Volcano Plot parámetros en JMP ProNo tenemos JMP Clinical o Genomic, por lo que estamos usando JMP Pro para crear un diagrama de volcán de acuerdo con este artículo:
¡Cómo construir una parcela de volcán en JMP!
La mayoría de las diferencias de gráficos de volcanes se refieren al eje x como cambio de pliegue o log2 (cambio de pliegue). La terminología en el artículo usa Diferencia. También indicó usar Diferencia solo en lugar de Diferencia práctica relativa.
En el artículo de la wiki sobre cambio de pliegue , también hay una referencia a cambio relativo .
En el contexto de JMP, ¿cómo se relacionan todos estos términos con el cambio de pliegue o log2 (cambio de pliegue)?
OtroRe: Parámetros de gráficos de volcanes en JMP Pro@mjmg Algunas personas llaman a esas líneas de umbral en los postes de meta del eje x, pero creo que es un nombre inapropiado. Quiere lo que está fuera de esas publicaciones (derecha o izquierda), lo que deberían ser depende del análisis o los datos.En la expresión génica, las personas usan un cambio de 1,5 a 2 veces. En realidad, es lo que alguna vez es práctico o tiene significado. Sé por experiencia que algunos genes necesitan solo un cambio de 1,2 veces en la expresión para tener un impacto en lo que están haciendo las células (generalmente cambios en las vías metabólicas o en las vías de señalización ambiental).
Lo mismo es cierto para el umbral del eje y. Mucha literatura utiliza un límite de valor p de 0.05, pero no hay un significado real detrás de ese límite. es arbitrarioElijo dependiendo del riesgo y/o necesidad del experimento. Si estoy examinando genes, probablemente quiera un umbral más relajado en el eje y (algunos dicen que 0,1 es lo suficientemente bueno) y luego miro un cambio de 1,5 veces en el eje x. De esa manera, es menos probable que me pierda algo que podría afectar el sistema que estoy estudiando.Luego observo las redes y vías que se ven afectadas por ese gran conjunto para ayudar a interpretar y luego reducir la lista de genes que quiero hacer un experimento de seguimiento para comprender mejor y confirmar mis observaciones. Tal vez ampliar ese experimento para probar más factores que podrían influir en mi sistema.
Re: Parámetros de gráficos de volcanes en JMP ProGracias por la buena explicación. He visto que algunos documentos usan solo el umbral en el eje y o cifras significativas. Para JMP con terminología de diferencia, ¿cuáles serían buenos umbrales en el eje x?Re: Parámetros de gráficos de volcanes en JMP Pro@mjmg
El término Diferencia (o cambio) es equivalente a fold change o log2(fold change).
Se podría decir que el cambio de pliegue es un tipo de diferencia (un valor comparado con otro usando una proporción de uno sobre el otro) pero el rango de cambio de pliegue generalmente no es adecuado para una gráfica de volcán (0 a infinito con el valor de 1 representa ninguna diferencia, por lo que la escala de 0 a 1 se comprime en comparación con 1 a un número positivo muy grande). Por lo general, las personas usan log2 (o log10) porque coloca el rango en - infinito a infinito, siendo 0 el punto central en el gráfico o representando ninguna diferencia o cambio entre dos tratamientos o control versus tratamiento.
Creo que en su situación, si ya tiene datos centrados, escalados y normalizados, debería ser suficiente para colocarlos en el eje x. El problema será un problema si el tamaño izquierdo está comprimido en comparación con el lado derecho de la trama. Más una cuestión estética que analítica. El concepto principal es que hay un 0 o punto central en el eje x que representa ninguna diferencia/cambio entre el control y el tratamiento (o un cambio de 1). Esta es la razón por la cual la gente suele tomar el registro de los datos. Más fácil de filtrar y más fácil de trazar.
En cuanto a qué grupo de control lateral debería ser, eso depende de usted. Tu elección.La mayoría de las personas tienen el control enumerado así: tratamiento/control o tratamiento log2 - control log2.De esa forma, los datos de la derecha del gráfico son mayores en el tratamiento y los datos de la izquierda son mayores en el control.
Re: Parámetros de gráficos de volcanes en JMP Pro@Chris_Kirchberg gracias por algunos de los esfuerzos para hacer que las tramas de volcanes sean más convencionales, todavía estoy un poco confundido con la terminología. Con suerte, su equipo puede simplificar o explicar mejor la generación de diagramas de volcanes.
Principalmente, necesito encontrar la dirección de los datos generados por el gráfico del volcán JMP (ya sea ControlGroup-NotControlGroup o NotControlGroup-ControlGroup; si ControlGroup está a la izquierda o a la derecha, etc.), configurar el cambio de pliegue o las diferencias umbrales en el eje x que serían comparables con las referencias publicadas (x1 o x2 veces el cambio o log2(veces el cambio) = +/-1). La explicación no es tan clara del tutorial cuando se usa el término Diferencias y es equivalente a Fold Change o log2 (Fold Change)?.
Mis datos no se transforman en log2, pero estoy trabajando en datos normalizados (contra una referencia), centrados y escalados automáticamente. Entonces, es mejor tener la transformación log2 en mis datos, incluso si ya está normalizada, centrada y escalada automáticamente, e incluir la transformación log2 en el proceso de preprocesamiento para que el parámetro Diferencia sea directamente equivalente a Log2 Fold Change.
Re: Parámetros de gráficos de volcanes en JMP ProHola @mjmg ,
¡Bienvenido a la comunidad!
Fold Change y Log2 (cambio de pliegue) son medidas de diferencia (tan equivalentes a las diferencias en la publicación del blog) que van de negativo a positivo con un centro cero. Entonces eso iría en el eje x. al crear una gráfica de volcán.
Aunque los Volcano Plots son gráficos estadísticos que normalmente se usan para la visualización de análisis de datos genómicos, podrían aplicarse de manera más general a otros datos e industrias. Queríamos generalizar su aplicación y comenzar desde una plataforma JMP, como la detección de respuesta, para obtener esas diferencias y registrar (valores p) para un gran conjunto de datos para hacer un gráfico de volcán.
Si no tiene cambio de pliegue o log2 (cambio de pliegue), puede usar la plataforma de evaluación de respuestas para generarlos. Comenzaría con log2 de los datos antes de usar la selección de respuesta. Luego, cuando elija comparar medias, serán los valores de log2 (cambio de pliegue).
¿Eso ayuda?
En última instancia, no importa de dónde obtenga. Genere los cambios de pliegue o los valores p a partir de. Puede hacer la trama en JMP usando el generador de gráficos.
