Volcano-Plot-Parameter in JMP ProDa wir nicht über JMP Clinical oder Genomic verfügen, verwenden wir JMP Pro, um ein Vulkandiagramm gemäß diesem Artikel zu erstellen:
So erstellen Sie ein Vulkangrundstück in JMP!
Die meisten Unterschiede in den Vulkandiagrammen beziehen sich auf die x-Achse als Faltungsänderung oder log2 (Faltungsänderung). Die Terminologie im Artikel verwendet Differenz. Es wurde auch darauf hingewiesen, nur „Difference“ anstelle von zu verwenden Relativer praktischer Unterschied.
Im Wiki-Artikel über Faltwechsel , es gibt auch einen Verweis auf relative Veränderung .
Welchen Zusammenhang haben all diese Begriffe im JMP-Kontext mit Fold Change oder Log2 (Fold Change)?
Erweiterte statistische ModellierungQualitäts- und VerfahrenstechnikBetreff: Volcano-Plot-Parameter in JMP Pro@mjmg Manche Leute nennen diese Schwellenlinien in den Torpfosten der x-Achse, aber ich denke, das ist eine falsche Bezeichnung. Sie möchten, was sich außerhalb dieser Beiträge befindet (rechts oder links). Was sie sein sollten, hängt von der Analyse oder den Daten ab.Bei der Genexpression nutzen Menschen eine 1,5- bis 2-fache Veränderung. In Wirklichkeit ist es alles, was praktisch ist oder eine Bedeutung hat. Aus Erfahrung weiß ich, dass bei einigen Genen nur eine 1,2-fache Änderung der Expression erforderlich ist, um einen Einfluss auf die Aktivitäten der Zellen zu haben (normalerweise Änderungen in Stoffwechselwegen oder Signalwegen in der Umwelt).
Das Gleiche gilt für den Y-Achsen-Schwellenwert. In der Literatur wird häufig ein p-Wert-Grenzwert von 0,05 verwendet, dieser Grenzwert hat jedoch keine wirkliche Bedeutung. Es ist willkürlich.Ich wähle je nach Risiko und/oder Bedarf des Experiments. Wenn ich Gene durchmustere, möchte ich wahrscheinlich einen lockereren Schwellenwert auf der y-Achse (manche sagen, 0,1 ist gut genug) und mir dann eine 1,5-fache Änderung auf der x-Achse ansehen. Auf diese Weise ist es weniger wahrscheinlich, dass ich etwas übersehe, das Auswirkungen auf das System haben könnte, das ich studiere.Dann schaue ich mir Netzwerke und Signalwege an, die von dieser großen Menge beeinflusst werden, um die Interpretation zu erleichtern und schränke dann die Liste der Gene ein, mit denen ich ein Folgeexperiment durchführen möchte, um meine Beobachtungen besser zu verstehen und zu bestätigen. Vielleicht erweitern Sie dieses Experiment, um weitere Faktoren zu testen, die mein System beeinflussen könnten.
Betreff: Volcano-Plot-Parameter in JMP ProDanke für die gute Erklärung. Ich habe einige Arbeiten gesehen, die nur den Schwellenwert auf der Y-Achse oder signifikante Zahlen verwenden. Was wären für JMP mit Differenz-Terminologie gute Schwellenwerte auf der x-Achse?Betreff: Volcano-Plot-Parameter in JMP Pro@mjmg
Der Begriff Differenz (oder Änderung) entspricht der Faltänderung oder log2 (Faltänderung).
Man könnte sagen, dass die Faltungsänderung eine Art Differenz ist (ein Wert wird mit einem anderen verglichen, indem ein Verhältnis von einem zum anderen verwendet wird), aber der Bereich der Faltungsänderung ist normalerweise nicht für ein Vulkandiagramm geeignet (0 bis unendlich mit dem Wert 1). stellt keinen Unterschied dar, sodass die Skala von 0 bis 1 im Vergleich zu 1 bis zu einer sehr großen positiven Zahl komprimiert ist. Üblicherweise wird log2 (oder log10) verwendet, weil dadurch der Bereich von - bis unendlich verschoben wird, wobei 0 der Mittelpunkt des Diagramms ist oder keinen Unterschied oder keine Änderung zwischen zwei Behandlungen oder Kontrolle vs. Behandlung darstellt.
Ich denke, wenn Sie in Ihrer Situation bereits über zentrierte, skalierte und normalisierte Daten verfügen, sollte es ausreichen, sie auf der x-Achse zu platzieren. Das Problem entsteht, wenn die linke Seite im Vergleich zur rechten Seite des Diagramms komprimiert ist. Eher ein ästhetisches als ein analytisches Problem. Das Hauptkonzept besteht darin, dass es eine 0 oder einen Mittelpunkt auf der x-Achse gibt, der keinen Unterschied/keine Änderung zwischen Kontrolle und Behandlung darstellt (oder eine fache Änderung von 1). Aus diesem Grund wird normalerweise das Protokoll der Daten erstellt. Einfacher zu filtern und einfacher zu plotten.
Welche Seite die Kontrollgruppe sein soll, bleibt Ihnen überlassen. Deine Entscheidung.Bei den meisten Menschen ist die Kontrolle wie folgt aufgeführt: Behandlung/Kontrolle oder die Log2-Behandlung – Log2-Kontrolle.Auf diese Weise sind die Daten auf der rechten Seite des Diagramms besser in der Behandlung und die Daten auf der linken Seite besser in der Kontrolle.
Betreff: Volcano-Plot-Parameter in JMP Pro@Chris_Kirchberg Vielen Dank für die Bemühungen, Vulkan-Plots mehr Mainstream zu machen. Ich bin immer noch etwas verwirrt mit der Terminologie. Hoffentlich kann Ihr Team die Erstellung von Vulkandiagrammen rationalisieren oder besser erklären.
Hauptsächlich muss ich die Richtung der vom JMP-Vulkandiagramm generierten Daten ermitteln (ob ControlGroup-NotControlGroup oder NotControlGroup-ControlGroup; befindet sich ControlGroup auf der linken oder rechten Seite usw.), Faltänderungen oder Unterschiede einrichten Schwellenwerte auf der x-Achse, die mit veröffentlichten Referenzen vergleichbar wären (x1- oder x2-fache Änderung oder log2(fache Änderung) = +/-1). Die Erklärung geht aus dem Tutorial nicht so klar hervor, wenn der Begriff Unterschiede verwendet wird, und ist er äquivalent zu Fold Change oder log2 (Fold Change)?.
Meine Daten werden nicht log2-transformiert, aber ich arbeite an normalisierten (gegen eine Referenz), zentrierten und automatisch skalierten Daten. Es ist also besser, eine log2-Transformation für meine Daten durchzuführen, auch wenn diese bereits normalisiert, zentriert und automatisch skaliert ist, und die log2-Transformation in den Vorverarbeitungsprozess einzubeziehen, sodass der Differenzparameter direkt der log2-Faltungsänderung entspricht?
Betreff: Volcano-Plot-Parameter in JMP ProHallo @mjmg ,
Willkommen in der Community!
Fold Change und Log2 (Fold Change) sind beides Differenzmaße (also äquivalent zu Differenzen im Blogbeitrag), die von negativ bis positiv mit einem Nullzentrum reichen. Das würde also auf der x-Achse verlaufen, wenn ein Vulkandiagramm erstellt wird.
Obwohl es sich bei Volcano Plots um ein statistisches Diagramm handelt, das typischerweise zur Visualisierung der Genomdatenanalyse verwendet wird, könnte es auch allgemeiner auf andere Daten und Branchen angewendet werden. Wir wollten die Anwendung verallgemeinern und von einer JMP-Plattform wie Response Screening ausgehen, um diese Unterschiede und Protokolle (p-Werte) für einen großen Datensatz zu erhalten und so ein Vulkandiagramm zu erstellen.
Wenn Sie nicht über Fold Change oder Log2 (Fold Change) verfügen, können Sie diese mit der Response Screening Platform generieren. Ich würde mit log2 der Daten beginnen, bevor ich das Antwort-Screening verwende. Wenn Sie dann die Mittelwerte vergleichen, handelt es sich dabei um die log2-Werte (fache Änderung).
Hilft das?
Letztendlich spielt es keine Rolle, woher Sie die Faltungsänderungen oder p-Werte generieren. Sie können das Diagramm in JMP mit dem Graph Builder erstellen.
