo. Dal momento che i dati provengono da una sperimentazione clinica... cosa usano i revisori medici 
Forse JMP Clinical può essere d'aiuto se non ce l'hanno ancora.
Ri: JMP per immunologia?CIAO @Phil_Kay ,
Questo è difficile dal punto di vista dei dati. È possibile utilizzare il set di dati Cytometry per l'analisi Flow Cytometry. Ho anche alcuni file .fcs che JMP può importare. Non ho ancora terminato un flusso di lavoro per ottenere tutti i file .fcs, uniti, manipolati e quindi pronti per l'analisi.
Il saggio biologico può essere utilizzato per la curva di adattamento/non lineare.Esiste un'opzione per la curva di adattamento dei modelli farmacocinetici se ciò aiuta.
Il saggio di esempio del saggio clinico DOE di Snee dovrebbe essere rilevante per il DOE e l'analisi.
Gran parte di questo sarà adattato alla curva / modellazione non lineare.
Anche l'analisi del tipo dose-risposta sarebbe simile.
@Byron_JMP avrà qualche idea in più.
