Volcano Plot-Parameter in JMP ProWir haben weder JMP Clinical noch Genomic, daher verwenden wir JMP Pro, um ein Vulkanplot gemäß diesem Artikel zu erstellen:
Wie man ein Vulkangrundstück in JMP baut!
Die meisten Unterschiede in der Vulkankurve beziehen sich auf die x-Achse als Fold Change oder log2 (Fold Change). Die Terminologie im Artikel verwendet Differenz. Es wurde auch angegeben, Differenz nur im Gegensatz zu zu verwenden Relativer praktischer Unterschied.
Im Wiki-Artikel über Faltwechsel gibt es auch einen Hinweis auf relative Veränderung .
Wie hängen all diese Begriffe im JMP-Kontext mit Fold Change oder log2 (Fold Change) zusammen?
AndereBetreff: Volcano Plot-Parameter in JMP ProHallo @mjmg ,
Willkommen in der Community!
Fold Change und Log2 (Fold Change) sind beide Differenzmaße (also gleichbedeutend mit Unterschieden im Blog-Beitrag), die von negativ bis positiv mit einem Nullzentrum reichen. Das würde also auf der x-Achse gehen. Beim Erstellen eines Vulkanplots.
Obwohl Volcano Plots ein statistisches Plot sind, das normalerweise für die Visualisierung der Genomdatenanalyse verwendet wird, könnte es allgemeiner auf andere Daten und Branchen angewendet werden. Wir wollten die Anwendung verallgemeinern und von einer JMP-Plattform wie Response Screening ausgehen, um diese Unterschiede zu ermitteln und (p-Werte) für einen großen Datensatz zu protokollieren, um ein Vulkanplot zu erstellen.
Wenn Sie nicht über Fold Change oder log2 (Fold Change) verfügen, können Sie diese mithilfe der Response Screening Platform generieren. Ich würde mit log2 der Daten beginnen, bevor ich das Antwort-Screening verwende. Wenn Sie dann Vergleichsmittel wählen, sind dies die log2-Werte (Fold Change).
Hilft das?
Letztendlich spielt es keine Rolle, woher Sie kommen. Generieren Sie die Faltänderungen oder p-Werte aus. Sie können das Diagramm in JMP mit dem Graph Builder erstellen.
Betreff: Volcano Plot-Parameter in JMP Pro@chris_kirchberg Vielen Dank für einige der Bemühungen, Vulkangrundstücke mehr zum Mainstream zu machen. Ich bin immer noch ein bisschen verwirrt mit der Terminologie. Hoffentlich kann Ihr Team die Erstellung von Vulkanparzellen rationalisieren oder besser erklären.
Hauptsächlich muss ich die Richtung der Daten ermitteln, die durch das JMP-Vulkanplot generiert wurden (ob es sich um ControlGroup-NotControlGroup oder NotControlGroup-ControlGroup handelt; ist ControlGroup auf der linken oder rechten Seite usw.), Fold Change oder Differenzen einrichten Schwellenwerte in der x-Achse, die mit veröffentlichten Referenzen vergleichbar wären (x1- oder x2-fache Änderung oder log2 (fache Änderung) = +/- 1). Die Erklärung ist aus dem Tutorial nicht so klar, wenn der Begriff Unterschiede verwendet wird, und entspricht er Fold Change oder log2 (Fold Change)?.
Meine Daten werden nicht log2-transformiert, aber ich arbeite an normalisierten (gegen eine Referenz), zentrierten und automatisch skalierten Daten. Es ist also besser, log2-Transformation für meine Daten durchzuführen, auch wenn diese bereits normalisiert, zentriert und automatisch skaliert sind, und log2-Transformation in den Vorverarbeitungsprozess einzubeziehen, damit der Differenzparameter direkt log2 Fold Change entspricht.
