JMP Pro 中的火山圖參數我們沒有 JMP Clinical 或 Genomic，因此我們使用 JMP Pro 根據本文創建火山圖：
如何在 JMP 中建立火山圖！
大多數火山圖差異將 x 軸稱為倍數變化或 log2（倍數變化）。 文章中的術語使用差異。 它還表明僅使用差異而不是相對實際差異。
在維基百科文章中倍數變化，還有一個參考相對變化。
在 JMP 上下文中，所有這些術語與倍數變化或 log2（倍數變化）有何關係？
進階統計建模品質和工藝工程回覆：JMP Pro 中的火山圖參數@mjmg有些人稱這些閾值線為 x 軸球門柱，但我認為這是用詞不當。 你想要這些貼文以外的內容（右或左），它們應該是什麼取決於分析或數據。在基因表現中，人們使用1.5到2倍的變化。 事實上，它是實用的或有意義的。 我從經驗中知道，有些基因只需要表達 1.2 倍的變化就能對細胞的行為產生影響（通常是代謝途徑或環境訊號傳導途徑的變化）。
y 軸閾值也是如此。 許多文獻使用 0.05 的 p 值截止值，但該截止值背後沒有真正的意義。 這是任意的。我根據實驗的風險和/或需求進行選擇。 如果我正在篩選基因，我可能需要 y 軸上更寬鬆的閾值（有人說 0.1 就足夠了），然後查看 x 軸上 1.5 倍的變化。 這樣我就不太可能錯過可能影響我正在研究的系統的東西。然後，我查看受該大組影響的網絡和通路，以幫助解釋並縮小我想要進行後續實驗的基因清單的範圍，以便更好地理解和確認我的觀察結果。 也許可以擴展該實驗以測試更多可能影響我的系統的因素。
回覆：JMP Pro 中的火山圖參數感謝您的良好解釋。 我見過一些論文僅使用 y 軸上的閾值或有效數字。 對於具有差異術語的 JMP，x 軸上的良好閾值是多少？回覆：JMP Pro 中的火山圖參數@mjmg
術語差異（或變化）相當於倍數變化或 log2（倍數變化）。
人們可以說倍數變化是一種差異（透過使用一個值與另一個值的比率來比較一個值），但倍數變化的範圍通常不適合火山圖（0 到無窮大，值為 1）表示沒有差異，因此與1 相比，0 到1 的範圍被壓縮為非常大的正數）。 通常人們使用 log2（或 log10），因為它將範圍置於無窮大到無窮大之間，其中 0 是圖表上的中心點或表示兩種治療或對照與治療之間沒有差異或變化。
我認為在你的情況下，如果你已經有居中、縮放和標準化的數據，那麼將其放在 x 軸上就足夠了。 如果與圖的右側相比，左側尺寸被壓縮，則會出現問題。 更多的是一個美學問題，而不是一個分析問題。 主要概念是 x 軸上有一個 0 或中心點，表示對照組和治療之間沒有差異/變化（或倍數變化為 1）。 這就是人們通常記錄數據的原因。 更容易過濾和更容易繪製。
至於對照組應該是哪一邊，就由你決定了。 你的選擇。大多數人都有這樣列出的對照組：治療/對照或 log2 治療 - log 2 對照。這樣，圖右側的數據在治療中更大，而左側的數據在控制中更大。
回覆：JMP Pro 中的火山圖參數@克里斯_基希伯格感謝您為使火山圖變得更加主流所做的一些努力，我仍然對術語有點困惑。 希望您的團隊能夠使火山圖的產生更加簡化或更好地解釋。
主要是需要找到JMP火山圖產生的資料的方向（是ControlGroup-NotControlGroup還是NotControlGroup-ControlGroup；ControlGroup是在左邊還是在右邊等等...），設定倍數變化或差異x 軸中的閾值可與已發表的參考文獻進行比較（x1 或x2 倍數變化或log2（倍數變化）= +/-1）。 當使用術語「差異」時，教程中的解釋不是很清楚，它是否相當於「折疊變化」或「log2（折疊變化）？」。
我的資料沒有經過 log2 轉換，但我正在處理標準化（相對於參考）、居中和自動縮放的資料。 因此，最好對我的資料進行 log2 變換，即使它已經標準化、居中和自動縮放，並在預處理過程中包含 log2 變換，以便 Difference 參數直接相當於 log2 Fold Change？
回覆：JMP Pro 中的火山圖參數你好@mjmg ,
歡迎來到社區！
Fold Change 和 Log2（倍數變化）都是差異度量（因此相當於部落格文章中的差異），範圍從負到正，中心為零。 因此，當建立火山圖時，該值將位於 x 軸上。
儘管火山圖是通常用於基因組數據分析視覺化的統計圖，但它可以更普遍地應用於其他數據和產業。 我們想要推廣其應用，並從 JMP 平台（例如回應篩選）開始，取得大量資料的差異和日誌（p 值），以便繪製火山圖。
如果您沒有倍數變化或 log2（倍數變化），那麼您可以使用回應篩選平台來產生它們。 在使用回應篩選之前，我會從資料的 log2 開始。 然後，當您選擇比較平均值時，它們將是 log2（倍數變化）值。
這樣有幫助嗎？
最終，從哪裡獲得並不重要。產生倍數變化或 p 值。 您可以使用圖形產生器在 JMP 中繪製圖形。
