Parámetros de Volcano Plot en JMP ProNo tenemos JMP Clinical o Genomic, por lo que estamos usando JMP Pro para crear un diagrama de volcán de acuerdo con este artículo:
¡Cómo construir una parcela de volcán en JMP!
La mayoría de las diferencias en las gráficas de los volcanes se refieren al eje x como pliegue de cambio o log2 (pliegue de cambio). La terminología del artículo utiliza Diferencia. También indicó usar Diferencia solo en lugar de Diferencia práctica relativa.
En el artículo de la wiki sobre doblar el cambio , también hay una referencia a cambio relativo .
En el contexto de JMP, ¿cómo se relacionan todos estos términos con fold change o log2 (fold change)?
OtroRe: parámetros de Volcano Plot en JMP ProHola @mjmg ,
¡Bienvenidos a la comunidad!
Fold Change y Log2 (fold change) son medidas de diferencia (equivalentes a las diferencias en la publicación del blog) que van de negativo a positivo con un centro cero. Entonces eso iría en el eje x. Al crear una gráfica de volcán.
Aunque Volcano Plots es un gráfico estadístico que se usa normalmente para la visualización del análisis de datos genómicos, podría aplicarse de manera más general a otros datos e industrias. Queríamos generalizar su aplicación y comenzar desde una plataforma JMP, como Response Screening, para obtener esas diferencias y log (valores p) para un gran conjunto de datos con el fin de hacer un diagrama de volcán.
Si no tiene pliegue de cambio o log2 (pliegue de cambio), puede utilizar la plataforma de detección de respuestas para generarlos. Comenzaría con log2 de los datos antes de usar el cribado de respuestas. Luego, cuando elija comparar medias, serán los valores log2 (cambio de veces).
¿Eso ayuda?
En última instancia, no importa de dónde llegue, genere los cambios de pliegue o los valores p desde. Puede hacer la gráfica en JMP usando el generador de gráficos.
Re: parámetros de Volcano Plot en JMP Pro@chris_kirchberg gracias por algunos de los esfuerzos para hacer que las parcelas de volcanes sean más comunes, todavía estoy un poco confundido con la terminología. Es de esperar que su equipo pueda hacer que la generación de parcelas volcánicas sea más ágil o esté mejor explicada.
Principalmente necesito encontrar la dirección de los datos generados por el gráfico del volcán JMP (ya sea ControlGroup-NotControlGroup o NotControlGroup-ControlGroup; es ControlGroup en el lado izquierdo o en el derecho, etc.), configurar el cambio de pliegue o las diferencias umbrales en el eje x que serían comparables a las referencias publicadas (x1 o x2 veces cambio o log2 (veces cambio) = +/- 1). La explicación no es tan clara en el tutorial cuando se usa el término Diferencias y ¿es equivalente a Fold Change o log2 (Fold Change) ?.
Mis datos no se transforman en log2, pero estoy trabajando en datos normalizados (contra una referencia), centrados y con escala automática. Por lo tanto, es mejor tener la transformación log2 en mis datos, incluso si ya está normalizado, centrado y con escala automática e incluir la transformación log2 en el proceso de preprocesamiento para que el parámetro Diferencia sea directamente equivalente a log2 Fold Change.
