JMP pour l'immunologie ?Salut,
Nous travaillons avec une société de thérapie cellulaire qui développe des produits immunothérapeutiques à cellules T et des vaccins. Il y a une valeur claire pour le DOE dans le développement de procédés, de formulations et d'essais.
Notre contact là-bas pense également qu'il pourrait y avoir une valeur pour le groupe d'immunologie qu'ils forment. Ils généreront beaucoup de données à partir d'essais cliniques et ne disposent d'aucun outil d'analyse au-delà d'Excel.
Ils espèrent que nous pourrons montrer une démonstration d'étude de cas qui sera pertinente pour les gens de l'immunologie. Pour décrire le type de données qu'ils auront, ils ont utilisé des termes tels que : " pharmacocinétique", "réponses d'anticorps", "lectures d'essais cliniques" et "mesure de l'action et non de l'effet". " Je pense savoir ce que signifient ces mots mais je ne sais pas ce que je montrerais pour prouver la valeur de JMP. J'ai eu l'impression qu'ils ont des réponses aux essais cliniques qu'ils suivent au fil du temps.
Quelqu'un connaît-il un ensemble de données de démonstration pertinent ?
Sinon, faites-moi savoir si ce n'est pas un endroit pour JMP afin que je ne perde pas mon temps.
J'ai publié une partie d'une offre d'emploi, ci-dessous, pour un scientifique en immunologie pour cette entreprise au cas où cela aiderait.
Merci,
Phil
Scientifique, Immunologie
L'équipe est responsable de la conduite pré-clinique et clinique
recherche en immunologie. Nous mesurons les réponses des anticorps et des lymphocytes T à
produits candidats immunothérapeutiques pour la prévention ou le traitement des
les maladies infectieuses et le cancer. Le scientifique en immunologie développera,
mettre en œuvre et interpréter des tests immunologiques et superviser le fonctionnement du laboratoire
et administrative. Les tâches spécifiques comprennent :
• S'assurer que les tests d'anticorps et cellulaires sont établis et correctement
qualifié pour soutenir les études humaines et animales de nos candidats ou concurrents
produits candidats
• S'assurer que toutes les SOP techniques requises sont écrites et en place et maintenues pour
essais effectués
• S'assurer que le personnel supervisé est formé et que les dossiers de formation sont à jour.
• Superviser des expériences pour mesurer les réponses immunitaires issues d'expérimentations animales
et essais cliniques humains utilisant ELISpot, cytométrie en flux, ELISA et autres tests
effectuées en interne ou en externe telles que RNA-seq, séquençage TCR, avidité
mesures, résonance plasmonique de surface, immunohistochimie
• S'assurer que les essais cliniques sont effectués conformément aux principes GCP
• Soutenir le transfert de technologie des tests requis aux sous-traitants, tels que ceux
mener des expériences de toxicologie
Re : JMP pour l'immunologie ?Selon ce qu'ils font, "l'analyse des points de coupure" peut apparaître. JMP dispose de nombreuses fonctionnalités intéressantes pour le dépistage et la détection des valeurs aberrantes pour ce type d'analyse.
S'ils effectuent un travail ELISA, DOE est très utile et FDOE peut être une bonne option pour examiner les données de réponse. Souvent, ces expériences examinent l'absorbance par rapport à la dilution, les données semblent pouvoir être ajustées avec un ajustement 4p ou 5p, mais les asymptotes ont souvent des crochets ou ne sont pas cohérentes.
La résonance plasmon de surface, comme avec un Biacore, pourrait être en jeu. Les données ressemblent à des taux de réaction cinétique. FDOE serait formidable ici aussi car le plus souvent, les courbes sont simplement paramétrées et l'erreur de paramètre est une seconde réflexion.
Re : JMP pour l'immunologie ?Merci, @karencopeland .
C'est vraiment utile. Cela me rappelle que j'ai beaucoup travaillé avec des scientifiques travaillant sur des essais pour la nutrition animale, qui sont également des essais plus petits avec des mesures continues ainsi que différents points finaux. Et ce sont exactement le genre d'outils qui sont les plus utiles. Merci encore,
Phil
Re : JMP pour l'immunologie ?J'utilise fréquemment JMP pour des diagnostics (c'est-à-dire des tests quelconques) et des essais cliniques. Ce qui est nécessaire au sein de JMP « dépend » de l'essai et du point final de cet essai. Les essais auxquels j'ai participé ont tendance à être plus petits que les essais pharmaceutiques et les données collectées ne se prêtent pas nécessairement à JMP Clinical (pensez à des centaines et non à des milliers de sujets avec des données assez basiques collectées).
Les éléments pour souligner l'excellence de JMP incluent :
1. importation de données (les données cliniques proviendront de quelque part, souvent exceller mais se déplaçant plus souvent vers une sorte de système EDC (saisie électronique de données) en ligne afin que l'exportation puisse être sas transport, cvs, xml, etc.
2. exploration des données (recodage, distributions en haut du fichier de données, etc.) pour trouver les données cliniques erronées (n'utilisez pas ces mots - que diriez-vous des données cliniques qui pourraient nécessiter une surveillance plus approfondie).
3. VIRTUAL JOIN (et jointure régulière). Souvent, les données cliniques sont fournies dans plusieurs fichiers de données, tels qu'un fichier démographique, un fichier de traitement, un fichier de résultats de laboratoire, ainsi que les données d'analyse qui peuvent également se trouver dans un fichier séparé.
4. toutes les bases qu'ils peuvent rechercher.
Re : JMP pour l'immunologie ?Je pense que "Cholesterol Stacked" pourrait être un exemple utile.
Re : JMP pour l'immunologie ?Merci @Chris_Kirchberg , @Byron_JMP , @ian_jmp , @benfrancis , @Jeff_Perkinson et @MikeD_Anderson .
Tout cela est vraiment utile.
Je dois vérifier avec le client.Nous avons beaucoup d'exemples sur le développement et la surveillance des tests, ce à quoi je m'attends. Mais je pense que ce qu'ils veulent vraiment, c'est un exemple qui montre comment ils pourraient examiner les données cliniques lorsqu'ils effectuent les tests dans leurs essais. Je suppose qu'il n'est pas surprenant que nous n'ayons pas ce genre de données.
Merci encore,
Phil
Re : JMP pour l'immunologie ?Voici un article amusant que j'avais l'intention de travailler dans une démo. C'est sur l'analyse des seuils dans les tests d'immunogénicité. C'est plutôt sympa en ce sens qu'il a un tas de méthodes différentes (qui semblaient toutes possibles dans JMP). Plus important encore, il inclut les données des exemples dans le PDF... qui vous permettent également de faire une démonstration de l'importation de PDF.
Re : JMP pour l'immunologie ?Tu as raison, @ian_jmp , il y a beaucoup de succès .
Re : JMP pour l'immunologie ?FWIW, j'ai utilisé l'outil de recherche Discovery Paper avec 'assay' et j'ai obtenu huit résultats. Ça vaut le coup, si vous ne l'avez pas déjà fait.
Re : JMP pour l'immunologie ?Salut Phil,
Je ne peux vraiment parler que de la pharmacocinétique, mais bien que JMP puisse ajuster les équations dans ce domaine, il ne gère pas (à ma connaissance) :
- patients avec différents schémas posologiques
- patients avec différents calendriers d'échantillonnage
- modélisation de régression non linéaire à effets mixtes, qui est souvent nécessaire pour distinguer les effets fixes des effets aléatoires.
Si vous entendez l'un de ces trois, il est probablement préférable de le recommander en combinaison avec SAS.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Scripts/Nonlinear-Degradation-Mixed-Model/ta-p/21367 Pas PK mais un exemple d'association de SAS PROCNLMIXED et JMP.
J'espère que cela pourra aider.
Bien à vous,
Ben
Re : JMP pour l'immunologie ?Et encore une réflexion à ce sujet. Puisque les données proviennent d'un essai clinique... qu'est-ce que les examinateurs médicaux utilisent 
Peut-être que JMP Clinical peut les aider s'ils ne l'ont pas encore.
Re : JMP pour l'immunologie ?Salut @Phil_Kay ,
Celui-ci est difficile du point de vue des données. Vous pouvez utiliser le jeu de données de cytométrie pour l'analyse de cytométrie en flux. J'ai également quelques fichiers .fcs que JMP peut importer. Je n'ai pas encore terminé un flux de travail pour obtenir tous les fichiers .fcs, joints, manipulés et ensuite prêts pour l'analyse.
Le bioessai peut être utilisé pour les courbes non linéaires/d'ajustement.Il existe une option de courbe d'ajustement des modèles pharmacocinétiques si cela aide.
L'exemple de test DOE Clinical Assay de Snee doit être pertinent pour le DOE et l'analyse.
Une grande partie de cela sera adaptée à la modélisation de courbe/non linéaire.
Une analyse de type dose-réponse serait également similaire.
@Byron_JMP aura des idées supplémentaires.
