JMP Pro의 화산 플롯 매개 변수JMP Clinical 또는 Genomic이 없으므로이 기사에 따라 JMP Pro를 사용하여 화산 플롯을 만듭니다.
JMP에서 화산 플롯을 만드는 방법!
대부분의 화산 플롯 차이는 x 축을 폴드 변경 또는 log2 (폴드 변경)로 참조합니다. 이 기사의 용어는 차이를 사용합니다. 또한 차이 만 사용하는 것으로 나타났습니다. 상대적 실제 차이.
위키 기사에서 배 변경 ,에 대한 참조도 있습니다. 상대적 변화 .
JMP 컨텍스트에서 이러한 모든 용어는 폴드 변경 또는 log2 (폴드 변경)와 어떤 관련이 있습니까?
다른Re : JMP Pro의 Volcano Plot 매개 변수안녕 @mjmg ,
커뮤니티에 오신 것을 환영합니다!
Fold Change와 Log2 (fold change)는 둘 다 차이 측정 값 (블로그 게시물의 차이와 동일)이며 중심이 0 인 음수에서 양수까지의 범위입니다. 화산 플롯을 만들 때 x 축으로 이동합니다.
Volcano Plots는 일반적으로 게놈 데이터 분석 시각화에 사용되는 통계 플롯이지만 다른 데이터 및 산업에 더 일반적으로 적용될 수 있습니다. 우리는 애플리케이션을 일반화하고 응답 스크리닝과 같은 JMP 플랫폼에서 시작하여 화산 플롯을 만들기 위해 이러한 차이를 얻고 대규모 데이터 세트에 대한 로그 (p- 값)를 원했습니다.
폴드 변경 또는 log2 (폴드 변경)가없는 경우 응답 스크리닝 플랫폼을 사용하여 생성 할 수 있습니다. 응답 스크리닝을 사용하기 전에 데이터의 log2로 시작합니다. 그런 다음 비교 평균을 선택하면 log2 (fold change) 값이됩니다.
도움이 되나요?
궁극적으로 어디에서 폴드 변경이나 p- 값을 생성하는지는 중요하지 않습니다. 그래프 빌더를 사용하여 JMP에서 플롯을 만들 수 있습니다.
Re : JMP Pro의 Volcano Plot 매개 변수안녕하세요. 화산 플롯을 더 주류로 만들기위한 몇 가지 노력에 감사 드리며, 여전히 용어와 약간 혼동됩니다. 여러분의 팀이 화산 플롯 생성을보다 능률화하거나 더 잘 설명 할 수 있기를 바랍니다.
주로 JMP 화산 플롯에서 생성 된 데이터의 방향 (ControlGroup-NotControlGroup 또는 NotControlGroup-ControlGroup, 왼쪽 또는 오른쪽의 ControlGroup 등 ...)을 찾아서 폴드 변경 또는 차이점을 설정해야합니다. 게시 된 참조와 비교할 수있는 x 축의 임계 값 (x1 또는 x2 폴드 변경 또는 log2 (폴드 변경) = +/- 1). 차이점이라는 용어가 사용될 때 자습서에서 설명이 명확하지 않으며 Fold Change 또는 log2 (Fold Change)?와 동일합니다.
내 데이터는 log2 변환되지 않지만 정규화 (참조에 대해), 중앙 및 자동 크기 조정 데이터를 작업 중입니다. 따라서 데이터가 이미 정규화되고 중심화되고 자동 확장 된 경우에도 데이터에 log2 변환을 사용하고 전처리 프로세스에 log2 변환을 포함하여 차이 매개 변수가 log2 Fold Change와 직접적으로 동일하도록하는 것이 좋습니다.
