Parametri del grafico del vulcano in JMP ProNon disponiamo di JMP Clinical o Genomic, quindi utilizziamo JMP Pro per creare un grafico del vulcano in base a questo articolo:
Come costruire un diagramma del vulcano in JMP!
La maggior parte delle differenze nel grafico del vulcano si riferiscono all'asse x come cambiamento di piega o log2 (cambiamento di piega). La terminologia nell'articolo utilizza Differenza. Indicava inoltre di utilizzare Differenza solo in contrapposizione a Differenza pratica relativa.
Nell'articolo wiki su cambio piega , c'è anche un riferimento a cambiamento relativo .
Nel contesto JMP, come si collegano tutti questi termini al fold change o al log2(fold change)?
Modellazione statistica avanzataIngegneria della qualità e dei processiRi: Parametri del grafico del vulcano in JMP Pro@mjmg Alcune persone chiamano quelle linee di soglia nei pali della porta dell'asse x, ma penso che sia un termine improprio. Vuoi cosa c'è fuori da quei post (destra o sinistra), quello che dovrebbero essere dipende dall'analisi o dai dati.Nell’espressione genetica, le persone utilizzano una variazione da 1,5 a 2 volte. In realtà, è tutto ciò che è pratico o ha un significato. So per esperienza che alcuni geni necessitano solo di un cambiamento di espressione di 1,2 volte per avere un impatto su ciò che fanno le cellule (di solito cambiamenti nelle vie metaboliche o nelle vie di segnalazione ambientale).
Lo stesso vale per la soglia dell’asse y. Gran parte della letteratura utilizza un limite del valore p pari a 0,05, ma non vi è alcun significato reale dietro tale limite. È arbitrario.Scelgo in base al rischio e/o alla necessità dell'esperimento. Se sto analizzando i geni, probabilmente voglio una soglia più rilassata sull'asse y (alcuni dicono che 0,1 è abbastanza buono) e poi osservo un cambiamento di 1,5 volte sull'asse x. In questo modo è meno probabile che mi perda qualcosa che potrebbe avere un impatto sul sistema che sto studiando.Poi guardo le reti e i percorsi che sono influenzati da quell'ampio insieme per aiutare a interpretare e poi restringere l'elenco dei geni che voglio fare un esperimento di follow-up per comprendere meglio e confermare le mie osservazioni. Forse espandere l'esperimento per testare più fattori che potrebbero influenzare il mio sistema.
Ri: Parametri del grafico del vulcano in JMP ProGrazie per la buona spiegazione Ho visto alcuni articoli utilizzare solo la soglia sull'asse y o cifre significative. Per JMP con terminologia Differenza, quali sarebbero le soglie corrette sull'asse x?Ri: Parametri del grafico del vulcano in JMP Pro@mjmg
Il termine Differenza (o cambiamento) equivale a fold change o log2(fold change).
Si potrebbe dire che il cambio di piega è un tipo di differenza (un valore rispetto a un altro utilizzando un rapporto di uno rispetto all'altro) ma l'intervallo di cambio di piega di solito non è adatto per un diagramma del vulcano (da 0 a infinito con il valore di 1 che non rappresenta alcuna differenza, quindi la scala da 0 a 1 è compressa rispetto a 1 con un numero positivo molto grande). Di solito le persone usano log2 (o log10) perché inserisce l'intervallo tra - infinito e infinito, dove 0 è il punto centrale sul grafico o non rappresenta alcuna differenza o cambiamento tra due trattamenti o controllo rispetto al trattamento.
Penso che nella tua situazione, se disponi già di dati centrati, ridimensionati e normalizzati, dovrebbe essere sufficiente essere inseriti sull'asse x. Il problema riguarderà se la dimensione sinistra è compressa rispetto al lato destro della trama. Una questione più estetica che analitica. Il concetto principale è che esiste uno 0 o punto centrale nell'asse x che non rappresenta alcuna differenza/modifica tra controllo e trattamento (o un cambiamento di piega pari a 1). Questo è il motivo per cui le persone di solito tengono il registro dei dati. Più facile da filtrare e più facile da tracciare.
Per quanto riguarda quale dovrebbe essere il gruppo di controllo laterale, dipende da te. La tua scelta.Per la maggior parte delle persone il controllo è elencato in questo modo: trattamento/controllo o trattamento log2 - controllo log 2.In questo modo i dati a destra del grafico hanno un trattamento maggiore e i dati a sinistra hanno un controllo maggiore.
Ri: Parametri del grafico del vulcano in JMP Pro@Chris_Kirchberg grazie per alcuni sforzi nel rendere le trame dei vulcani più mainstream, sono ancora un po' confuso con la terminologia. Speriamo che il tuo team possa rendere la generazione delle trame dei vulcani più snella o meglio spiegata.
Principalmente ho bisogno di trovare la direzione dei dati generati dal grafico del vulcano JMP (se è ControlGroup-NotControlGroup o NotControlGroup-ControlGroup; è ControlGroup sul lato sinistro o destro, ecc...), impostare il cambio di piega o le differenze soglie nell'asse x che sarebbero paragonabili ai riferimenti pubblicati (x1 o x2 fold change o log2(fold change) = +/-1). La spiegazione non è così chiara dal tutorial quando viene utilizzato il termine Differenze ed è equivalente a Fold Change o log2(Fold Change)?.
I miei dati non vengono trasformati in log2, ma sto lavorando su dati normalizzati (rispetto a un riferimento), centrati e scalati automaticamente. Quindi è meglio avere la trasformazione log2 sui miei dati anche se sono già normalizzati, centrati e scalati automaticamente e includere la trasformazione log2 nel processo di preelaborazione in modo che il parametro Difference sia direttamente equivalente a log2 Fold Change?
Ri: Parametri del grafico del vulcano in JMP ProCIAO @mjmg ,
Benvenuto nella comunità!
Fold Change e Log2 (fold change) sono entrambe misure di differenza (quindi equivalenti alle differenze nel post del blog) che vanno da negativo a positivo con un centro pari a zero. Quindi andrebbe sull'asse x quando si crea una trama del vulcano.
Sebbene i Volcano Plot siano un grafico statistico tipicamente utilizzato per la visualizzazione dell'analisi dei dati genomici, potrebbe essere applicato più in generale ad altri dati e settori. Volevamo generalizzare la sua applicazione e partire da una piattaforma JMP, come Response Screening, per ottenere quelle differenze e registrare (valori p) per un ampio insieme di dati al fine di creare un grafico del vulcano.
Se non disponi di fold change o log2(fold change), puoi utilizzare la piattaforma di screening delle risposte per generarli. Inizierei con log2 dei dati prima di utilizzare lo screening delle risposte. Quindi, quando scegli le medie di confronto, saranno i valori log2 (cambiamento di piega).
Questo aiuta?
In definitiva, non importa da dove si ottengono le modifiche di piegatura o i valori p. Puoi creare il grafico in JMP utilizzando il generatore di grafici.
