JMP Pro의 화산 플롯 매개변수JMP Clinical 또는 Genomic이 없으므로 JMP Pro를 사용하여 이 기사에 따라 화산 그림을 만듭니다.
JMP에서 화산 플롯을 작성하는 방법!
대부분의 화산 플롯 차이는 x축을 fold change 또는 log2(fold change)로 나타냅니다. 기사의 용어는 차이를 사용합니다. 또한 차이만 사용하는 것으로 나타났습니다. 상대적 실제 차이.
에 대한 위키 기사에서 폴드 변경 에 대한 참조도 있습니다. 상대적 변화 .
JMP 맥락에서 이러한 모든 용어는 접기 변경 또는 log2(접기 변경)와 어떤 관련이 있습니까?
다른Re: JMP Pro의 Volcano Plot 매개변수@mjmg 어떤 사람들은 x축 목표 포스트의 임계선을 호출하지만 잘못된 이름이라고 생각합니다. 해당 게시물(오른쪽 또는 왼쪽) 외부에 있는 것을 원합니다. 무엇이 되어야 하는지는 분석 또는 데이터에 달려 있습니다.유전자 발현에서 사람들은 1.5~2배 변화를 사용합니다. 실제로 그것은 실용적이거나 의미가 있는 것입니다. 나는 일부 유전자가 세포가 하는 일(대개 대사 경로 또는 환경 신호 경로의 변화)에 영향을 미치기 위해 발현의 1.2배 변화만 필요하다는 것을 경험을 통해 알고 있습니다.
y축 임계값도 마찬가지입니다. 많은 문헌에서 0.05의 p-값 컷오프를 사용하지만 그 컷오프 뒤에 실제 의미는 없습니다. 임의적입니다.실험의 위험 및/또는 필요성에 따라 선택합니다. 유전자를 스크리닝하는 경우 y축에서 좀 더 완화된 임계값(일부는 0.1이면 충분하다고 함)을 원하고 x축에서 1.5배 변화를 살펴봅니다. 그렇게 하면 내가 공부하고 있는 시스템에 영향을 미칠 수 있는 것을 놓칠 가능성이 적습니다.그런 다음 해석을 돕기 위해 큰 세트의 영향을 받는 네트워크와 경로를 살펴본 다음 내 관찰을 더 잘 이해하고 확인하기 위해 후속 실험을 수행하려는 유전자 목록을 좁힙니다. 내 시스템에 영향을 미칠 수 있는 더 많은 요인을 테스트하기 위해 해당 실험을 확장할 수 있습니다.
Re: JMP Pro의 Volcano Plot 매개변수좋은 설명 감사합니다. 일부 논문에서 y축의 임계값이나 유효 숫자만 사용하는 것을 본 적이 있습니다. 차이가 있는 JMP 용어의 경우 x축에서 적절한 임계값은 무엇입니까?Re: JMP Pro의 Volcano Plot 매개변수@mjmg
차이(또는 변경)라는 용어는 폴드 변경 또는 log2(폴드 변경)와 동일합니다.
폴드 변화는 일종의 차이(하나의 비율을 사용하여 다른 값과 비교한 값)라고 말할 수 있지만 폴드 변화의 범위는 일반적으로 화산 플롯에 적합하지 않습니다(값이 1인 0에서 무한대까지). 차이가 없음을 나타내므로 0에서 1까지의 척도는 1에서 매우 큰 양수에 비해 압축됩니다. 일반적으로 사람들은 log2(또는 log10)를 사용하는데, 이는 범위를 무한대에서 무한대로 설정하기 때문입니다. 0은 그래프의 중심점이 되거나 두 치료 또는 대조군과 치료 사이에 차이나 변화가 없음을 나타냅니다.
귀하의 상황에서 데이터를 이미 중앙화, 크기 조정 및 정규화했다면 x축에 배치하는 것으로 충분해야 한다고 생각합니다. 플롯의 오른쪽에 비해 왼쪽 크기가 압축되면 문제가 됩니다. 분석적 문제보다 미적 문제에 더 가깝습니다. 주요 개념은 대조군과 치료군 사이의 차이/변화 없음(또는 배수 변화 1)을 나타내는 x축에 0 또는 중심점이 있다는 것입니다. 이것이 사람들이 일반적으로 데이터의 로그를 취하는 이유입니다. 더 쉽게 필터링하고 더 쉽게 플롯할 수 있습니다.
어떤 측면 제어 그룹이 있어야 하는지는 귀하에게 달려 있습니다. 당신의 선택.대부분의 사람들은 처리/제어 또는 log2 처리 - log 2 제어와 같은 제어 목록을 가지고 있습니다.그런 식으로 플롯 오른쪽의 데이터는 치료에서 더 크고 왼쪽의 데이터는 통제에서 더 큽니다.
Re: JMP Pro의 Volcano Plot 매개변수@Chris_Kirchberg 화산 플롯을 좀 더 주류로 만들기 위한 노력에 감사드립니다. 저는 여전히 용어가 약간 혼란스럽습니다. 당신의 팀이 화산 플롯 생성을 보다 능률화하거나 더 잘 설명할 수 있기를 바랍니다.
주로 JMP 화산 플롯에서 생성된 데이터의 방향을 찾아야 합니다(ControlGroup-NotControlGroup 또는 NotControlGroup-ControlGroup인지, 왼쪽 또는 오른쪽에 ControlGroup인지 등...), 접기 변경 또는 차이점을 설정해야 합니다. 게시된 참조와 비교할 수 있는 x축의 임계값(x1 또는 x2 폴드 변경 또는 log2(폴드 변경) = +/-1). 차이점이라는 용어가 사용될 때 튜토리얼에서 설명이 명확하지 않으며 Fold Change 또는 log2(Fold Change)?와 동일합니다.
내 데이터는 log2 변환되지 않지만 정규화(참조에 대해), 중심 및 자동 크기 조정된 데이터로 작업하고 있습니다. 따라서 정규화, 중심화 및 자동 크기 조정이 이미 되어 있고 전처리 프로세스에 log2 변환을 포함하더라도 내 데이터에 log2 변환을 적용하는 것이 좋습니다. 따라서 차이 매개변수는 log2 접기 변경과 직접 동일합니다.
Re: JMP Pro의 Volcano Plot 매개변수안녕 @mjmg ,
커뮤니티에 오신 것을 환영합니다!
접기 변경 및 Log2(접기 변경)는 둘 다 중심이 0인 음수에서 양수까지의 범위를 갖는 차이 측정값(블로그 게시물의 차이와 동일함)입니다. 그래서 그것은 x축으로 갈 것입니다.화산 플롯을 만들 때.
Volcano Plots는 일반적으로 게놈 데이터 분석 시각화에 사용되는 통계 플롯이지만 다른 데이터 및 산업에 더 일반적으로 적용될 수 있습니다. 우리는 응용 프로그램을 일반화하고 응답 스크리닝과 같은 JMP 플랫폼에서 시작하여 이러한 차이를 얻고 대규모 데이터 집합에 대한 로그(p-값)를 얻어 화산 플롯을 만들고 싶었습니다.
fold change나 log2(fold change)가 없는 경우 Response Screening Platform을 사용하여 생성할 수 있습니다. 응답 스크리닝을 사용하기 전에 데이터의 log2부터 시작하겠습니다. 그런 다음 비교 평균을 선택하면 log2(배 변화) 값이 됩니다.
도움이 되나요?
궁극적으로 어디에서 접기 변화 또는 p-값을 생성하는지는 중요하지 않습니다. 그래프 빌더를 사용하여 JMP에서 플롯을 만들 수 있습니다.
